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万見
- PDB-5nt7: Structure of the LOTUS domain of Oskar in complex with the C-term... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nt7
タイトルStructure of the LOTUS domain of Oskar in complex with the C-terminal RecA-like domain of Vasa
要素
  • ATP-dependent RNA helicase vasa, isoform A
  • Maternal effect protein oskar
キーワードhydrolase/hydrolase regulator / DEAD-box RNA helicase / ATPase / RNA binding / regulator / stimulator / germ plasm / nuage / LOTUS / hydrolase- hydrolase regulator complex / hydrolase-hydrolase regulator complex
機能・相同性
機能・相同性情報


posterior abdomen determination / pole plasm mRNA localization / regulation of oskar mRNA translation / P granule assembly / pole plasm protein localization / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / pole plasm / posterior cell cortex / thermosensory behavior / P granule organization ...posterior abdomen determination / pole plasm mRNA localization / regulation of oskar mRNA translation / P granule assembly / pole plasm protein localization / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / pole plasm / posterior cell cortex / thermosensory behavior / P granule organization / pole plasm assembly / pole cell formation / segmentation / secondary piRNA processing / visual behavior / gamete generation / P granule / germ cell nucleus / cortical actin cytoskeleton organization / oogenesis / germ cell development / protein localization to nucleus / long-term memory / regulation of mRNA stability / visual learning / intracellular protein localization / cell cortex / cell differentiation / RNA helicase activity / endosome / RNA helicase / mRNA binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
OSK domain / Ded1/Dbp1, DEAD-box helicase domain / OSK domain / LOTUS domain-like / OST-HTH/LOTUS domain / LOTUS-like domain / OST-HTH/LOTUS domain / OST-type HTH domain profile. / SGNH hydrolase superfamily / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. ...OSK domain / Ded1/Dbp1, DEAD-box helicase domain / OSK domain / LOTUS domain-like / OST-HTH/LOTUS domain / LOTUS-like domain / OST-HTH/LOTUS domain / OST-type HTH domain profile. / SGNH hydrolase superfamily / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase vasa / Maternal effect protein oskar
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Jeske, M. / Ephrussi, A. / Mueller, C.W.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2017
タイトル: The LOTUS domain is a conserved DEAD-box RNA helicase regulator essential for the recruitment of Vasa to the germ plasm and nuage.
著者: Jeske, M. / Muller, C.W. / Ephrussi, A.
履歴
登録2017年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: ATP-dependent RNA helicase vasa, isoform A
A: Maternal effect protein oskar
C: Maternal effect protein oskar
D: ATP-dependent RNA helicase vasa, isoform A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3304
ポリマ－60,3304
非ポリマー00
水11,043613
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area22760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.950, 39.040, 97.480
Angle α, β, γ (deg.)89.28, 91.85, 99.26
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase vasa, isoform A / Antigen Mab46F11


分子量: 18247.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N-terminal residues GH (Glycine, Histidine) stem from the TEV cleavage site
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: vas, vasa, CG46283 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09052, RNA helicase
#2: タンパク質 Maternal effect protein oskar


分子量: 11917.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N-terminal residues GPLGS stem from the 3C cleavage site
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: osk, CG10901 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25158
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 613 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Tris pH 7.5, 200 mM potassium thiocyanate, 16% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97908 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 102457 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 2.16 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 10.44
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 2.18 % / Rmerge(I) obs: 1.382 / Mean I/σ(I) obs: 0.74 / CC1/2: 0.394 / % possible all: 87.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A49, 2DB3

5a49

2db3


解像度: 1.4→48.713 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 24.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1991 1996 1.95 %
Rwork0.169 --
obs0.1696 102415 91.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→48.713 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3837 0 0 613 4450

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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