+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5uw3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | PCY1 in Complex with Follower Peptide | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | LYASE / Natural Product / Orbitide / Cyclase | ||||||
Function / homology | Function and homology information Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Serine endopeptidases / serine-type endopeptidase activity / proteolysis Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Vaccaria hispanica (bladder-soapwort) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.96 Å | ||||||
Authors | Chekan, J.R. / Nair, S.K. | ||||||
Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2017 Title: Characterization of the macrocyclase involved in the biosynthesis of RiPP cyclic peptides in plants. Authors: Chekan, J.R. / Estrada, P. / Covello, P.S. / Nair, S.K. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5uw3.cif.gz | 609.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5uw3.ent.gz | 493.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5uw3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/5uw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/5uw3 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 5uw5C 5uw6C 5uw7C 5uzwC 1qfsS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / End auth comp-ID: HOH / End label comp-ID: HOH / Refine code: 0
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 85600.742 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vaccaria hispanica (bladder-soapwort) / Gene: Pcy1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: R4P353 #2: Protein/peptide | Mass: 1986.205 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 14-32 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Vaccaria hispanica (bladder-soapwort) / References: UniProt: F6LNL5 #3: Chemical | ChemComp-CAC / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 42.94 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 282 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 16% PEG 8,000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5), 14 mg/mL protein, Protein was preincubated with 5 mM boric acid and 1 mM PSA1 [14-32] |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 13, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.96→44.9 Å / Num. obs: 201248 / % possible obs: 95.8 % / Redundancy: 3.8 % / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 8.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.96→1.967 Å / Redundancy: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 2057 / Rsym value: 0.525 / % possible all: 96.8 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1QFS Resolution: 1.96→44.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 4.122 / SU ML: 0.118 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.163 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.961 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.96→44.9 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|