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- PDB-3jza: Crystal structure of human Rab1b in complex with the GEF domain o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jza
タイトルCrystal structure of human Rab1b in complex with the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila
要素
  • Ras-related protein Rab-1B
  • Uncharacterized protein DrrA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / RabGDI / RabGEF / GDI / GEF / GDF / GDI displacement factor / GTP-binding / Lipoprotein / Membrane / Nucleotide-binding / Prenylation / Protein transport
機能・相同性
機能・相同性情報


: / protein guanylylation / positive regulation of glycoprotein metabolic process / AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / phagophore assembly site membrane / RAB geranylgeranylation / regulation of autophagosome assembly / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs ...: / protein guanylylation / positive regulation of glycoprotein metabolic process / AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / phagophore assembly site membrane / RAB geranylgeranylation / regulation of autophagosome assembly / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / host cell cytoplasmic vesicle / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / protein targeting to membrane / COPII-mediated vesicle transport / regulation of GTPase activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / virion assembly / Golgi organization / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / endomembrane system / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / small GTPase binding / host cell cytoplasmic vesicle membrane / protein guanylyltransferase activity / G protein activity / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferritin - #70 / DrrA guanine nucleotide-exchange factor domain / : / : / SidM, Rab1-activation domain / SidM, N-terminal domain / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / DrrA, PI4P binding domain superfamily / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / : ...Ferritin - #70 / DrrA guanine nucleotide-exchange factor domain / : / : / SidM, Rab1-activation domain / SidM, N-terminal domain / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / DrrA, PI4P binding domain superfamily / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ferritin / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Multifunctional virulence effector protein DrrA / Ras-related protein Rab-1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Schoebel, S. / Oesterlin, L.K. / Blankenfeldt, W. / Goody, R.S. / Itzen, A.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: RabGDI displacement by DrrA from Legionella is a consequence of its guanine nucleotide exchange activity.
著者: Schoebel, S. / Oesterlin, L.K. / Blankenfeldt, W. / Goody, R.S. / Itzen, A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: A bifunctional bacterial protein links GDI displacement to Rab1 activation.
著者: Machner, M.P. / Isberg, R.R.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Legionella pneumophila proteins that regulate Rab1 membrane cycling.
著者: Ingmundson, A. / Delprato, A. / Lambright, D.G. / Roy, C.R.
履歴
登録2009年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-1B
B: Uncharacterized protein DrrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8603
ポリマ－41,7662
非ポリマー951
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-8.8 kcal/mol
Surface area16340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.756, 100.756, 146.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
詳細Biological unit is the same as asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-1B


分子量: 19752.369 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3-174 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: codon-optimized synthetic gene / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB1B / プラスミド: pET19mod_TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H0U4
#2: タンパク質 Uncharacterized protein DrrA


分子量: 22013.141 Da / 分子数: 1 / 断片: GEF domain: UNP residues 340-533 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg2464 / プラスミド: pET19mod_TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q5ZSQ3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.75
詳細: 0.1 M Sodium citrate, 35% v/v PEG 600, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 31.75 / 数: 485728 / Rmerge(I) obs: 0.09 / D res high: 2.8 Å / Num. obs: 21262 / % possible obs: 99.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
520363197.810.051
45359110010.067
3.54361010010.091
3.23.5337610010.134
33.2304310010.197
2.93188099.910.259
2.82.9213110010.315
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 40529 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 33.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 21.97
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.90.4564.7550095873197.1
1.9-20.2797.3446424778197.5
2-2.10.19210.3366913954197.7
2.1-2.20.1913.8317473269197.9
2.2-2.30.26216.6301622743198.1
2.3-2.50.26820538484264198.3
2.5-30.20227.51130606410198.5
3-3.50.10138.2687653316199
3.5-40.06546.5382041883199.2
4-50.05253.5376561899199.2
5-70.05153.3254491311199.3
7-100.03758.98888526199.4
10-150.02862.52821204198.6
15-250.02855.393578196.3
25-300.02952.28491100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set

R cullis centric: 0 / 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 14.97 Å / Power centric: 0 / Reflection acentric: 9447

IDR cullis acentricPower acentricReflection centric
ISO_1002193
ANO_10.5153.6320
Phasing MAD set shell

R cullis centric: 0 / Power centric: 0

ID解像度 (Å)R cullis acentricPower acentricReflection acentricReflection centric
ISO_19.71-14.9700133111
ISO_17.72-9.7100196112
ISO_16.6-7.7200252107
ISO_15.86-6.600290111
ISO_15.33-5.8600325107
ISO_14.92-5.3300363104
ISO_14.59-4.9200397109
ISO_14.32-4.5900429102
ISO_14.09-4.3200445113
ISO_13.89-4.0900490106
ISO_13.72-3.8900507104
ISO_13.57-3.7200540114
ISO_13.44-3.5700559105
ISO_13.32-3.4400583116
ISO_13.21-3.3200602108
ISO_13.12-3.2100619117
ISO_13.03-3.1200659112
ISO_12.95-3.0300661111
ISO_12.87-2.9500694105
ISO_12.8-2.8700703119
ANO_19.71-14.970.20912.781330
ANO_17.72-9.710.22411.911960
ANO_16.6-7.720.18813.8992520
ANO_15.86-6.60.20612.1562900
ANO_15.33-5.860.249.7713250
ANO_14.92-5.330.288.1653630
ANO_14.59-4.920.3186.5943970
ANO_14.32-4.590.3315.8634290
ANO_14.09-4.320.3385.5674450
ANO_13.89-4.090.4234.1064900
ANO_13.72-3.890.4263.615070
ANO_13.57-3.720.4823.0035400
ANO_13.44-3.570.5622.3935590
ANO_13.32-3.440.6051.9165830
ANO_13.21-3.320.6631.546020
ANO_13.12-3.210.7171.2986190
ANO_13.03-3.120.7631.0356590
ANO_12.95-3.030.8320.836610
ANO_12.87-2.950.870.686940
ANO_12.8-2.870.8780.6357030
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-30.714-11.821-3.752SE71.721
2-25.661-6.009-16.181SE72.781
3-15.273-12.753-19.969SE80.371
4-26.599-12.891-1.351SE73.971
5-15.8441.95-11.378SE100.11
6-28.243-36.478-19.192SE93.931
7-38.282-38.42-21.543SE108.251
8-46.656-17.526-1.106SE128.151
9-22.803-2.397-27.213SE112.641
10-30.314-37.581-6.767SE237.621
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 32911
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.39-10034.90.779509
6.53-8.39310.886513
5.56-6.53300.911586
4.92-5.56220.947669
4.46-4.9217.60.959728
4.11-4.4618.40.96803
3.83-4.1118.80.955841
3.6-3.8318.60.949905
3.41-3.619.40.937950
3.24-3.4119.60.93982
3.1-3.24210.9191053
2.98-3.121.70.9091071
2.86-2.9825.80.8831134
2.76-2.8628.90.8811162
2.67-2.7625.70.8871192
2.59-2.6727.30.8611227
2.52-2.5924.90.8721281
2.45-2.5225.20.8721307
2.39-2.45280.861342
2.33-2.3926.40.8711370
2.27-2.3330.90.8361398
2.22-2.2788.40.6261434
2.18-2.2290.30.6241466
2.13-2.1891.90.6171496
2.09-2.1389.60.5721510
2.05-2.0987.90.5581560
2.01-2.0592.70.5541579
1.95-2.0191.10.4222843

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法6.1位相決定
REFMAC5.5.0070精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.8 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 2005 4.9 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.202 40517 98.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.349 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.79 Å2-1.4 Å20 Å2
2---2.79 Å20 Å2
3---4.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2818 0 5 246 3069
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0222906
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8291.9653935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0534816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4055374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.35425.397126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.36415540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5831512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2921.51816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4641.5738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.06722928
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.12331090
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7314.5999
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 131 -
Rwork0.254 2732 -
all-2863 -
obs--96.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8452-0.6708-0.56211.7970.67171.1294-0.0175-0.10080.08180.15750.01630.0257-0.09820.00750.00120.08180.0278-0.02780.0934-0.06770.056119.0639-7.558519.8279
22.43320.03220.74282.04230.391.5825-0.17390.26170.4915-0.20380.0109-0.0951-0.15870.21620.1630.0799-0.0315-0.05480.11370.05050.12428.9077-13.7315-0.5561
33.60590.084-0.51231.04310.00170.8958-0.1908-0.4787-0.2710.14270.00260.03420.20620.0410.18820.1820.04160.02290.197-0.03190.082624.8045-30.712420.9262
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B340 - 462
2X-RAY DIFFRACTION2B463 - 532
3X-RAY DIFFRACTION3A4 - 151
4X-RAY DIFFRACTION3A157 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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