PDB-5onc: Catabolism of the Cholesterol Side Chain in Mycobacterium tubercu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5onc

タイトル

Catabolism of the Cholesterol Side Chain in Mycobacterium tuberculosis is Controlled by a Redox-Sensitive Thiol Switch

要素

Steroid 3-ketoacyl-CoA thiolase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Oxidative Stress / Cholesterol Metabolism / Lipid degradation / Steroid metabolism / Mycobacterium tuberculosis

機能・相同性

機能・相同性情報

acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / phenylacetate catabolic process / cholesterol catabolic process / fatty acid beta-oxidation / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Schaefer, C. / Kuper, J. / Sampson, N.S. / Kisker, C.

資金援助

米国,

ドイツ, 4件

引用

ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2017
タイトル: Catabolism of the Cholesterol Side Chain in Mycobacterium tuberculosis Is Controlled by a Redox-Sensitive Thiol Switch.
著者: Lu, R. / Schaefer, C.M. / Nesbitt, N.M. / Kuper, J. / Kisker, C. / Sampson, N.S.

履歴

登録	2017年8月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5onc.cif.gz	290.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5onc.ent.gz	236.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5onc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/5onc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/5onc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ubwS 4ubt 4ubu 4ubv S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4l61-d 1j9z-2 3rm9-d 4l5z-d 4l6h-d 1ja1-1 3pph-1 5cno-d 2c7z-1 1htr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (8) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid 3-ketoacyl-CoA thiolase

B: Steroid 3-ketoacyl-CoA thiolase

ヘテロ分子

84.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.289, 120.289, 206.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-690- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 391 / Label seq-ID: 9 - 399

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Steroid 3-ketoacyl-CoA thiolase / Acetyl-CoA acetyltransferase FadA5 / Beta-ketoacyl-CoA thiolase 分子量: 42346.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 遺伝子: fadA5, LH57_19345, Rv3546 / プラスミド: pSD31 / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: I6XHI4, acetyl-CoA C-acyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M citrate, pH 5.5, 0.7 M (NH4)2HPO4, 0.3 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→46.17 Å / Num. obs: 46018 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 2.19→2.26 Å / 冗長度: 9.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 3897 / CC_1/2: 0.756 / R_sym value: 0.96 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UBW

4ubw

解像度: 2.19→46.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 10.613 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22568	2320	5 %	RANDOM
R_work	0.18213	-	-	-
obs	0.1843	43647	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.984 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.72 Å²	0.36 Å²	0 Å²
2-	-	0.72 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.19→46.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5362	0	5	211	5578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	5471
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.619	1.951	7422
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.866	3	11958
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.534	5	726
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.149	23.82	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.958	15	899
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.128	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	861
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6221
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.331	4.129	2903
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.328	4.129	2902
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.049	6.163	3621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.049	6.164	3622
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.906	4.444	2567
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.905	4.445	2568
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.824	6.532	3799
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.395	49.373	5930
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.379	49.254	5898
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 20646 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.19→2.247 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	154	-
R_work	0.31	3152	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7908	-0.3847	0.3411	1.713	-0.9542	2.4094	0.0567	0.0164	-0.0233	0.0502	0.0445	0.1163	0.0527	0.0744	-0.1012	0.0571	-0.0027	0.005	0.0368	-0.0317	0.0525	-57.078	17.677	-16.856
2	7.19	4.1806	-4.7385	2.8104	-1.731	7.0584	-0.653	0.4461	0.6636	-0.6529	0.2786	0.5292	0.3932	0.1724	0.3744	0.6862	0.254	0.0733	0.4573	0.1211	0.2907	-35.892	6.381	-43.354
3	0.3022	-0.4484	-0.5354	3.0834	-0.6749	2.8429	0.0854	-0.0079	-0.0268	-0.0048	-0.2028	-0.1369	0.1488	0.3615	0.1175	0.1745	0.0539	-0.0253	0.1104	-0.0172	0.0408	-48.347	9.429	-11.749
4	1.6673	0.0762	-1.4207	7.6213	-6.0246	5.9612	0.1517	-0.0112	-0.0226	-0.6641	-0.2706	-0.173	0.3765	0.2981	0.119	0.1594	0.0149	0.0311	0.095	-0.0461	0.0596	-53.759	19.003	-33.404
5	1.6961	-0.6676	-0.5937	2.5966	1.5167	3.4327	-0.1018	0.2358	-0.1943	-0.4219	0.043	0.6255	0.4301	0.0443	0.0588	0.3499	-0.0481	-0.1642	0.0857	-0.0062	0.1918	-65.276	-1.887	-32.582
6	0.0272	-0.0928	0.0681	6.5663	-1.8394	0.8516	0.0129	0.0278	-0.051	-0.3054	0.1889	0.2895	-0.0123	-0.0841	-0.2018	0.0821	0.0116	-0.022	0.0952	-0.0188	0.1124	-67.233	23.105	-30.848
7	0.1856	-0.083	0.0044	1.5616	0.1155	2.7008	0.0286	0.0548	-0.0078	-0.1694	-0.0081	0.1687	0.2549	0.0397	-0.0205	0.1179	0.0007	-0.0452	0.0574	-0.0261	0.0471	-58.954	3.477	-24.136
8	0.6579	-0.0159	0.0944	1.4695	-0.5574	2.9612	0.0987	0.0476	-0.0669	-0.2345	0.0503	0.2473	0.5841	0.1438	-0.149	0.2303	0.0141	-0.0692	0.0628	-0.031	0.0744	-60.485	-2.738	-20.379
9	4.5206	1.2014	-0.7291	4.083	-2.0268	3.0313	-0.1158	0.5021	0.0631	-0.9673	-0.4336	-0.9337	0.4208	0.43	0.5494	0.5581	0.2297	0.3673	0.4405	0.059	0.395	-25.446	2.814	-39.532
10	0.9546	-1.5875	-1.6201	3.8317	1.8664	4.2457	0.0719	-0.0089	0.1295	0.1135	-0.173	-0.2018	-0.1255	0.1781	0.101	0.152	-0.0347	0.0042	0.1466	-0.0013	0.1946	-46.321	22.1	-17.471
11	3.5956	1.0432	0.8275	4.939	-1.3554	2.2482	-0.0131	0.5179	-0.4586	-1.1657	-0.0718	-0.464	0.2497	-0.3196	0.0849	0.5109	0.1283	0.1627	0.3185	-0.1162	0.1676	-35.523	-4.987	-35.419
12	3.4751	6.0205	3.5449	12.2436	4.1251	5.8722	0.0317	0.1324	-0.1295	0.1942	0.1736	-0.2007	-0.1482	0.1774	-0.2052	0.0725	0.0356	0.1137	0.0934	0.006	0.2727	-28.004	14.096	-32.405
13	1.6862	-0.7234	-0.9859	5.765	-2.3148	2.287	-0.1667	-0.7163	-0.1104	0.5641	-0.3768	-1.3126	-0.0338	1.1802	0.5435	0.1166	0.1112	-0.2381	1.0351	0.0685	0.8018	-18.193	5.345	-14.157
14	9.7668	6.2225	0.5761	4.3105	-0.2446	1.4469	-0.7479	-0.3186	-0.3619	-0.7764	-0.5575	-0.9425	0.1853	1.0684	1.3054	0.6408	0.0624	0.5205	1.2799	0.7029	1.5561	-14.326	15.638	-36.574
15	2.1542	-0.9241	-1.668	3.705	0.4009	3.3833	-0.1623	-0.338	-0.1475	-0.3583	-0.3267	-0.8744	0.2847	0.8824	0.4889	0.093	0.1453	0.1388	0.4623	0.1394	0.3685	-24.641	1.754	-23.676
16	2.6335	-1.3134	-1.7882	4.3335	1.1679	3.375	-0.4183	-0.5448	-0.2647	0.1692	-0.0648	-1.1321	0.7663	0.7566	0.4831	0.2378	0.3065	0.1281	0.4707	0.2112	0.5403	-24.649	-4.643	-19.866

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	69 - 92
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	93 - 118
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	119 - 147
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	148 - 191
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	192 - 221
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	222 - 286
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	287 - 391
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1 - 61
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	69 - 92
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	93 - 118
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	119 - 124
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	149 - 191
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	192 - 221
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	222 - 286
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	287 - 391

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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