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万見
- PDB-6fy5: Crystal structure of the macro domain of human macroh2a2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fy5
タイトルCrystal structure of the macro domain of human macroh2a2
要素Core histone macro-H2A.2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / macro domain / histone variant
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / sex-chromosome dosage compensation / establishment of protein localization to chromatin / Barr body / positive regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of gene expression, epigenetic / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / brain development / chromatin DNA binding / structural constituent of chromatin ...negative regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / sex-chromosome dosage compensation / establishment of protein localization to chromatin / Barr body / positive regulation of keratinocyte differentiation / negative regulation of gene expression, epigenetic / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / brain development / chromatin DNA binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / protein heterodimerization activity / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Core histone macro-H2A / Core histone macro-H2A, macro domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 ...Core histone macro-H2A / Core histone macro-H2A, macro domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Core histone macro-H2A.2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Hothorn, M.
引用ジャーナル: EMBO Rep. / 年: 2018
タイトル: MacroH2A histone variants limit chromatin plasticity through two distinct mechanisms.
著者: Kozlowski, M. / Corujo, D. / Hothorn, M. / Guberovic, I. / Mandemaker, I.K. / Blessing, C. / Sporn, J. / Gutierrez-Triana, A. / Smith, R. / Portmann, T. / Treier, M. / Scheffzek, K. / Huet, S. ...著者: Kozlowski, M. / Corujo, D. / Hothorn, M. / Guberovic, I. / Mandemaker, I.K. / Blessing, C. / Sporn, J. / Gutierrez-Triana, A. / Smith, R. / Portmann, T. / Treier, M. / Scheffzek, K. / Huet, S. / Timinszky, G. / Buschbeck, M. / Ladurner, A.G.
履歴
登録2018年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity / Item: _citation.journal_volume / _entity.formula_weight
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Core histone macro-H2A.2
B: Core histone macro-H2A.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8977
ポリマ－42,5932
非ポリマー3045
水3,513195
1
A: Core histone macro-H2A.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4173
ポリマ－21,2961
非ポリマー1212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Core histone macro-H2A.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4794
ポリマ－21,2961
非ポリマー1833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.750, 41.370, 84.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Core histone macro-H2A.2 / mH2A2


分子量: 21296.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2AFY2, MACROH2A2 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P0M6
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 12.5% (w/v) PEG 1,000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Mes pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97565 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→19.69 Å / Num. obs: 46778 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 29.38 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 13.15
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 2724 / CC1/2: 0.45 / Rrim(I) all: 1.1 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZR3

1zr3


解像度: 1.65→19.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU R Cruickshank DPI: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.111 / SU Rfree Blow DPI: 0.106 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.106
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 2315 4.97 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.216 46616 97.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.8068 Å20 Å25.2929 Å2
2---2.6385 Å20 Å2
3----4.1683 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.65→19.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2958 0 20 195 3173
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013055HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.124111HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1092SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes519HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3055HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.89
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion407SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3828SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 125 4.59 %
Rwork0.2389 2598 -
all0.2393 2723 -
obs--77.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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