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- PDB-3qtd: Crystal structure of putative modulator of gyrase (PmbA) from Pse... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qtd | ||||||
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Title | Crystal structure of putative modulator of gyrase (PmbA) from Pseudomonas aeruginosa PAO1 | ||||||
![]() | PmbA protein | ||||||
![]() | GENE REGULATION / putative modulator of gyrase (PmbA) / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tkaczuk, K.L. / Chruszcz, M. / Evdokimova, E. / Liu, F. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of putative modulator of gyrase (PmbA) from Pseudomonas aeruginosa PAO1 Authors: Tkaczuk, K.L. / Chruszcz, M. / Evdokimova, E. / Liu, F. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 644.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 557.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 467.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 490.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 66.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 91.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 48336.832 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.2M Mg Formate, 20% P3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 19, 2010 |
Radiation | Monochromator: Si 111 channel / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. all: 56209 / Num. obs: 56209 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 49.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rsym value: 0.171 / Net I/σ(I): 10 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / Redundancy: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.731 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2777 / Rsym value: 0.731 / % possible all: 97.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.182 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→50 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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