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- PDB-5ekq: The structure of the BamACDE subcomplex from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ekq
タイトルThe structure of the BamACDE subcomplex from E. coli
要素
  • Outer membrane protein assembly factor BamA
  • Outer membrane protein assembly factor BamC
  • Outer membrane protein assembly factor BamD
  • Outer membrane protein assembly factor BamE
キーワードMEMBRANE PROTEIN / insertase / beta-barrel / outer membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / cell adhesion / response to antibiotic / cell surface / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #50 / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 - #10 / membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / membrane protein fhac / Outer membrane protein assembly factor BamC / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamE ...Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #50 / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 - #10 / membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / membrane protein fhac / Outer membrane protein assembly factor BamC / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane protein assembly factor BamE domain / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane lipoprotein BamD-like / Outer membrane lipoprotein / BamE-like / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / POTRA domain / POTRA domain profile. / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / Porin / Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha Horseshoe / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Roll / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamE / Outer membrane protein assembly factor BamA / Outer membrane protein assembly factor BamD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.392 Å
データ登録者Bakelar, J. / Buchanan, S.K. / Noinaj, N.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1K22AI113078-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)Intramural Program 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: The structure of the beta-barrel assembly machinery complex.
著者: Bakelar, J. / Buchanan, S.K. / Noinaj, N.
履歴
登録2015年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein assembly factor BamA
D: Outer membrane protein assembly factor BamD
C: Outer membrane protein assembly factor BamC
E: Outer membrane protein assembly factor BamE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,1244
ポリマ－159,1244
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10070 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area63010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)234.848, 109.231, 103.988
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamA / Omp85


分子量: 88514.742 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-810 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: bamA, yaeT, yzzN, yzzY, b0177, JW0172 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A940
#2: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamD


分子量: 25816.818 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-245 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: bamD, yfiO, b2595, JW2577 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AC02
#3: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamC


分子量: 34401.250 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-344 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: bamC, dapX, nlpB, b2477, JW2462 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A903
#4: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamE


分子量: 10391.554 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-113 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: bamE, smpA, b2617, JW2598 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A937
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.54 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 200 mM MgCl2, 10 mM MnCl2, and 8% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.392→50 Å / Num. obs: 36099 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 133.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 1.596 / Net I/av σ(I): 21.346 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 226289
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
3.392-3.526.435850.4850.8750.95599.9
3.52-3.666.335920.6590.5620.979100
3.66-3.836.435940.8350.3421.04899.90.860.929
3.83-4.036.336210.9190.2361.08699.90.590.638
4.03-4.286.435900.9590.1511.22999.80.3810.411
4.28-4.616.435920.9870.0891.55699.70.2240.241
4.61-5.086.336020.9890.0671.79699.80.1690.183
5.08-5.816.336220.9880.0621.82599.40.1540.166
5.81-7.326.336340.9930.0462.24999.50.1120.122
7.32-505.736670.9960.0283.42698.50.0620.068

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2142: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB IDs 3TGO 4C4V 3Q6B 2KM7 3EFC

3tgo

4c4v

3q6b

2km7

3efc


解像度: 3.392→29.914 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2811 1994 5.54 %
Rwork0.2382 --
obs0.2405 36000 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.392→29.914 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9451 0 0 0 9451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97313165
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1765691
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051753
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3921-3.47680.4391300.35672206X-RAY DIFFRACTION90
3.4768-3.57070.4291420.32812441X-RAY DIFFRACTION100
3.5707-3.67560.36831450.31832447X-RAY DIFFRACTION100
3.6756-3.7940.35831410.30222432X-RAY DIFFRACTION100
3.794-3.92930.35431430.27842423X-RAY DIFFRACTION100
3.9293-4.08630.31031440.27942461X-RAY DIFFRACTION100
4.0863-4.27170.32881430.26342418X-RAY DIFFRACTION100
4.2717-4.49620.28091420.23562440X-RAY DIFFRACTION100
4.4962-4.77690.25841450.22442457X-RAY DIFFRACTION100
4.7769-5.1440.28651430.2212454X-RAY DIFFRACTION100
5.144-5.65850.28751440.24372435X-RAY DIFFRACTION99
5.6585-6.47010.32241450.25452470X-RAY DIFFRACTION99
6.4701-8.12450.28191430.23552452X-RAY DIFFRACTION99
8.1245-29.91520.20581440.19562470X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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