PDB-5np3: Abl2 SH3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5np3

タイトル

Abl2 SH3

要素

Abelson tyrosine-protein kinase 2

キーワード

TRANSFERASE / signaling / tyrosine phosphorylation / SH3 domain / kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / regulation of cell motility / positive regulation of establishment of T cell polarity / negative regulation of Rho protein signal transduction / exploration behavior / regulation of endocytosis / actin monomer binding / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of T cell migration / Negative regulation of FLT3 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Mero, B. / Radnai, L. / Gogl, G. / Leveles, I. / Buday, L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the tyrosine phosphorylation-mediated inhibition of SH3 domain-ligand interactions.
著者: Mero, B. / Radnai, L. / Gogl, G. / Toke, O. / Leveles, I. / Koprivanacz, K. / Szeder, B. / Dulk, M. / Kudlik, G. / Vas, V. / Cserkaszky, A. / Sipeki, S. / Nyitray, L. / Vertessy, B.G. / Buday, L.

履歴

登録	2017年4月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月30日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年4月3日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5np3.cif.gz	141.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5np3.ent.gz	115.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5np3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5np3_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5np3_full_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示
XML形式データ	5np3_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	5np3_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/5np3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/5np3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5np2C 5np5C 1aboS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2lp5-d 5j8t-d 2f2v-d 5np5-2 5fwb-d 3i9q-d 5fw9-d 1m3b-d 1s1n-d 4fss-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (5) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (5)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Abelson tyrosine-protein kinase 2

B: Abelson tyrosine-protein kinase 2

C: Abelson tyrosine-protein kinase 2

D: Abelson tyrosine-protein kinase 2

27.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Abelson tyrosine-protein kinase 2

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, monomer
6.77 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Abelson tyrosine-protein kinase 2

登録者が定義した集合体
6.77 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Abelson tyrosine-protein kinase 2

登録者が定義した集合体
6.77 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Abelson tyrosine-protein kinase 2

登録者が定義した集合体
6.77 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	44.780, 44.780, 173.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Abelson tyrosine-protein kinase 2 / Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 2 / Abelson-related gene protein / Tyrosine-protein kinase ARG 分子量: 6766.482 Da / 分子数: 4 / 断片: SH3 domain, UNP Residues 110-166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABL2, ABLL, ARG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P42684, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Abelson tyrosine-protein kinase 2 / Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 2 / Abelson-related gene protein / Tyrosine-protein kinase ARG

分子量: 6766.482 Da / 分子数: 4 / 断片: SH3 domain, UNP Residues 110-166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABL2, ABLL, ARG / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P42684, non-specific protein-tyrosine kinase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.8 M di-sodium-DL-malate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→38.8 Å / Num. obs: 13363 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.1 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 15.46
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 1.05 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 1002 / CC_1/2: 0.53 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ABO

1abo

解像度: 2→38.781 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 30.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2344	690	5.19 %
R_work	0.2006	-	-
obs	0.2024	13289	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.781 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1803	0	0	37	1840

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1856
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.952	2532
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.307	646
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	273
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	333

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0003-2.1548	0.3532	142	0.326	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1548-2.3716	0.2655	137	0.2642	2508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3716-2.7147	0.3066	132	0.2611	2505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7147-3.4199	0.2661	138	0.1987	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4199-38.7879	0.181	141	0.1587	2516	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0459	0.0106	-0.1718	0.2387	0.1621	0.1489	0.049	0.1771	0.3407	-0.0927	-0.0595	-0.0889	-0.0401	-0.1519	-0	0.2382	-0.0116	0.0145	0.3956	0.0436	0.443	26.2636	57.687	-10.3516
2	0.2022	-0.0065	-0.2491	0.232	-0.0255	0.0739	-0.1818	0.0313	0.1687	0.1685	0.1105	-0.1	0.1147	-0.0165	-0	0.2097	0.034	0.0295	0.4246	-0.0112	0.2701	29.398	51.4549	-7.9962
3	-0.0407	-0.0308	-0.0113	0.2692	0.0349	-0.0648	-0.0966	0.158	0.1812	0.1869	-0.0186	0.089	0.2014	0.1877	-0	0.1972	-0.005	0.0596	0.4158	0.012	0.3323	27.9101	53.0327	-10.1738
4	-0.0267	-0.0206	-0.0155	-0.101	-0.013	-0.0037	0.0379	0.245	-0.4825	0.2415	0.2688	0.1751	0.2811	0.1376	0	0.2964	0.0223	0.0058	0.3519	0.0611	0.4605	32.5217	67.3186	13.0207
5	-0.0574	-0.0667	0.1245	-0.0726	0.0781	0.2375	0.2059	0.0349	0.5746	-0.287	0.1123	-0.2722	-0.0634	0.0064	0	0.2453	0.0288	-0.0252	0.5266	0.0648	0.4082	27.3707	67.1356	-2.7516
6	0.2275	-0.1618	-0.1218	0.0546	0.2062	-0.1105	0.2053	0.0606	0.2804	0.032	-0.18	-0.0613	0.0155	-0.3913	0	0.2973	0.0091	0.0102	0.4081	-0.0482	0.2963	26.5165	66.4504	5.6399
7	0.0462	-0.0023	-0.0899	0.0275	0.0631	0.0051	0.3865	0.107	0.096	-0.1186	-0.318	-0.4317	-0.0522	-0.7677	-0	0.2495	0.0943	0.0269	0.3427	-0.0309	0.3721	25.1926	71.0801	5.5351
8	0.0489	0.0165	-0.0312	-0.0835	-0.0486	0.13	0.2311	-0.1467	0.1828	-0.0149	-0.0654	-0.3637	0.0788	-0.1082	0	0.273	0.0043	-0.0277	0.3446	-0.0085	0.3088	29.0977	64.3817	6.4107
9	0.1899	-0.047	0.0128	0.0236	0.015	0.3031	0.0183	-0.1447	0.0332	-0.4616	0.0492	0.3638	-0.0722	-0.0049	-0	0.2939	-0.0108	-0.063	0.514	-0.026	0.3145	-0.0471	62.0033	8.3233
10	0.0065	0.0085	-0.0056	-0.0103	0.0029	0.0332	-0.4569	-0.2422	0.2987	-0.2976	-0.4714	-0.4664	0.7305	-0.1167	-0	0.3733	0.0759	-0.2386	0.4761	0.1303	0.6729	13.3616	52.9596	10.1462
11	0.0377	-0.0991	0.0156	0.1019	0.1284	0.0621	-0.114	-0.6138	0.0944	-0.1974	0.0269	0.1867	-0.0371	0.0277	0	0.257	-0.009	-0.01	0.4313	-0.0189	0.2648	3.761	62.4173	11.365
12	0.0211	0.0033	-0.0134	0.0132	-0.0082	0.0118	0.0626	0.3875	-0.2955	-0.4078	0.0003	-0.0788	0.3258	-0.0131	-0	0.2879	-0.2038	-0.0202	0.5841	-0.0243	0.228	14.0427	63.9497	-0.2688
13	-0.0015	0.017	0.0126	0.0263	0.164	0.0234	0.0034	-0.4273	0.1966	-0.1632	0.4863	-0.1138	0.1211	0.3297	-0	0.1694	0.0111	-0.0416	0.5045	-0.0601	0.2131	7.9716	62.771	13.364
14	-0.0196	0.0238	0.041	0.152	-0.0423	-0.0207	0.1249	0.0042	-0.2503	0.02	-0.034	0.0865	-0.032	-0.0239	-0	0.2136	-0.0034	-0.0463	0.3935	0.0081	0.1981	4.1014	64.0227	7.0597
15	0.0017	-0.1587	0.0511	0.0318	0.2545	0.2157	0.1774	-0.0446	-0.0076	-0.0781	0.0813	-0.2393	0.1858	0.0265	0	0.2429	-0.0399	-0.0094	0.3737	-0.0152	0.3661	7.9182	48.5574	-4.7592
16	0.1256	0.0023	0.4025	0.2558	0.4187	0.0803	0.1457	-0.0097	0.0121	0.1108	-0.2	-0.1622	-0.0056	-0.1883	0	0.2295	-0.0157	0.0125	0.3361	-0.0213	0.3195	3.7022	50.3509	-7.7932

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 64 through 83 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 84 through 98 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 99 through 120 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 63 through 68 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 69 through 78 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 79 through 98 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 99 through 107 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 108 through 120 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 64 through 73 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 74 through 78 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 79 through 93 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 94 through 98 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 99 through 106 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 107 through 120 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 61 through 86 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 87 through 120 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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