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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5of3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the heterotrimeric PriSLX primase from S. solfataricus. | ||||||
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![]() | REPLICATION / Primase / DNA-dependent RNA polymerase / DNA replication | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA primase activity / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA-directed RNA polymerase complex / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pellegrini, L. / Holzer, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Primer synthesis by a eukaryotic-like archaeal primase is independent of its Fe-S cluster. 著者: Holzer, S. / Yan, J. / Kilkenny, M.L. / Bell, S.D. / Pellegrini, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 300.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 240.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 37643.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: priS, priA, SSO1048 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q97Z83, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの #2: タンパク質 | 分子量: 35788.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: priL, priB, SSO0557, C21_042 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 18056.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PriL 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: SSO0502 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 10分子 ![](data/chem/img/APC.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-APC / #5: 化合物 | ChemComp-MN / #6: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.98 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 11% PEG 8000, 21.5% ethylene glycol, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5, 0.03 M di-, tri-, tetra- and penta-ethyleneglycol (Morpheus crystallization screen, Molecular Dimensions). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.906→46.91 Å / Num. obs: 54380 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 89.45 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.03641 / Rsym value: 0.1112 / Net I/σ(I): 15.09 |
反射 シェル | 解像度: 2.906→3.01 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 1.404 / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / Num. unique obs: 5392 / CC1/2: 0.527 / Rpim(I) all: 0.4952 / Rsym value: 1.489 / % possible all: 99.93 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1ZT2 解像度: 2.906→46.91 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 29.07
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.906→46.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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