[日本語] English
万見
- PDB-5of2: The structural versatility of TasA in B. subtilis biofilm formation -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5of2
タイトルThe structural versatility of TasA in B. subtilis biofilm formation
要素Spore coat-associated protein N
キーワードPROTEIN FIBRIL / TasA / biofilm matrix / amyloid fiber / xray structure
機能・相同性Peptidase M73, camelysin / Camelysin metallo-endopeptidase / Signal peptide, camelysin / sporulation resulting in formation of a cellular spore / extracellular region / identical protein binding / Major biofilm matrix component
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Roske, Y. / Diehl, A. / Ball, L. / Chowdhury, A. / Hiller, M. / Moliere, N. / Kramer, R. / Nagaraj, M. / Stoeppler, D. / Worth, C.L. ...Roske, Y. / Diehl, A. / Ball, L. / Chowdhury, A. / Hiller, M. / Moliere, N. / Kramer, R. / Nagaraj, M. / Stoeppler, D. / Worth, C.L. / Schlegel, B. / Leidert, M. / Cremer, N. / Eisenmenger, F. / Lopez, D. / Schmieder, P. / Heinemann, U. / Turgay, K. / Akbey, U. / Oschkinat, H.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural changes of TasA in biofilm formation ofBacillus subtilis.
著者: Diehl, A. / Roske, Y. / Ball, L. / Chowdhury, A. / Hiller, M. / Moliere, N. / Kramer, R. / Stoppler, D. / Worth, C.L. / Schlegel, B. / Leidert, M. / Cremer, N. / Erdmann, N. / Lopez, D. / ...著者: Diehl, A. / Roske, Y. / Ball, L. / Chowdhury, A. / Hiller, M. / Moliere, N. / Kramer, R. / Stoppler, D. / Worth, C.L. / Schlegel, B. / Leidert, M. / Cremer, N. / Erdmann, N. / Lopez, D. / Stephanowitz, H. / Krause, E. / van Rossum, B.J. / Schmieder, P. / Heinemann, U. / Turgay, K. / Akbey, U. / Oschkinat, H.
履歴
登録2017年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年4月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_volume ..._chem_comp.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Spore coat-associated protein N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2555
ポリマ－22,9731
非ポリマー2824
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area680 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area10120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.658, 43.039, 51.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Spore coat-associated protein N / TasA / structure / biofilm / matrix protein


分子量: 22972.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
遺伝子: tasA, cotN, yqhF, BSU24620 / プラスミド: pCA528 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: P54507
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.02 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 34% PEG 2000 MME, 0.1M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→41.66 Å / Num. obs: 15615 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 21.48 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 13.83
反射 シェル解像度: 1.86→1.92 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.7454 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 1542 / CC1/2: 0.804 / % possible all: 97.84

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OF1

5of1


解像度: 1.86→41.658 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2118 781 5 %
Rwork0.1726 --
obs0.1747 15608 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→41.658 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1458 0 17 142 1617
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071509
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9882032
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.344560
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005265
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8567-1.9730.2981280.2672430X-RAY DIFFRACTION98
1.973-2.12530.26041290.19732447X-RAY DIFFRACTION100
2.1253-2.33920.21461300.18192469X-RAY DIFFRACTION100
2.3392-2.67760.22871290.16842461X-RAY DIFFRACTION100
2.6776-3.37330.20031310.16892481X-RAY DIFFRACTION100
3.3733-41.66830.18311340.15192539X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6260.0005-0.52331.1904-0.09012.299-0.0397-0.0799-0.00420.17920.0198-0.0820.0860.35250.0210.1186-0.0011-0.0150.159-0.00320.1458-11.2362-2.2156-19.6763
20.2199-0.04960.02310.17360.00823.90140.0648-0.0150.00180.01960.0613-0.0842-0.24550.2334-0.19770.1459-0.01740.01540.1361-0.00160.1663-10.75383.6979-22.1765
30.05640.25430.24731.649-0.1874.3184-0.10820.3450.3595-0.09820.33110.42750.2688-0.2357-0.16960.3359-0.1343-0.08190.26910.09730.3097-20.4743-8.4683-46.8196
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 39 through 201 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 214 through 238 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 202 through 213 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る