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万見
- PDB-5o2d: PARP14 Macrodomain 2 with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o2d
タイトルPARP14 Macrodomain 2 with inhibitor
要素Poly [ADP-ribose] polymerase 14
キーワードADP-RIBOSE-BINDING-PROTEIN / PARP / ADP-ribose / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / Nicotinamide salvage / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity ...negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / Nicotinamide salvage / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ binding / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / innate immune response / negative regulation of gene expression / enzyme binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PARP-14, RNA recognition motif 2 / : / Parp14 WWE domain / PARP14, first type I KH domain / PARP14, second RRM domain / PARP14, second type I KH domain / PARP14, third type I KH domain / PARP14, fourth type I KH domain / PARP14, fifth type I KH domain / PARP14, sixth type I KH domain ...PARP-14, RNA recognition motif 2 / : / Parp14 WWE domain / PARP14, first type I KH domain / PARP14, second RRM domain / PARP14, second type I KH domain / PARP14, third type I KH domain / PARP14, fourth type I KH domain / PARP14, fifth type I KH domain / PARP14, sixth type I KH domain / PAR14-like, first RRM domain / PARP14, third RRM domain / PARP14-like, eighth type I KH domain / : / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9HH / Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Uth, K. / Schuller, M. / Sieg, C. / Wang, J. / Krojer, T. / Knapp, S. / Riedels, K. / Bracher, F. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C. ...Uth, K. / Schuller, M. / Sieg, C. / Wang, J. / Krojer, T. / Knapp, S. / Riedels, K. / Bracher, F. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C. / Bountra, C. / Elkins, J.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Discovery of a Selective Allosteric Inhibitor Targeting Macrodomain 2 of Polyadenosine-Diphosphate-Ribose Polymerase 14.
著者: Schuller, M. / Riedel, K. / Gibbs-Seymour, I. / Uth, K. / Sieg, C. / Gehring, A.P. / Ahel, I. / Bracher, F. / Kessler, B.M. / Elkins, J.M. / Knapp, S.
履歴
登録2017年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年2月21日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.32018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / diffrn_detector
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_detector.detector
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9302
ポリマ－21,5931
非ポリマー3361
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.408, 35.740, 37.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1344-

HOH

21A-1421-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Poly [ADP-ribose] polymerase 14 / PARP-14 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 8 / ARTD8 / B aggressive lymphoma protein 2


分子量: 21593.494 Da / 分子数: 1 / 変異: K1048S,K1154S,K1158S,K1162S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP14, BAL2, KIAA1268 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q460N5, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-9HH / ~{N}-[2-(9~{H}-carbazol-1-yl)phenyl]methanesulfonamide


分子量: 336.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16N2O2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.8M sodium phosphate monobasic, 0.8M potassium phosphate dibasic, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: CS-PAD XPP / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→27.65 Å / Num. obs: 22712 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 1036 / CC1/2: 0.925 / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→27.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.135 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17406 1087 4.8 %RANDOM
Rwork0.13003 ---
obs0.13212 21619 98.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.851 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å2-0 Å20.43 Å2
2---0.6 Å2-0 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→27.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1436 0 24 130 1590
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191564
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.481.9582145
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95633403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4775210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.72724.83962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.76515268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.88158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.111.567789
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0451.563788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6412.362995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6442.364996
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4921.837775
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4911.837776
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.132.641144
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.69320.131713
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.25319.721684
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.86333026
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.757578
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.72353038
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 59 -
Rwork0.146 1482 -
obs--91.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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