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万見
- PDB-5o74: Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o74
タイトルCrystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP
要素
  • Multifunctional virulence effector protein DrrA
  • Ras-related protein Rab-1B
キーワードHYDROLASE / Rab1b / DrrA / exchange factor / Legionella pneumophila
機能・相同性
機能・相同性情報


: / protein guanylylation / positive regulation of glycoprotein metabolic process / AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / phagophore assembly site membrane / RAB geranylgeranylation / regulation of autophagosome assembly / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs ...: / protein guanylylation / positive regulation of glycoprotein metabolic process / AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / phagophore assembly site membrane / RAB geranylgeranylation / regulation of autophagosome assembly / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / host cell cytoplasmic vesicle / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / COPII-mediated vesicle transport / regulation of GTPase activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / virion assembly / Golgi organization / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / transport vesicle / COPI-mediated anterograde transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / endomembrane system / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / host cell cytoplasmic vesicle membrane / small GTPase binding / protein guanylyltransferase activity / G protein activity / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferritin - #70 / DrrA guanine nucleotide-exchange factor domain / : / : / SidM, Rab1-activation domain / SidM, N-terminal domain / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / DrrA, PI4P binding domain superfamily / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / : ...Ferritin - #70 / DrrA guanine nucleotide-exchange factor domain / : / : / SidM, Rab1-activation domain / SidM, N-terminal domain / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / DrrA, PI4P binding domain superfamily / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ferritin / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Multifunctional virulence effector protein DrrA / Ras-related protein Rab-1B
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cigler, M. / Mueller, T. / Horn-Ghetko, D. / von Wrisberg, M.K. / Fottner, M. / Goody, R.S. / Itzen, A. / Mueller, M.P. / Lang, K.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB1035, grant B10 ドイツ
German Research FoundationGRK1721, grant C4 ドイツ
Center for Integrated Protein Science MunichCIPSM ドイツ
German Research FoundationSFB 642, grant A4 ドイツ
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Proximity-Triggered Covalent Stabilization of Low-Affinity Protein Complexes In Vitro and In Vivo.
著者: Cigler, M. / Muller, T.G. / Horn-Ghetko, D. / von Wrisberg, M.K. / Fottner, M. / Goody, R.S. / Itzen, A. / Muller, M.P. / Lang, K.
履歴
登録2017年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年12月6日Group: Database references / Polymer sequence / カテゴリ: citation / entity_poly
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _entity_poly.pdbx_target_identifier
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multifunctional virulence effector protein DrrA
B: Ras-related protein Rab-1B
C: Multifunctional virulence effector protein DrrA
D: Ras-related protein Rab-1B
E: Multifunctional virulence effector protein DrrA
F: Ras-related protein Rab-1B
G: Multifunctional virulence effector protein DrrA
H: Ras-related protein Rab-1B
I: Multifunctional virulence effector protein DrrA
J: Ras-related protein Rab-1B
K: Multifunctional virulence effector protein DrrA
L: Ras-related protein Rab-1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,29718
ポリマ－255,63812
非ポリマー2,6596
水00
1
A: Multifunctional virulence effector protein DrrA
B: Ras-related protein Rab-1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0503
ポリマ－42,6062
非ポリマー4431
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area16130 Å2
手法PISA
2
C: Multifunctional virulence effector protein DrrA
D: Ras-related protein Rab-1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0503
ポリマ－42,6062
非ポリマー4431
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area16570 Å2
手法PISA
3
E: Multifunctional virulence effector protein DrrA
F: Ras-related protein Rab-1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0503
ポリマ－42,6062
非ポリマー4431
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16150 Å2
手法PISA
4
G: Multifunctional virulence effector protein DrrA
H: Ras-related protein Rab-1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0503
ポリマ－42,6062
非ポリマー4431
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16280 Å2
手法PISA
5
I: Multifunctional virulence effector protein DrrA
J: Ras-related protein Rab-1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0503
ポリマ－42,6062
非ポリマー4431
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area16250 Å2
手法PISA
6
K: Multifunctional virulence effector protein DrrA
L: Ras-related protein Rab-1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0503
ポリマ－42,6062
非ポリマー4431
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area16120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.910, 87.450, 93.170
Angle α, β, γ (deg.)114.61, 97.69, 100.74
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Multifunctional virulence effector protein DrrA / Defects in Rab1 recruitment protein A


分子量: 22001.195 Da / 分子数: 6 / 変異: D512C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: drrA, sidM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q29ST3, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: タンパク質
Ras-related protein Rab-1B


分子量: 20605.148 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H0U4
#3: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H15N5O11P2 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00005 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月26日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.525 Å / Num. obs: 72360 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 7978 / Rsym value: 0.596 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3jza

3jza


解像度: 2.5→46.525 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 32.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 3618 5 %
Rwork0.2286 --
obs0.2304 72353 98.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.525 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17004 0 0 0 17004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00617283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95223318
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.06710525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0932646
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052913
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.53290.4161380.39882626X-RAY DIFFRACTION98
2.5329-2.56760.42451400.3772668X-RAY DIFFRACTION98
2.5676-2.60430.38571360.37162581X-RAY DIFFRACTION98
2.6043-2.64310.35581420.35642688X-RAY DIFFRACTION98
2.6431-2.68440.38281370.35162608X-RAY DIFFRACTION98
2.6844-2.72850.33461390.34662643X-RAY DIFFRACTION98
2.7285-2.77550.37331400.3242659X-RAY DIFFRACTION98
2.7755-2.8260.35751400.32492670X-RAY DIFFRACTION98
2.826-2.88030.29181370.30742595X-RAY DIFFRACTION98
2.8803-2.93910.34011390.28542652X-RAY DIFFRACTION98
2.9391-3.0030.32611410.27342664X-RAY DIFFRACTION98
3.003-3.07280.31571380.26112634X-RAY DIFFRACTION98
3.0728-3.14970.3181410.27272663X-RAY DIFFRACTION98
3.1497-3.23480.29691390.26262652X-RAY DIFFRACTION98
3.2348-3.330.28411390.26332640X-RAY DIFFRACTION98
3.33-3.43740.30351380.24492627X-RAY DIFFRACTION98
3.4374-3.56020.27231400.23032656X-RAY DIFFRACTION98
3.5602-3.70270.25081380.23282629X-RAY DIFFRACTION98
3.7027-3.87110.27621390.21522637X-RAY DIFFRACTION98
3.8711-4.07510.24921410.20342669X-RAY DIFFRACTION98
4.0751-4.33030.24161390.22651X-RAY DIFFRACTION99
4.3303-4.66430.23181400.16552654X-RAY DIFFRACTION98
4.6643-5.13320.23111390.16932641X-RAY DIFFRACTION98
5.1332-5.87470.2171380.19522629X-RAY DIFFRACTION97
5.8747-7.39670.23131400.19932645X-RAY DIFFRACTION99
7.3967-46.53330.18371400.16482654X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.2404 Å / Origin y: -8.8812 Å / Origin z: -48.605 Å
111213212223313233
T0.4865 Å2-0.0048 Å2-0.014 Å2-0.513 Å20.0002 Å2--0.5119 Å2
L-0.0384 °2-0.0112 °2-0.0492 °2-0.0727 °20.0234 °2--0.0356 °2
S-0.0251 Å °0.0645 Å °-0.0242 Å °0.0075 Å °-0.0208 Å °0.028 Å °0.0801 Å °-0.1148 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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