PDB-5o3v: Structural characterization of the fast and promiscuous macrocycl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o3v

タイトル

Structural characterization of the fast and promiscuous macrocyclase from plant - PCY1-S562A bound to Presegetalin B1

要素

Peptide cyclase 1
Putative presegetalin B1

キーワード

HYDROLASE / segetalin biosynthesis / prolyl oligopeptidase / macrocyclase / peptidase / beta-propeller / closed form

機能・相同性

機能・相同性情報

oligopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Vaccaria hispanica (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Ludewig, H. / Czekster, C.M. / Bent, A.F. / Naismith, J.H.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Characterization of the Fast and Promiscuous Macrocyclase from Plant PCY1 Enables the Use of Simple Substrates.
著者: Ludewig, H. / Czekster, C.M. / Oueis, E. / Munday, E.S. / Arshad, M. / Synowsky, S.A. / Bent, A.F. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2017年5月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5o3v.cif.gz	595.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5o3v.ent.gz	494.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5o3v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5o3v_validation.pdf.gz	460.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5o3v_full_validation.pdf.gz	466.8 KB	表示
XML形式データ	5o3v_validation.xml.gz	49.9 KB	表示
CIF形式データ	5o3v_validation.cif.gz	69.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/5o3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/5o3v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5o3uC 5o3wC 5o3xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5uw7-d 3wcv-d 3wcw-d 3uhj-1 6i6r-d 5zxl-d 5jxr-d 3or2-d 3wcu-d 3or1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Peptide cyclase 1

B: Peptide cyclase 1

D: Putative presegetalin B1

C: Putative presegetalin B1

ヘテロ分子

172 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.860, 65.200, 140.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.91, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	D
2	2	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	ASP	ASP	A	A	4 - 724	4 - 724
2	1	SER	SER	ASP	ASP	B	B	4 - 724	4 - 724
1	2	VAL	VAL	PRO	PRO	D	C	2 - 17	15 - 30
2	2	VAL	VAL	PRO	PRO	C	D	2 - 17	15 - 30

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Peptide cyclase 1 分子量: 82483.266 Da / 分子数: 2 / 変異: S562A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccaria hispanica (植物) / 遺伝子: Pcy1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R4P353
#2: タンパク質・ペプチド	Putative presegetalin B1 分子量: 3279.739 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccaria hispanica (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F6LNL6
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.76 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PCY1-S562A complex with PresegB1 was crystallized at 13.3 mg/mL with 0.163 mM PresegB1 in 34.5% (w/v) PEG 3350 and 70 mM Mg sulfate. For cryo protection 5 % (v/v) glycerol were added to reservoir solution.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→47.62 Å / Num. obs: 80090 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 10.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.17→47.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 16.156 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.213 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24803	4273	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21572	-	-	-
obs	0.21732	80090	99.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.405 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.19 Å²	0 Å²	0.38 Å²
2-	-	-0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.17→47.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11692	0	22	257	11971

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	12068
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	10943
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.257	1.952	16364
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.919	3	25428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.182	5	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.337	23.946	598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.778	15	2017
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.929	15	76
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1737
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	13503
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2581
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.3	1.145	5848
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.296	1.144	5847
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.115	1.707	7301
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.116	1.708	7302
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.813	1.311	6218
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.779	1.299	6202
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.858	1.89	9029
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.252	13.022	12390
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.252	13.024	12391
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	45560	0.05
1	2	B	45560	0.05
2	1	D	406	0.1
2	2	C	406	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.17→2.226 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.351	328	-
R_work	0.33	5874	-
obs	-	-	99.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8736	0.8459	0.6753	3.3663	0.4668	2.7422	0.1413	0.4848	-0.4433	-0.5136	0.0334	0.0899	0.4093	0.2947	-0.1747	0.1837	0.1012	-0.1215	0.3303	-0.141	0.4363	-7.267	-12.244	287.494
2	1.9665	-0.1785	0.2594	1.7477	-2.5802	5.0829	-0.1939	-0.2463	-0.1086	0.3264	0.3101	0.05	-0.5741	-0.186	-0.1162	0.1232	0.087	-0.0114	0.1601	0.0018	0.3241	-2.15	3.123	322.615
3	2.0953	-1.0419	0.4088	0.9668	-0.307	1.7547	-0.1036	-0.4284	-0.7588	-0.0252	0.2837	0.3803	0.1117	-0.3129	-0.1801	0.0372	0.0157	-0.0118	0.2671	0.2178	0.6863	-12.896	-18.113	324.77
4	2.4672	-0.6063	0.7907	1.9231	-0.6811	2.0742	-0.1225	-0.7423	-0.554	0.1025	0.3617	0.2546	-0.1342	-0.5262	-0.2392	0.0424	0.1475	0.0888	0.5818	0.2664	0.5834	-31.902	-4.958	329.971
5	3.1902	2.6325	-2.4794	2.7932	-3.2555	4.3441	0.0659	-0.7005	0.0677	0.3348	-0.1956	0.0249	-0.5857	-0.0575	0.1297	0.5178	0.3818	0.0203	0.7149	0.0156	0.4738	-19.272	11.917	328.717
6	1.8295	-0.7403	0.6555	0.9781	-0.1585	1.5521	-0.0563	0.0298	-0.175	0.0307	0.1483	0.2253	-0.1108	-0.2456	-0.0919	0.0104	0.019	-0.0149	0.2341	0.0301	0.3822	-22.401	4.448	300.746
7	1.6789	-0.3186	1.0749	1.1227	-0.881	2.3085	0.1248	0.4505	-0.2444	-0.1022	0.0098	0.1024	0.1063	0.2396	-0.1345	0.0157	0.0247	-0.0322	0.2937	-0.0544	0.4071	-9.354	-0.407	291.865
8	2.9283	0.3565	-0.8278	3.3588	-0.1787	3.7859	0.1413	0.6231	0.5247	-0.5746	0.0424	-0.0755	-0.5668	-0.1789	-0.1837	0.1999	0.0367	0.0156	0.4295	0.1833	0.4375	21.825	34.983	290.34
9	1.4934	-0.5266	-1.1034	1.7237	1.5613	2.5946	-0.0763	-0.044	0.2985	0.1502	0.1195	-0.0618	0.1869	-0.1731	-0.0432	0.0505	0.0339	-0.0992	0.2211	-0.0383	0.4581	12.41	30.231	325.411
10	2.9873	-0.5602	-1.0194	4.1585	-3.4667	7.5345	-0.0273	-0.112	0.5432	-0.1717	0.3602	-0.2134	0.0788	0.424	-0.3328	0.0283	-0.015	-0.0893	0.3731	-0.2165	0.6317	30.966	41.511	330.003
11	2.1356	-0.3048	-0.5076	2.0192	1.7613	3.2049	-0.1466	-0.6897	0.3643	0.2136	0.3698	-0.1724	0.4954	0.7886	-0.2232	0.141	0.2395	-0.1804	0.6538	-0.2432	0.4888	36.544	27.807	336.686
12	2.3718	-0.3109	-1.0465	1.7222	0.8438	2.8976	-0.3568	-0.2255	-0.2156	0.3522	0.3349	-0.1029	0.9777	0.554	0.0219	0.3627	0.2409	-0.0809	0.2964	-0.0226	0.3954	30.894	9.927	317.113
13	2.1048	-0.6313	-0.7744	1.8551	0.1808	2.9859	0.0373	0.1031	0.4956	-0.111	0.1982	-0.2835	-0.0959	0.6246	-0.2355	0.0149	-0.0227	-0.0227	0.3444	-0.0398	0.4527	36.854	27.903	302.865
14	1.6818	0.0077	-0.6711	1.4765	0.3582	3.2134	0.0066	0.5001	0.1855	-0.2301	0.0458	-0.0548	0.0609	-0.031	-0.0524	0.0548	0.0001	-0.0566	0.3316	0.0333	0.3564	23.858	23.36	295.346
15	10.8484	4.9188	4.0362	10.6129	1.9235	1.5605	-0.2213	-0.5463	0.4921	-0.1624	-0.191	0.9907	-0.0734	-0.3405	0.4123	0.3134	0.0015	0.0342	0.5236	-0.0954	0.5059	-7.519	4.003	315.289
16	1.3869	2.943	1.2271	16.7101	7.389	3.3256	0.3526	-0.3064	0.5448	0.828	-0.0833	-0.594	0.3119	0.1887	-0.2693	0.3656	-0.083	0.0232	0.8277	0.0348	0.6596	17.485	18.992	318.004

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	61 - 148
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	149 - 266
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	267 - 381
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	382 - 430
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	431 - 627
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	628 - 724
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	4 - 60
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	61 - 230
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	231 - 266
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	267 - 401
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	402 - 522
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	523 - 627
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	628 - 724
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	2 - 14
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	1 - 14

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)