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Yorodumi- PDB-3l1v: Crystal structure of GmhB from E. coli in complex with calcium an... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3l1v | ||||||
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Title | Crystal structure of GmhB from E. coli in complex with calcium and phosphate. | ||||||
Components | D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / LPS biosynthesis / Sugar phosphatase / Zinc / heptose / Carbohydrate metabolism / Cytoplasm / Lipopolysaccharide biosynthesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase activity / D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase / ADP-L-glycero-beta-D-manno-heptose biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / magnesium ion binding / zinc ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.954 Å | ||||||
Authors | Sugiman-Marangos, S.N. / Junop, M.S. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2010 Title: Structural and kinetic characterization of the LPS biosynthetic enzyme D-alpha,beta-D-heptose-1,7-bisphosphate phosphatase (GmhB) from Escherichia coli. Authors: Taylor, P.L. / Sugiman-Marangos, S. / Zhang, K. / Valvano, M.A. / Wright, G.D. / Junop, M.S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3l1v.cif.gz | 163.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3l1v.ent.gz | 126.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3l1v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/3l1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/3l1v | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2gmwSC 3l1uC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Details | The biological assembly of GmhB is a monomer as judged by gel filtration chromatography. |
-Components
#1: Protein | Mass: 23490.607 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K-12 / Gene: b0200, gmhB, JW0196, yaeD / Plasmid: pet28b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P63228, Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-monoester hydrolases #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.81 Å3/Da / Density % sol: 31.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 Details: 25% PEG 3350, 0.1M Tris, 0.005M DTT, 0.025M sodium chloride, 0.005M calcium chloride, 0.005M sodium phosphate, 11% glycerol , pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU RU300 / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 5, 2008 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Blue confocal optics mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→45.29 Å / Num. all: 24747 / Num. obs: 24747 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 3.89 % / Biso Wilson estimate: 31.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2.02 Å / Redundancy: 3.89 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2468 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2GMW Resolution: 1.954→27.135 Å / SU ML: 0.33 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.02 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.107 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.954→27.135 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection details: chain B and resid 184:205) |