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- PDB-4cof: Crystal structure of a human gamma-aminobutyric acid receptor, th... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4cof | |||||||||
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Title | Crystal structure of a human gamma-aminobutyric acid receptor, the GABA(A)R-beta3 homopentamer | |||||||||
![]() | GAMMA-AMINOBUTYRIC ACID RECEPTOR SUBUNIT BETA-3 | |||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
Function / homology | ![]() cellular response to histamine / GABA receptor activation / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / nervous system process / neurotransmitter receptor activity ...cellular response to histamine / GABA receptor activation / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / nervous system process / neurotransmitter receptor activity / roof of mouth development / Signaling by ERBB4 / chloride channel complex / transmembrane transporter complex / chloride transmembrane transport / regulation of membrane potential / cytoplasmic vesicle membrane / postsynaptic membrane / neuron projection / synapse / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Miller, P.S. / Aricescu, A.R. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of a Human Gabaa Receptor Authors: Miller, P.S. / Aricescu, A.R. | |||||||||
History |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 690.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 587.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.8 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 59.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 78.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3rhwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 40831.957 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: RESIDUES 26-312,447-473 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Chemical | ChemComp-BEN / #4: Sugar | ChemComp-NAG / #5: Chemical | ChemComp-CL / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.59 Å3/Da / Density % sol: 74 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6.5 Details: 11.5% PEG4000 100 MM SODIUM CHLORIDE, 100 MM LITHIUM SULPHATE, 100 MM N-2-ACETAMIDO-IMINODIACETIC ACID, PH 6.5, 2% (W/V) BENZAMIDINE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 29, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.97→99 Å / Num. obs: 76360 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 83.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.97→3.05 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3RHW Resolution: 2.97→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8744 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU R Cruickshank DPI: 0.503 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.45 / SU Rfree Blow DPI: 0.274 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.286 Details: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
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Displacement parameters | Biso mean: 102.12 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.494 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.97→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.97→3.05 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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