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Yorodumi- PDB-4cof: Crystal structure of a human gamma-aminobutyric acid receptor, th... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4cof | |||||||||
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Title | Crystal structure of a human gamma-aminobutyric acid receptor, the GABA(A)R-beta3 homopentamer | |||||||||
Components | GAMMA-AMINOBUTYRIC ACID RECEPTOR SUBUNIT BETA-3 | |||||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
Function / homology | Function and homology information GABA receptor activation / GABA-gated chloride ion channel activity / cellular response to histamine / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / neurotransmitter receptor activity / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / synaptic transmission, GABAergic / roof of mouth development ...GABA receptor activation / GABA-gated chloride ion channel activity / cellular response to histamine / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / neurotransmitter receptor activity / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / synaptic transmission, GABAergic / roof of mouth development / Signaling by ERBB4 / chloride channel complex / chloride transmembrane transport / cytoplasmic vesicle membrane / postsynaptic membrane / neuron projection / synapse / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.97 Å | |||||||||
Authors | Miller, P.S. / Aricescu, A.R. | |||||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2014 Title: Crystal Structure of a Human Gabaa Receptor Authors: Miller, P.S. / Aricescu, A.R. | |||||||||
History |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4cof.cif.gz | 690.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4cof.ent.gz | 587.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4cof.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/4cof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/4cof | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3rhwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 40831.957 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: RESIDUES 26-312,447-473 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Plasmid: PHLSEC / Cell line (production host): HEK293S GNTI- / Production host: HOMO SAPIENS (human) / References: UniProt: P28472 #2: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Chemical | ChemComp-BEN / #4: Sugar | ChemComp-NAG / #5: Chemical | ChemComp-CL / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.59 Å3/Da / Density % sol: 74 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6.5 Details: 11.5% PEG4000 100 MM SODIUM CHLORIDE, 100 MM LITHIUM SULPHATE, 100 MM N-2-ACETAMIDO-IMINODIACETIC ACID, PH 6.5, 2% (W/V) BENZAMIDINE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.976 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 29, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.97→99 Å / Num. obs: 76360 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 83.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.97→3.05 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3RHW Resolution: 2.97→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8744 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU R Cruickshank DPI: 0.503 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.45 / SU Rfree Blow DPI: 0.274 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.286 Details: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
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Displacement parameters | Biso mean: 102.12 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.494 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.97→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.97→3.05 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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