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- PDB-3jz9: Crystal structure of the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jz9
タイトルCrystal structure of the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila
要素Uncharacterized protein DrrA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / RabGDI / RabGEF / GDI / GEF / GDF / GDI displacement factor
機能・相同性
機能・相同性情報


: / protein guanylylation / AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / host cell cytoplasmic vesicle / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / protein targeting to membrane / regulation of GTPase activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...: / protein guanylylation / AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / host cell cytoplasmic vesicle / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / protein targeting to membrane / regulation of GTPase activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / small GTPase binding / protein guanylyltransferase activity / extracellular region / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ferritin - #70 / DrrA guanine nucleotide-exchange factor domain / : / : / SidM, Rab1-activation domain / SidM, N-terminal domain / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / DrrA, PI4P binding domain superfamily / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / Ferritin ...Ferritin - #70 / DrrA guanine nucleotide-exchange factor domain / : / : / SidM, Rab1-activation domain / SidM, N-terminal domain / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / DrrA, PI4P binding domain superfamily / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / Ferritin / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Multifunctional virulence effector protein DrrA
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Schoebel, S. / Oesterlin, L.K. / Blankenfeldt, W. / Goody, R.S. / Itzen, A.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: RabGDI displacement by DrrA from Legionella is a consequence of its guanine nucleotide exchange activity.
著者: Schoebel, S. / Oesterlin, L.K. / Blankenfeldt, W. / Goody, R.S. / Itzen, A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: A bifunctional bacterial protein links GDI displacement to Rab1 activation.
著者: Machner, M.P. / Isberg, R.R.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Legionella pneumophila proteins that regulate Rab1 membrane cycling.
著者: Ingmundson, A. / Delprato, A. / Lambright, D.G. / Roy, C.R.
履歴
登録2009年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein DrrA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3881
ポリマ－22,3881
非ポリマー00
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.338, 126.338, 35.925
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-34-

HOH

詳細Biological unit is the same as asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein DrrA


分子量: 22388.299 Da / 分子数: 1 / 断片: GEF domain: UNP residues 340-533 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg2464 / プラスミド: pET19mod_TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q5ZSQ3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.73 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.25 M Sodium sulfate, 21% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00749 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00749 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 30729 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 27.569 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 21.28
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.90.4624247754518199.3
1.9-20.3155.8206703690199.4
2-2.20.17310.2321595509199.7
2.2-2.50.1116.1329325333199.8
2.5-30.06425.2302484883199.9
3-3.50.03938.71512224511100
3.5-40.02851.4861814201100
4-50.02360.1862314041100
5-70.02358.45754950199.9
7-100.01771.321473661100
10-150.01476.8784139199.3
15-250.01969.1268521100
25-300.02381.93261100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.0070精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
REFMAC5.5.0070位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.8→27.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 4.449 / SU ML: 0.061 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 1544 5 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.17 30721 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.641 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20.31 Å20 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3----0.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1529 0 0 225 1754
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0340.0221592
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3041.9692154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.21632705
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2525208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.66625.94269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.54615309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.096156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1620.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5021.51000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5381.5401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.47321612
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4083592
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3444.5536
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 102 -
Rwork0.224 2125 -
all-2227 -
obs--99.91 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.2328 Å / Origin y: 33.1224 Å / Origin z: 0.1269 Å
111213212223313233
T0.097 Å20.0711 Å2-0.0331 Å2-0.0655 Å2-0.0248 Å2--0.0601 Å2
L1.2947 °2-0.791 °20.3705 °2-1.0886 °2-0.3593 °2--0.144 °2
S0.0599 Å °0.0757 Å °-0.1005 Å °-0.0528 Å °-0.0266 Å °-0.0131 Å °0.0472 Å °0.0329 Å °-0.0333 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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