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- PDB-5ojm: Structure of a chimaeric beta3-alpha5 GABAA receptor in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ojm
タイトルStructure of a chimaeric beta3-alpha5 GABAA receptor in complex with nanobody Nb25
要素
  • Human GABAA receptor chimera beta3-alpha5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
  • Nanobody Nb25
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GABAA receptor / Nanobody complex / Neurosteroid / Ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


circadian sleep/wake cycle, REM sleep / reproductive behavior / GABA receptor binding / hard palate development / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity ...circadian sleep/wake cycle, REM sleep / reproductive behavior / GABA receptor binding / hard palate development / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / innervation / response to anesthetic / postsynaptic specialization membrane / neuronal cell body membrane / inhibitory postsynaptic potential / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / synaptic transmission, GABAergic / cellular response to zinc ion / exploration behavior / motor behavior / roof of mouth development / associative learning / Signaling by ERBB4 / cochlea development / social behavior / behavioral fear response / chloride channel complex / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cytoplasmic vesicle membrane / chloride transmembrane transport / cerebellum development / learning / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA-ergic synapse / memory / signaling receptor activity / presynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic membrane / postsynapse / response to xenobiotic stimulus / cell surface / signal transduction / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 5 subunit / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. ...Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 5 subunit / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Miller, P.S. / Scott, S. / Masiulis, S. / De Colibus, L. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Aricescu, A.R.
資金援助 英国, フランス, 6件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M024709/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/L009609/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1201/15 英国
Wellcome Trust105247/Z/14/Z 英国
Human Frontier Science ProgramRGP0065/2014 フランス
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for GABAA receptor potentiation by neurosteroids.
著者: Miller, P.S. / Scott, S. / Masiulis, S. / De Colibus, L. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Aricescu, A.R.
履歴
登録2017年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Human GABAA receptor chimera beta3-alpha5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
B: Human GABAA receptor chimera beta3-alpha5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
C: Human GABAA receptor chimera beta3-alpha5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
D: Human GABAA receptor chimera beta3-alpha5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
E: Human GABAA receptor chimera beta3-alpha5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
K: Nanobody Nb25
L: Nanobody Nb25
M: Nanobody Nb25
N: Nanobody Nb25
O: Nanobody Nb25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,51620
ポリマ－290,53210
非ポリマー5,98410
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area45170 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area85560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.350, 139.940, 191.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
12A
22D
13A
23C
14A
24B
15E
25D
16E
26C
17E
27B
18D
28C
19D
29B
110C
210B
111K
211L
112K
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113K
213N
114K
214O
115L
215M
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117L
217O
118M
218N
119M
219O
120N
220O

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHELEULEUAA11 - 41842 - 371
21PHEPHELEULEUEE11 - 41842 - 371
12PHEPHETYRTYRAA11 - 41742 - 370
22PHEPHETYRTYRDD11 - 41742 - 370
13PHEPHELEULEUAA11 - 41842 - 371
23PHEPHELEULEUCC11 - 41842 - 371
14PHEPHETYRTYRAA11 - 41742 - 370
24PHEPHETYRTYRBB11 - 41742 - 370
15PHEPHETYRTYREE11 - 41742 - 370
25PHEPHETYRTYRDD11 - 41742 - 370
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26PHEPHELEULEUCC11 - 41842 - 371
17PHEPHETYRTYREE11 - 41742 - 370
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18PHEPHETYRTYRDD11 - 41742 - 370
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210PHEPHETYRTYRBB11 - 41742 - 370
111GLNGLNVALVALKF1 - 1231 - 123
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120GLNGLNVALVALNI1 - 1231 - 123
220GLNGLNVALVALOJ1 - 1231 - 123

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20

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要素

#1: タンパク質
Human GABAA receptor chimera beta3-alpha5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5 / GABA(A) receptor subunit beta-3 / GABA(A) receptor subunit alpha-5


分子量: 44433.367 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This is a chimaeric construct, containing the secretion signal sequence from pHLsec vector (PMID: 17001101), the extracellular region of h uman GBRB3 (mature polypeptide residues 1-217 from ...詳細: This is a chimaeric construct, containing the secretion signal sequence from pHLsec vector (PMID: 17001101), the extracellular region of h uman GBRB3 (mature polypeptide residues 1-217 from Uniprot P28472), the transmembrane region from human GBRA5 (mature polypeptide residues 226-431 from Uniprot P31644 with the exception of the M3-M4 loop, residues 316-392, which were substituted by SQPARAA) and a C-terminal R ho-1D4 purification tag (TETSQVAPA).
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
プラスミド: pHLsec / 遺伝子: GABRB3, GABRA5 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P28472, UniProt: P31644
#2: 抗体
Nanobody Nb25


分子量: 13673.024 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pMESy4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.71 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 14% poly-ethylene glycol (PEG) 5000, 0.08M magnesium acetate, 0.1M sodium citrate, 1mM ethylene glycol-bis(beta-aminoethyl ether)-N,N,N',N'-tetraacetic acid (EGTA)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→48.88 Å / Num. obs: 68852 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 87.76 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.352 / Rpim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 7.85
反射 シェル解像度: 3.3→3.418 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 2.807 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 6886 / CC1/2: 0.395 / Rpim(I) all: 0.935 / % possible all: 99.71

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000708cデータ削減
Aimless0.5.25データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PHENIX(1.12rc)-2787-000)精密化
Coot0.8.8モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4COF

4cof


解像度: 3.3→48.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.834 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.809 / SU B: 52.621 / SU ML: 0.385 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.574 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2496 2506 4.9 %RANDOM
Rwork0.2337 ---
obs0.23449 48360 73.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 70.037 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2 Å20 Å21.92 Å2
2---1.67 Å20 Å2
3---2.77 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.3→48.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18141 0 397 0 18538
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01919035
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0217413
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.711.93725863
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.501340161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.23652260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.36822.747841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.586153014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.69715140
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.22935
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0220769
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2353.3529070
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X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A223120.06
12E223120.06
21A221960.06
22D221960.06
31A221460.07
32C221460.07
41A221740.07
42B221740.07
51E222320.06
52D222320.06
61E222620.07
62C222620.07
71E222980.06
72B222980.06
81D222920.06
82C222920.06
91D222540.06
92B222540.06
101C221300.06
102B221300.06
111K74700.01
112L74700.01
121K74540.03
122M74540.03
131K74620.03
132N74620.03
141K74460.04
142O74460.04
151L74600.03
152M74600.03
161L74600.03
162N74600.03
171L74460.04
172O74460.04
181M74900.01
182N74900.01
191M74900.02
192O74900.02
201N74800.02
202O74800.02
LS精密化 シェル解像度: 3.296→3.382 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 9 -
Rwork0.277 242 -
obs--4.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6334-0.10260.66870.64210.5093.43950.05640.1907-0.0717-0.2170.0023-0.07930.5050.327-0.05870.4605-0.0370.00150.0959-0.00490.0454-17.2155-168.1172405.7353
20.7431-0.09730.43930.40640.05553.5788-0.10610.2350.1431-0.2335-0.0743-0.13350.02720.4560.18040.2625-0.04860.0650.15240.0660.0667-7.8859-144.95403.3235
30.5241-0.12630.74420.5006-0.38944.3256-0.12960.04190.1909-0.1966-0.0643-0.0121-0.3441-0.20890.1940.31220.0027-0.08260.04590.02310.0771-26.5419-128.6464407.7648
40.6537-0.12910.81640.5897-0.23563.1171-0.1138-0.08890.096-0.2017-0.04810.1960.0164-0.93220.16190.1645-0.039-0.12860.50550.00450.1375-47.1609-141.8598413.2392
50.7933-0.03010.92440.54520.04593.1422-0.0021-0.0518-0.0847-0.1927-0.0720.15050.583-0.62360.07410.504-0.3154-0.13170.28530.03230.122-41.3379-166.3512411.4354
65.49471.3078-0.47694.2269-0.43550.4584-0.0627-0.512-1.0376-0.13380.09450.19130.5253-0.2834-0.03180.9903-0.3185-0.16130.44050.08120.3706-34.1842-194.2836406.3735
71.7662-0.869-1.26395.6655-1.04041.6173-0.3375-0.0871-0.04831.26710.59751.3999-0.2007-0.5932-0.260.77710.0088-0.10671.56440.02770.7401-71.4301-158.5935415.5667
84.84050.9859-1.65295.82-0.52151.15580.4447-0.32870.80240.5694-0.27570.2002-0.7276-0.0682-0.1690.75460.1515-0.12840.56710.04160.3413-49.734-110.7844409.9742
94.37880.1156-1.65264.35670.93612.1460.0068-0.62720.6257-0.30530.2124-0.9262-0.41741.1114-0.21910.6314-0.24910.09320.74450.0660.42790.7139-117.3412397.3023
103.6151-0.5882-0.93586.62641.0750.5001-0.017-0.0462-0.36130.1151-0.011-0.73890.23870.18840.0280.57030.09650.14430.4808-0.02370.353210.0034-169.0388395.1556
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 3008
2X-RAY DIFFRACTION2E11 - 3008
3X-RAY DIFFRACTION3D9 - 3008
4X-RAY DIFFRACTION4C11 - 3008
5X-RAY DIFFRACTION5B8 - 3008
6X-RAY DIFFRACTION6K1 - 123
7X-RAY DIFFRACTION7L1 - 123
8X-RAY DIFFRACTION8M1 - 123
9X-RAY DIFFRACTION9N1 - 123
10X-RAY DIFFRACTION10O1 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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