PDB-5o3u: Structural characterization of the fast and promiscuous macrocycl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o3u

タイトル

Structural characterization of the fast and promiscuous macrocyclase from plant - PCY1-S562A bound to Presegetalin F1

要素

Peptide cyclase 1
Putative presegetalin F1

キーワード

HYDROLASE / segetalin biosynthesis / prolyl oligopeptidase / macrocyclase / peptidase / beta-propeller / closed form

機能・相同性

機能・相同性情報

oligopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Vaccaria hispanica (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Ludewig, H. / Czekster, C.M. / Bent, A.F. / Naismith, J.H.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Characterization of the Fast and Promiscuous Macrocyclase from Plant PCY1 Enables the Use of Simple Substrates.
著者: Ludewig, H. / Czekster, C.M. / Oueis, E. / Munday, E.S. / Arshad, M. / Synowsky, S.A. / Bent, A.F. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2017年5月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5o3u.ent.gz	964.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5o3u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5o3u_validation.pdf.gz	479.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5o3u_full_validation.pdf.gz	491.5 KB	表示
XML形式データ	5o3u_validation.xml.gz	101.1 KB	表示
CIF形式データ	5o3u_validation.cif.gz	145.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/5o3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/5o3u	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5o3vC 5o3wC 5o3xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5uw6-1 5uw3-2 5uw3-3 5uw5-3 5uzw-3 5uzw-4 5uzw-1 5uw5-2 5uw5-4 3bq5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Peptide cyclase 1

B: Peptide cyclase 1

C: Peptide cyclase 1

D: Peptide cyclase 1

L: Putative presegetalin F1

M: Putative presegetalin F1

N: Putative presegetalin F1

O: Putative presegetalin F1

346 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Peptide cyclase 1

L: Putative presegetalin F1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
86.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Peptide cyclase 1

M: Putative presegetalin F1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.5 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Peptide cyclase 1

N: Putative presegetalin F1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.5 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Peptide cyclase 1

O: Putative presegetalin F1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
86.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.860, 85.820, 137.870
Angle α, β, γ (deg.)	87.64, 78.32, 89.52
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	ASP	ASP	A	A	5 - 724	5 - 724
2	1	GLY	GLY	ASP	ASP	B	B	5 - 724	5 - 724
1	2	GLY	GLY	ILE	ILE	A	A	5 - 723	5 - 723
2	2	GLY	GLY	ILE	ILE	C	C	5 - 723	5 - 723
1	3	ALA	ALA	ASP	ASP	A	A	2 - 724	2 - 724
2	3	ALA	ALA	ASP	ASP	D	D	2 - 724	2 - 724
1	4	GLY	GLY	ASP	ASP	B	B	5 - 724	5 - 724
2	4	GLY	GLY	ASP	ASP	C	C	5 - 724	5 - 724
1	5	GLY	GLY	ASP	ASP	B	B	5 - 724	5 - 724
2	5	GLY	GLY	ASP	ASP	D	D	5 - 724	5 - 724
1	6	GLY	GLY	ILE	ILE	C	C	5 - 723	5 - 723
2	6	GLY	GLY	ILE	ILE	D	D	5 - 723	5 - 723
1	7	PHE	PHE	VAL	VAL	L	E	1 - 25	14 - 38
2	7	PHE	PHE	VAL	VAL	M	F	1 - 25	14 - 38
1	8	PHE	PHE	VAL	VAL	L	E	1 - 25	14 - 38
2	8	PHE	PHE	VAL	VAL	N	G	1 - 25	14 - 38
1	9	PHE	PHE	VAL	VAL	L	E	1 - 25	14 - 38
2	9	PHE	PHE	VAL	VAL	O	H	1 - 25	14 - 38
1	10	PHE	PHE	VAL	VAL	M	F	1 - 25	14 - 38
2	10	PHE	PHE	VAL	VAL	N	G	1 - 25	14 - 38
1	11	PHE	PHE	VAL	VAL	M	F	1 - 25	14 - 38
2	11	PHE	PHE	VAL	VAL	O	H	1 - 25	14 - 38
1	12	PHE	PHE	VAL	VAL	N	G	1 - 25	14 - 38
2	12	PHE	PHE	VAL	VAL	O	H	1 - 25	14 - 38

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

#1: タンパク質	Peptide cyclase 1 分子量: 82483.266 Da / 分子数: 4 / 変異: S562A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccaria hispanica (植物) / 遺伝子: Pcy1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R4P353
#2: タンパク質・ペプチド	Putative presegetalin F1 分子量: 3999.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccaria hispanica (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F6LNM3
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 930 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PCY1-S562A complex with PresegF1 was crystallized at 13.0 mg/mL with 0.161.3 mM PresegB1 in 27% (w/v) PEG 3350, 100 mM Ca chloride and 0.1 M Bis-Tris at pH 6.5. For cryo protection 10 % (v/v) ...詳細: PCY1-S562A complex with PresegF1 was crystallized at 13.0 mg/mL with 0.161.3 mM PresegB1 in 27% (w/v) PEG 3350, 100 mM Ca chloride and 0.1 M Bis-Tris at pH 6.5. For cryo protection 10 % (v/v) glycerol were added to reservoir solution.

結晶

マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.34 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PCY1-S562A complex with PresegF1 was crystallized at 13.0 mg/mL with 0.161.3 mM PresegB1 in 27% (w/v) PEG 3350, 100 mM Ca chloride and 0.1 M Bis-Tris at pH 6.5. For cryo protection 10 % (v/v) ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→73.72 Å / Num. obs: 222236 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 7.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: apo PCY1

解像度: 1.86→73.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 7.593 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22338	11725	5 %	RANDOM
R_work	0.19295	-	-	-
obs	0.19445	222236	95.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.171 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.58 Å²	0.79 Å²	0.63 Å²
2-	-	0.27 Å²	-0.75 Å²
3-	-	-	0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.86→73.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23233	0	0	930	24163

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	23977
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	21720
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.441	1.951	32513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.938	3	50487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.333	5	2920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.177	23.975	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.381	15	3993
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.865	15	147
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	3448
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	26843
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5128
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.889	1.01	11635
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.888	1.01	11634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.815	1.502	14522
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.815	1.502	14523
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.337	1.386	12342
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.337	1.386	12342
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.988	1.937	17975
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.678	12.531	26160
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.682	12.394	26014
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	46924	0.07
1	2	B	46924	0.07
2	1	A	46882	0.07
2	2	C	46882	0.07
3	1	A	47488	0.06
3	2	D	47488	0.06
4	1	B	47218	0.07
4	2	C	47218	0.07
5	1	B	46998	0.06
5	2	D	46998	0.06
6	1	C	47314	0.07
6	2	D	47314	0.07
7	1	L	658	0.05
7	2	M	658	0.05
8	1	L	654	0.01
8	2	N	654	0.01
9	1	L	658	0.04
9	2	O	658	0.04
10	1	M	654	0.01
10	2	N	654	0.01
11	1	M	702	0.05
11	2	O	702	0.05
12	1	N	658	0.01
12	2	O	658	0.01

LS精密化シェル

解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.364	851	-
R_work	0.325	16211	-
obs	-	-	94.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0712	-0.4477	-0.7542	1.1615	0.1609	1.341	-0.0031	0.2475	0.1256	-0.0742	-0.0419	-0.0772	-0.1027	0.1202	0.045	0.25	-0.0861	-0.0564	0.1276	0.0608	0.0395	13.785	-43.145	284.314
2	2.2613	-0.7638	2.5669	0.7805	-1.1334	4.85	0.027	-0.0705	0.0745	0.0217	-0.0487	-0.0065	-0.0737	0.0581	0.0218	0.1526	-0.0348	-0.0366	0.0323	0.018	0.0515	4.192	-38.01	321.318
3	1.137	-0.0385	-0.3095	3.3263	1.0563	1.1788	0.0346	0.088	-0.0531	-0.1038	0.0298	-0.2302	-0.007	0.133	-0.0644	0.1588	-0.022	-0.049	0.1134	0.0326	0.0676	24.89	-50.526	325.762
4	1.6924	-1.0013	0.9882	1.3746	-0.4645	1.1005	-0.0034	-0.2131	-0.105	0.0718	0.1056	0.1269	0.0427	-0.1671	-0.1022	0.209	-0.0483	-0.0377	0.0925	0.0735	0.0713	1.574	-62.636	325.355
5	1.0818	0.0506	-0.1688	0.8101	-0.061	0.9945	0.0022	0.0333	0.012	-0.012	0.0126	0.0369	0.0013	0.0326	-0.0148	0.186	-0.0393	-0.0586	0.0281	0.0262	0.0307	4.234	-57.336	294.592
6	1.1602	-0.1629	-0.2506	1.9238	1.5946	3.1477	-0.0431	0.0609	0.0407	0.0245	0.0782	-0.0327	-0.0745	0.1614	-0.0351	0.2091	-0.0293	-0.049	0.0514	0.0501	0.0672	1.656	-41.443	292.553
7	1.8927	-0.5937	1.043	2.1443	0.3798	1.6695	0.209	0.4145	-0.2876	-0.2525	-0.2928	0.2535	-0.0549	-0.1012	0.0839	0.2802	0.0158	-0.1187	0.2376	-0.0927	0.1405	-26.735	-16.747	285.616
8	2.1737	-0.7597	-2.6265	0.7624	0.6596	4.7265	-0.0279	-0.0713	-0.1501	0.0955	-0.0035	0.0773	0.051	-0.0591	0.0315	0.1579	-0.0312	-0.0296	0.0515	0.059	0.0819	-15.183	-25.022	321.888
9	1.1962	-0.1759	0.2723	3.7389	-0.4963	0.8222	-0.0569	0.0216	-0.0622	-0.0936	0.0067	0.1607	0.049	-0.0665	0.0502	0.1402	-0.03	-0.009	0.1117	0.0397	0.074	-35.688	-15.066	326.939
10	2.3111	-0.6981	-1.0092	1.3505	0.039	1.8659	-0.0424	-0.2215	0.1134	0.0827	0.0989	-0.0505	-0.0106	0.1587	-0.0565	0.1863	-0.0374	-0.0655	0.0599	0.0068	0.0281	-20.41	2.394	329.473
11	1.042	-0.2508	0.1253	2.1927	-1.0889	1.6428	-0.0284	-0.226	0.0137	0.1849	0.0686	-0.1739	-0.0631	0.1427	-0.0402	0.1931	-0.0453	-0.05	0.1212	0.022	0.0933	-2.238	-6.11	316.151
12	1.1654	-0.2306	0.0206	1.0594	0.223	0.6464	0.0407	0.0713	-0.0381	-0.091	-0.0448	-0.0244	-0.0104	-0.0099	0.004	0.1916	-0.0332	-0.0462	0.0441	0.0323	0.0333	-16.825	-6.303	295.566
13	3.0219	0.2223	-1.1828	1.6509	0.2331	1.6545	0.0391	-0.4482	0.2448	0.1703	-0.0565	0.0996	-0.1614	-0.1565	0.0174	0.322	0.0376	-0.0304	0.2111	-0.019	0.0779	1.939	-27.985	400.799
14	2.4695	0.5765	2.4711	0.624	0.6496	4.0545	0.0083	0.0826	0.1222	0.0089	0.0005	0.0859	-0.0945	-0.0447	-0.0088	0.179	-0.022	-0.0169	0.0464	0.0624	0.1018	12.484	-20.463	363.89
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17	1.9244	0.296	0.3217	1.5485	0.3252	1.6279	-0.0407	-0.0936	0.0463	0.1372	0.0159	0.072	-0.1287	-0.1445	0.0248	0.238	0.0023	-0.0115	0.0648	0.0277	0.0219	4.639	-37.916	394.838
18	2.3111	-1.5864	1.3045	2.7285	-2.9956	5.2837	0.0532	-0.0651	-0.046	-0.0147	0.131	0.0264	0.0812	-0.065	-0.1842	0.2718	-0.0435	-0.0003	0.0183	-0.0043	0.102	20.829	-26.348	389.104
19	2.3987	0.2665	0.8583	1.4028	0.3509	1.7539	-0.0092	-0.4122	-0.1855	0.1479	-0.0004	-0.1638	0.2935	0.3705	0.0096	0.4318	0.1269	-0.0193	0.2981	0.0719	0.0705	-21.86	-2.606	401.77
20	2.3232	0.5471	-2.5642	1.1258	-0.6477	4.5399	-0.0386	0.0808	-0.0575	0.0509	0.0091	0.0513	0.0955	0.002	0.0295	0.1682	-0.0273	-0.0292	0.0236	0.0205	0.0462	-32.812	-7.062	364.724
21	1.317	-0.0529	-0.2794	3.6849	0.5465	1.2752	0.0185	-0.1701	0.168	0.1202	0.1092	-0.2901	0.0149	0.2277	-0.1277	0.1425	-0.0432	-0.031	0.1387	-0.0276	0.117	-11.771	5.288	360.412
22	2.5232	0.417	-1.7263	0.6918	0.179	3.0423	0.2856	0.1646	0.3661	-0.0501	0.0906	0.0767	-0.2952	-0.2749	-0.3762	0.2211	0.0006	0.0323	0.0641	0.0874	0.1703	-31.159	22.185	361.133
23	4.1534	1.5086	-3.5419	2.235	-1.9997	7.3326	0.0394	0.6154	0.3483	-0.2993	0.1787	0.3481	-0.1007	-0.3788	-0.2181	0.2041	-0.0252	-0.0416	0.1883	0.0549	0.1358	-44.422	6.824	361.048
24	0.7096	-0.1953	-0.3687	1.1074	0.2879	1.3756	-0.0817	-0.1592	0.018	0.1139	0.1336	-0.0669	0.1649	0.2301	-0.0519	0.2431	0.0043	-0.0449	0.1103	0.0174	0.0302	-32.862	9.204	392.011
25	0.0102	-0.0603	-0.1908	0.7653	2.8412	11.8917	-0.0403	0.0093	0.0013	0.0485	-0.0236	0.1271	-0.2439	0.1596	0.064	0.2944	-0.03	0.0438	0.2197	0.0022	0.2732	11.931	-52.212	311.576
26	14.2459	3.5506	6.855	4.8726	3.2457	7.5426	0.0704	0.2482	0.0285	-0.074	-0.1018	0.2546	0.4047	0.2435	0.0314	0.1932	-0.0037	-0.017	0.0859	0.0146	0.1214	0.555	-42.056	310.912
27	0.0489	0.205	-0.6509	0.9046	-2.8791	10.2938	0.0105	-0.0274	-0.0316	-0.0342	-0.0414	-0.1585	0.3318	0.0305	0.0309	0.278	-0.0395	-0.0502	0.2477	0.0152	0.2371	-23.934	-9.978	313.646
28	9.1557	-0.2167	-4.0311	3.7423	0.7793	5.1689	0.1345	0.2628	0.3275	0.0273	-0.1334	0.0409	-0.288	-0.3611	-0.0011	0.1972	-0.012	-0.026	0.0994	0.032	0.1805	-12.562	-18.968	312.663
29	0.2024	-0.704	1.8548	2.5799	-6.4572	19.7719	0.041	0.0246	0.0512	-0.0226	0.0514	-0.1678	-0.294	0.1466	-0.0924	0.3897	0.0173	0.0677	0.3335	0.019	0.3367	3.607	-35.366	372.542
30	10.1221	-3.468	8.7221	3.9014	-3.0821	15.8058	0.0411	-0.2314	-0.3772	0.2468	0.0236	-0.0134	0.0848	-0.2096	-0.0647	0.2247	-0.034	0.0188	0.0749	0.055	0.1573	16.105	-25.821	373.898
31	0.4533	-0.048	-1.2069	1.7988	3.9034	11.1992	-0.0225	-0.0185	0.0404	-0.0599	0.0296	0.0661	0.024	0.0862	-0.0072	0.2866	0.0255	-0.0547	0.2202	0.0148	0.215	-24.297	7.153	374.565
32	12.2719	-3.019	0.4343	8.9971	2.6239	4.2175	-0.0195	-0.3012	0.8016	0.3646	0.1193	-0.1085	-0.2549	0.2392	-0.0998	0.4017	-0.1128	0.036	0.1985	-0.0633	0.1365	-35.222	-2.154	374.655

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	69 - 152
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	153 - 296
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	297 - 436
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	437 - 676
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	677 - 724
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	8 - 68
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	69 - 152
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	153 - 277
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	278 - 401
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	402 - 465
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	466 - 724
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	5 - 68
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	69 - 152
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	153 - 297
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	298 - 551
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	552 - 697
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	698 - 724
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	4 - 68
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	69 - 152
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	153 - 296
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	297 - 397
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	398 - 436
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	437 - 724
25	X-RAY DIFFRACTION	25	L	1 - 12
26	X-RAY DIFFRACTION	26	L	20 - 25
27	X-RAY DIFFRACTION	27	M	1 - 11
28	X-RAY DIFFRACTION	28	M	19 - 25
29	X-RAY DIFFRACTION	29	N	1 - 11
30	X-RAY DIFFRACTION	30	N	20 - 25
31	X-RAY DIFFRACTION	31	O	1 - 11
32	X-RAY DIFFRACTION	32	O	19 - 25

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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