PDB-5ocv: A Rare Lysozyme Crystal Form Solved Using High-Redundancy 3D Elec...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ocv

タイトル

A Rare Lysozyme Crystal Form Solved Using High-Redundancy 3D Electron Diffraction Data from Micron-Sized Needle Shaped Crystals

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / Lysozyme activity

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

電子線結晶学 /

分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Xu, H. / Lebrette, H. / Yang, T. / Srinivas, V. / Hovmoller, S. / Hogbom, M. / Zou, X.

資金援助

スウェーデン, 6件

組織	認可番号	国
Knut and Alice Wallenberg Foundation	3DEM-NATUR	スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation	Wallenberg Academy Fellows	スウェーデン
Science for Life Laboratory	Electron Nanocrystallography	スウェーデン
Swedish Foundation for Strategic Research		スウェーデン
Swedish Research Council		スウェーデン
Wenner-Gren Foundation		スウェーデン

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: A Rare Lysozyme Crystal Form Solved Using Highly Redundant Multiple Electron Diffraction Datasets from Micron-Sized Crystals.
著者: Hongyi Xu / Hugo Lebrette / Taimin Yang / Vivek Srinivas / Sven Hovmöller / Martin Högbom / Xiaodong Zou /

要旨: Recent developments of novel electron diffraction techniques have shown to be powerful for determination of atomic resolution structures from micron- and nano-sized crystals, too small to be studied ...

履歴

登録	2017年7月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5ocv.ent.gz	89 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/5ocv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/5ocv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1akiS 6hu5 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4h9a-d 5e4p-d 4h9i-d 1jj3-1 1f10-d 4dc4-3 1ljg-2 4h92-d 4nwh-d 1hfz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

B: Lysozyme C

ヘテロ分子

28.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysozyme C

登録者が定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lysozyme C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.720, 103.880, 31.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: egg white / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子線結晶学 / 使用した結晶の数: 33
EM実験	試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素

名称: 3D crystals of Lysozyme C from Gallus gallus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL

分子量

実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Gallus gallus (ニワトリ)

EM crystal formation

Atmosphere: AIR
詳細: 2 microliters of Lysozyme (8 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.0) was mixed with 2 microliters of precipitant solution consisting of 1 M potassium nitrate, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 3.4. ...
温度: 294 K / Time: 2 DAY

緩衝液

pH: 3.4

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	1 M	potassium nitrate	KNO₃	1
2	0.1 M	sodium acetate	C₂H₃NaO₂	1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 167 divisions/in. / グリッドのタイプ: Okenshoji

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 75 % / 凍結前の試料温度: 298 K

結晶化

pH: 3.4

-
データ収集

顕微鏡	モデル: JEOL 2100
電子銃	電子線源: LAB6 / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: DIFFRACTION / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 914 HIGH TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER TOMOGRAPHY HOLDER
撮影	平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 0.16 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: OTHER
画像スキャン	サンプリングサイズ: 55 µm / 横: 512 / 縦: 512
EM回折	カメラ長: 800 mm
EM回折シェル	解像度: 2.2→28.68 Å / フーリエ空間範囲: 79.67 % / 多重度: 42.4 / 構造因子数: 9516 / 位相残差: 1 °
EM回折統計	詳細: Rmeas: 0.614 Rp.i.m.: 0.082 / フーリエ空間範囲: 79.67 % / 再高解像度: 2.2 Å / 測定した強度の数: 403297 / 構造因子数: 9516 / 位相誤差: 31.3 ° / 位相残差: 1 ° / 位相誤差の除外基準: 1 / R_merge: 0.607 / R_sym: 0.607
回折	平均測定温度: 97 K
反射	解像度: 2.2→28.68 Å / Num. obs: 9516 / % possible obs: 79.7 % / 冗長度: 42.4 %
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 25.9 % / % possible all: 64.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
8	PHENIX	1.11.1	モデル精密化
9	Coot	0.8.8	モデル精密化
10	PHASER	2.7.16	分子置換
13	XSCALE	Nov 1, 2016	crystallography merging

画像処理

詳細: ASI TimePix QTPX-262k

EM 3D crystal entity

∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 67.72 Å / B: 103.88 Å / C: 31.65 Å / 空間群名: P2₁2₁2 / 空間群番号: 18

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1AKI

1aki

解像度: 2.2→28.673 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.3

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27	476	5 %	Random
R_work	0.2365	-	-	-
obs	0.2382	9516	79.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.77 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	f_bond_d	0.002	2054
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	f_angle_d	0.55	2783
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	f_dihedral_angle_d	18.762	1223
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	f_chiral_restr	0.042	287
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	f_plane_restr	0.003	363

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.5182	0.366	127	0.3265	2413	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	65
2.5182-3.1721	0.3572	171	0.3143	3247	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	87
3.1721-28.6754	0.2112	178	0.1831	3380	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9403	0.0954	-3.5923	4.6836	-1.2084	7.0996	-0.2948	-0.6206	0.021	-0.1217	-0.0692	-0.9056	0.0629	0.2406	0.3938	0.1917	0.0681	-0.0377	0.2178	0.0196	0.404	81.4157	15.8937	2.5269
2	2.3733	0.2826	-0.8421	2.8182	0.4582	8.8346	-0.1947	0.5894	-0.014	0.1386	-0.2092	0.333	-0.3537	-0.1984	0.4128	0.1702	0.048	0.0033	0.1819	0.0715	0.2541	81.8638	7.154	0.0008
3	0.9968	-2.1337	-0.1633	4.9364	0.0003	0.3584	0.2592	-0.1316	0.0758	0.3406	-0.1478	0.6395	-0.2484	-0.1145	-0.0549	0.3593	-0.0975	0.2473	0.3437	-0.0362	0.5163	79.9864	-6.2903	15.6041
4	2.9576	-1.6825	-0.965	1.1028	-0.0942	3.2828	-0.1015	0.0035	-0.3148	-0.0899	0.4543	0.4136	0.9746	-0.1902	-0.2844	0.3435	-0.0288	-0.0688	0.1893	0.1068	0.2757	86.8009	-2.6518	11.7798
5	4.302	-0.2741	0.266	3.0647	-2.5437	3.8376	-0.0738	-0.0632	-0.0539	-0.7332	-0.0065	0.2284	-0.021	0.1242	0.1046	0.3018	0.062	-0.0485	0.1562	-0.0133	0.1657	91.573	0.7748	12.2309
6	2.496	0.3925	2.0337	0.3121	0.3747	2.9222	0.0897	0.0021	-0.1867	0.0348	0.1223	-0.0385	0.3441	0.2481	-0.1173	0.0268	0.0433	-0.3501	0.1707	-0.024	0.0862	91.3608	4.088	2.8775
7	6.2501	2.1185	0.8549	2.1121	2.0826	8.3771	0.1515	0.0584	-1.2323	0.1595	0.0131	-0.0788	0.5994	-0.1648	-0.0249	0.3891	-0.0022	-0.0468	0.1623	-0.0289	0.4273	79.1092	-1.8217	-3.324
8	2.496	1.2774	-0.4252	5.8849	0.1237	1.48	-0.4878	-0.135	-0.0385	-0.3983	0.2303	0.4924	0.2486	0.0334	-0.0036	-0.0126	0.2061	-0.1585	0.4521	0.1629	0.1274	75.8	15.2941	-6.6331
9	3.6437	0.4709	0.3059	1.3229	0.8162	3.5519	0.1781	-0.0124	0.2534	0.0987	0.2384	-0.0897	-0.0632	-0.0741	-0.4648	0.3145	-0.145	-0.0173	0.2366	0.0324	0.2246	61.5241	17.9933	12.4372
10	3.1432	-0.0849	0.9677	2.9506	1.1834	3.0422	-0.2923	0.2862	0.1472	-0.2162	-0.0084	-0.1972	-0.4416	0.1725	0.246	0.2788	0.002	0.0749	0.1775	-0.0155	0.177	65.9791	26.3421	18.2938
11	6.7599	3.4648	-0.743	4.5734	0.1855	1.0127	-0.0821	0.5612	1.2661	0.1485	0.3146	0.2916	-0.0714	0.0101	-0.3182	0.1282	0.0032	0.0309	0.5444	-0.087	0.3535	64.4069	32.7647	1.4341
12	7.0159	4.6361	3.2179	9.0406	-4.0629	7.8813	-0.4649	0.5341	0.101	-0.2289	0.0025	0.2609	-0.2502	0.5413	0.3547	0.2121	0.109	0.079	0.4559	-0.0163	0.3807	68.0359	31.4605	4.8666
13	4.3292	1.2117	1.981	5.1883	-3.2673	9.308	-0.1155	-0.5096	0.559	-0.3644	-0.003	0.5303	0.0846	-0.2271	0.0147	0.173	0.0782	0.0392	0.2097	-0.0334	0.3545	76.25	35.7322	2.6486
14	2.9965	-2.9787	3.2795	3.1442	-3.9017	5.8169	-0.0553	0.1983	0.44	1.1745	0.0739	-0.4519	-1.2378	0.8396	0.2168	0.6591	-0.1612	0.0377	0.321	-0.0335	0.2665	80.9853	34.2448	3.9392
15	6.7193	-1.5889	-1.0552	1.7601	-1.3116	1.9397	0.4531	0.8424	-0.722	-0.4791	-0.0718	0.322	0.4655	-0.3365	-0.3673	0.6674	-0.1327	-0.0715	0.4383	-0.0327	0.1634	71.2307	23.3052	2.4419
16	5.4692	2.1298	-0.0875	6.0098	4.2736	3.5916	0.5167	0.4104	-0.158	0.298	0.3631	-0.1553	0.1697	-0.1698	-0.752	0.2604	0.0076	-0.032	0.2211	0.0136	0.1685	74.8587	25.93	12.5084
17	3.4822	0.3002	5.0202	8.6182	3.4129	9.1285	-0.1746	0.2255	0.0713	-0.0539	0.2046	-0.5205	-0.3626	0.0934	-0.0725	0.2047	0.0443	0.0912	0.265	0.0118	0.2766	71.8766	35.1064	17.9072
18	1.7028	-1.0528	-0.3966	3.3708	-0.4091	1.3498	-0.1201	0.4951	0.0339	-0.3242	-0.501	0.2777	-0.4554	-0.8078	0.1274	0.5167	0.2223	0.1137	0.5797	-0.1	0.048	61.4737	37.2894	16.5919
19	6.3438	-1.0605	3.4019	0.3884	0.3837	6.1442	-0.0928	-0.8418	-0.5952	0.5835	0.1347	0.2884	1.5836	-0.4177	-0.0817	1.0346	0.0168	0.0232	0.3579	-0.0044	0.0492	57.942	30.2063	23.8585
20	2.6403	1.4725	1.0989	5.0057	1.7206	4.0879	-0.2181	0.0194	-0.2612	0.1056	-0.3742	0.1118	-0.131	0.0786	0.271	0.3924	-0.3425	0.167	0.5199	-0.0217	0.3697	55.9761	18.1791	20.7754

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	1	chain 'B' and (resid 1 through 14 )
2	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	2	chain 'B' and (resid 15 through 42 )
3	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	3	chain 'B' and (resid 43 through 50 )
4	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	4	chain 'B' and (resid 51 through 68 )
5	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	5	chain 'B' and (resid 69 through 88 )
6	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	6	chain 'B' and (resid 89 through 99 )
7	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	7	chain 'B' and (resid 100 through 119 )
8	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	8	chain 'B' and (resid 120 through 129 )
9	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	9	chain 'A' and (resid 1 through 14 )
10	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	10	chain 'A' and (resid 15 through 36 )
11	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	11	chain 'A' and (resid 37 through 50 )
12	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	12	chain 'A' and (resid 51 through 58 )
13	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	13	chain 'A' and (resid 59 through 68 )
14	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	14	chain 'A' and (resid 69 through 78 )
15	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	15	chain 'A' and (resid 79 through 88 )
16	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	16	chain 'A' and (resid 89 through 99 )
17	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	17	chain 'A' and (resid 100 through 108 )
18	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	18	chain 'A' and (resid 109 through 114 )
19	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	19	chain 'A' and (resid 115 through 122 )
20	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	20	chain 'A' and (resid 123 through 129 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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