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- PDB-5o3x: Structural characterization of the fast and promiscuous macrocycl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o3x
タイトルStructural characterization of the fast and promiscuous macrocyclase from plant - apo PCY1
要素Peptide cyclase 1
キーワードHYDROLASE / segetalin biosynthesis / prolyl oligopeptidase / macrocyclase / peptidase / beta-propeller / closed form
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / 7 Propeller ...: / Prolyl oligopeptidase, N-terminal domain / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Prolyl endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccaria hispanica (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Ludewig, H. / Czekster, C.M. / Bent, A.F. / Naismith, J.H.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
European Union339367 NCB-TNT 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Characterization of the Fast and Promiscuous Macrocyclase from Plant PCY1 Enables the Use of Simple Substrates.
著者: Ludewig, H. / Czekster, C.M. / Oueis, E. / Munday, E.S. / Arshad, M. / Synowsky, S.A. / Bent, A.F. / Naismith, J.H.
履歴
登録2017年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide cyclase 1
B: Peptide cyclase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,2734
ポリマ－164,9992
非ポリマー2742
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Protein is a monomer according to size exclusion chromatography.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)275.580, 60.850, 88.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 8 - 724 / Label seq-ID: 8 - 724

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Peptide cyclase 1


分子量: 82499.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccaria hispanica (植物) / 遺伝子: Pcy1 / プラスミド: pJ414 / 詳細 (発現宿主): from DNA 2.0 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: R4P353
#2: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 12.2 mg/mL PCY1 in 33% (w/v) PEG 2000, 113.75 mM Mg formate and 0.1 M Na cacodylate pH 7.0. For cryo protection 10% (v/v) glycerol were added to reservoir solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→87.95 Å / Num. obs: 44824 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 11.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QFS

1qfs


解像度: 2.55→87.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 34.652 / SU ML: 0.334 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.349 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26303 2362 5 %RANDOM
Rwork0.2165 ---
obs0.21882 44824 98.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 62.094 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.98 Å20 Å2-0.88 Å2
2--2.07 Å20 Å2
3---1.98 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.55→87.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11414 0 10 139 11563
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01911721
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2421.95315876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.912324728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.44451417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.87723.969587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.835151972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8181576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21679
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02113105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022503
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8062.9095677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8062.9095676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3954.3627088
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3954.3627089
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6812.9766044
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6812.9776045
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.1664.4438788
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.15233.06112502
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.14833.05112500
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 45458 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 162 -
Rwork0.325 3310 -
obs--99.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.38261.101-0.68583.4742-1.10952.6338-0.1140.1127-0.1121-0.30450.20270.5390.4134-0.953-0.08870.1703-0.15590.04590.7969-0.04340.3567289.895.6354.546
27.9269-1.9761.45132.9731-1.85713.6709-0.22350.38540.42420.05180.1147-0.0413-0.0279-0.0520.10880.1284-0.01920.10520.13150.00570.1918324.32319.664-3.033
32.85330.3322-0.0212.4852-0.31783.9912-0.1094-0.1763-0.0514-0.17310.03570.19120.5086-0.21390.07370.1865-0.00070.16350.13160.00210.2651326.933-1.4855.453
43.3719-0.53310.06952.1724-0.90452.976-0.0838-0.3530.3280.0153-0.0832-0.0708-0.14740.04450.1670.03810.0270.04030.3771-0.12250.2066330.72315.41720.871
52.7619-0.79670.1524.71461.0231.4772-0.1044-0.19030.8182-0.18160.0769-0.1072-0.4477-0.36420.02750.23050.18070.06030.558-0.23020.4683304.9428.48320.605
62.3667-0.08620.24811.5672-0.4092.7906-0.0728-0.32890.12-0.08840.12330.21040.2635-0.8578-0.05040.1087-0.020.09560.7386-0.08060.2547296.93812.79215.648
74.34270.12470.50241.0923-0.38871.25130.2152-0.2919-0.2470.1273-0.14110.124-0.2203-0.2568-0.07420.2584-0.00050.1380.3303-0.09120.1498302.79738.35-18.716
82.7546-0.33391.16762.7721-0.43135.0209-0.08240.10470.15330.25220.11140.1904-0.2069-0.3172-0.0290.1032-0.00920.14360.1658-0.03330.2634325.90451.519-25.051
92.98230.44540.57143.141-0.30432.6905-0.12820.80850.0546-0.09610.0915-0.0516-0.24110.41930.03670.1056-0.03040.10750.6458-0.04330.1824327.84341.69-44.583
109.37144.3425-2.1143.7888-2.58372.51980.03450.0259-0.67940.16320.0132-0.04380.25970.1544-0.04770.30090.05520.11590.3486-0.1440.336323.80222.855-30.724
113.38240.4417-0.22462.4585-0.66093.32280.070.323-0.16370.0532-0.0040.048-0.1135-0.0912-0.06610.04830.01580.07130.4539-0.09650.1513297.70633.746-37.555
121.7655-0.37380.25282.2197-1.58413.85830.1322-0.33530.01010.2449-0.0749-0.0404-0.4943-0.2769-0.05730.16530.0050.12790.4137-0.08910.2254288.79137.452-24.277
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 73
2X-RAY DIFFRACTION2A74 - 134
3X-RAY DIFFRACTION3A135 - 272
4X-RAY DIFFRACTION4A273 - 434
5X-RAY DIFFRACTION5A435 - 490
6X-RAY DIFFRACTION6A491 - 724
7X-RAY DIFFRACTION7B5 - 124
8X-RAY DIFFRACTION8B125 - 272
9X-RAY DIFFRACTION9B273 - 382
10X-RAY DIFFRACTION10B383 - 440
11X-RAY DIFFRACTION11B441 - 625
12X-RAY DIFFRACTION12B626 - 724

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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