[日本語] English
万見
- PDB-5nqw: IgE-Fc in complex with single domain antibody 026 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nqw
タイトルIgE-Fc in complex with single domain antibody 026
要素
  • 026
  • Immunoglobulin heavy constant epsilon
キーワードIMMUNE SYSTEM / IgE-Fc / nanobody / VHH / allergy
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / type 2 immune response ...adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / type I hypersensitivity / B cell antigen processing and presentation / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / type 2 immune response / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / mast cell degranulation / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / B cell proliferation / macrophage differentiation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCERI mediated MAPK activation / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated NF-kB activation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / inflammatory response / immune response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Laursen, N.S. / Jabs, F. / Spillner, E. / Andersen, G.R.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Trapping IgE in a closed conformation by mimicking CD23 binding prevents and disrupts Fc epsilon RI interaction.
著者: Jabs, F. / Plum, M. / Laursen, N.S. / Jensen, R.K. / Molgaard, B. / Miehe, M. / Mandolesi, M. / Rauber, M.M. / Pfutzner, W. / Jakob, T. / Mobs, C. / Andersen, G.R. / Spillner, E.
履歴
登録2017年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin heavy constant epsilon
B: Immunoglobulin heavy constant epsilon
C: 026
D: 026
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8298
ポリマ－77,1744
非ポリマー2,6544
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10540 Å2
ΔGint32 kcal/mol
Surface area32410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.020, 102.020, 300.424
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Immunoglobulin heavy constant epsilon / Ig epsilon chain C region / Ig epsilon chain C region ND


分子量: 23834.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01854
#2: 抗体 026


分子量: 14752.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M imidazole pH 7.0 11-12 % polyethylene glycol 20.000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→20 Å / Num. obs: 22583 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.3 % / Net I/σ(I): 8.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2614: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WQR

2wqr


解像度: 3.4→19.993 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2409 2000 8.86 %
Rwork0.2123 --
obs0.2149 22561 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→19.993 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5226 0 178 0 5404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045552
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d4.7177614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2193352
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.716881
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007957
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4001-3.48470.40281370.37011401X-RAY DIFFRACTION100
3.4847-3.57840.35011390.31481432X-RAY DIFFRACTION100
3.5784-3.68310.36741410.33691447X-RAY DIFFRACTION100
3.6831-3.80120.33041410.29181459X-RAY DIFFRACTION100
3.8012-3.93610.31691390.29761434X-RAY DIFFRACTION100
3.9361-4.09240.27781420.24921452X-RAY DIFFRACTION100
4.0924-4.27690.23591400.21521446X-RAY DIFFRACTION100
4.2769-4.49990.20311410.19151451X-RAY DIFFRACTION100
4.4999-4.77830.21621420.16261459X-RAY DIFFRACTION100
4.7783-5.14140.17751450.16981475X-RAY DIFFRACTION100
5.1414-5.64820.24571440.16561482X-RAY DIFFRACTION100
5.6482-6.44150.21341440.19521491X-RAY DIFFRACTION100
6.4415-8.02720.20541490.19291528X-RAY DIFFRACTION100
8.0272-19.99350.21611560.19011604X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.18020.23521.57411.5651-1.4584.27010.2893-0.3770.17260.5461-0.2829-0.098-0.81110.5875-0.040.9788-0.11640.05411.73310.03920.95562.1016-20.5394-24.3522
23.5012-0.3571-1.58032.0224-0.87073.31350.0580.0316-0.2924-0.5663-0.1279-0.09240.5220.7918-0.00010.9940.15870.00011.37250.03761.0855-3.3348-40.2155-43.9662
31.9842-1.02130.21483.8682-1.6924.02610.367-0.21820.2620.27240.09330.2795-0.57270.0289-0.04490.8029-0.06480.14041.26380.06761.2646-26.5423-11.2574-38.3244
43.02381.06750.43032.4849-2.28443.5981-0.0487-0.0972-0.5552-0.32580.2970.16020.6607-0.3283-0.00010.9746-0.0856-0.03461.07680.09571.1231-20.6741-36.729-49.2028
54.80651.6910.36185.3512-1.28073.25340.1533-0.34540.0199-0.0599-0.16570.2054-0.1926-0.0436-00.64370.07630.05810.95650.0790.8357-2.1927-9.7216-61.3531
63.7302-1.5603-0.47463.55070.26043.9374-0.1707-1.0509-0.38980.20370.101-0.00480.18030.457700.77990.02540.00661.44860.26231.0422-21.9115-41.9292-14.3223
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 336:436 or resid 545)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 437:545
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and (resid 334:436 or resid 545)
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid 437:544
5X-RAY DIFFRACTION5chain C
6X-RAY DIFFRACTION6chain D

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る