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- PDB-3l1v: Crystal structure of GmhB from E. coli in complex with calcium an... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3l1v | ||||||
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Title | Crystal structure of GmhB from E. coli in complex with calcium and phosphate. | ||||||
![]() | D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / LPS biosynthesis / Sugar phosphatase / Zinc / heptose / Carbohydrate metabolism / Cytoplasm / Lipopolysaccharide biosynthesis | ||||||
Function / homology | ![]() D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase activity / D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase / ADP-L-glycero-beta-D-manno-heptose biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / magnesium ion binding / zinc ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sugiman-Marangos, S.N. / Junop, M.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and kinetic characterization of the LPS biosynthetic enzyme D-alpha,beta-D-heptose-1,7-bisphosphate phosphatase (GmhB) from Escherichia coli. Authors: Taylor, P.L. / Sugiman-Marangos, S. / Zhang, K. / Valvano, M.A. / Wright, G.D. / Junop, M.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 163.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 126.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 443 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 447.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 26.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2gmwSC ![]() 3l1uC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Details | The biological assembly of GmhB is a monomer as judged by gel filtration chromatography. |
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Components
#1: Protein | Mass: 23490.607 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P63228, Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-monoester hydrolases #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.81 Å3/Da / Density % sol: 31.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 Details: 25% PEG 3350, 0.1M Tris, 0.005M DTT, 0.025M sodium chloride, 0.005M calcium chloride, 0.005M sodium phosphate, 11% glycerol , pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 5, 2008 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Blue confocal optics mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→45.29 Å / Num. all: 24747 / Num. obs: 24747 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 3.89 % / Biso Wilson estimate: 31.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2.02 Å / Redundancy: 3.89 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2468 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2GMW Resolution: 1.954→27.135 Å / SU ML: 0.33 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.02 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.107 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.954→27.135 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection details: chain B and resid 184:205) |