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- PDB-5nrp: Beta domain of human transcobalamin bound to cobinamide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nrp
タイトルBeta domain of human transcobalamin bound to cobinamide
要素Transcobalamin-2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / binding protein / bloodstream / alternative substrate / substrate bound
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective TCN2 causes TCN2 deficiency / Defective CD320 causes MMATC / Transport of RCbl within the body / cargo receptor ligand activity / cobalt ion transport / cobalamin transport / cobalamin binding / lysosomal lumen / external side of plasma membrane / extracellular space ...Defective TCN2 causes TCN2 deficiency / Defective CD320 causes MMATC / Transport of RCbl within the body / cargo receptor ligand activity / cobalt ion transport / cobalamin transport / cobalamin binding / lysosomal lumen / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 - #30 / Domain of unknown function DUF4430 / Domain of unknown function (DUF4430) / Cobalamin (vitamin B12)-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding proteins signature. / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COB(II)INAMIDE / CYANIDE ION / Transcobalamin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.569 Å
データ登録者Bloch, J.S. / Locher, K.P.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Structure of the human transcobalamin beta domain in four distinct states.
著者: Bloch, J.S. / Ruetz, M. / Krautler, B. / Locher, K.P.
履歴
登録2017年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年10月16日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / reflns_shell / Item: _atom_site.occupancy
改定 2.12019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 2.22024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcobalamin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9764
ポリマ－11,9701
非ポリマー2,0063
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area7560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.859, 59.859, 70.114
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-621-

HOH

21A-661-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcobalamin-2 / TC-2 / Transcobalamin II / TCII


分子量: 11969.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCN2, TC2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P20062
#2: 化合物 ChemComp-CBY / COB(II)INAMIDE


分子量: 990.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C48H72CoN11O8
#3: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1 M sodium malonate pH 7.0, 12% w/v polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→41.68 Å / Num. obs: 19877 / % possible obs: 95.53 % / 冗長度: 10.2 % / Net I/σ(I): 16.79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.569→41.683 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2091 1885 5.01 %
Rwork0.1786 --
obs0.1802 37636 95.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.569→41.683 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数832 0 138 81 1051
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0831028
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d4.3911447
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.942380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.657155
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.039178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5692-1.61160.44031230.45522439X-RAY DIFFRACTION84
1.6116-1.6590.391430.36342721X-RAY DIFFRACTION96
1.659-1.71260.33421490.32052826X-RAY DIFFRACTION96
1.7126-1.77380.30231450.25952755X-RAY DIFFRACTION97
1.7738-1.84480.22511460.21982792X-RAY DIFFRACTION97
1.8448-1.92880.25161470.19852811X-RAY DIFFRACTION97
1.9288-2.03050.22941440.17822764X-RAY DIFFRACTION97
2.0305-2.15770.25351450.16842741X-RAY DIFFRACTION95
2.1577-2.32430.22091390.16922689X-RAY DIFFRACTION94
2.3243-2.55810.27821550.18052839X-RAY DIFFRACTION99
2.5581-2.92820.24241490.18552822X-RAY DIFFRACTION98
2.9282-3.68890.18261530.16512830X-RAY DIFFRACTION98
3.6889-41.69820.17141470.16032722X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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