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- PDB-5noi: human Robo2 extracellular domains 4-5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5noi
タイトルhuman Robo2 extracellular domains 4-5
要素Roundabout homolog 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Slit-Robo
機能・相同性
機能・相同性情報


olfactory bulb interneuron development / apoptotic process involved in luteolysis / negative regulation of negative chemotaxis / Regulation of cortical dendrite branching / negative regulation of synapse assembly / heart induction / axon guidance receptor activity / ROBO receptors bind AKAP5 / Formation of the ureteric bud / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO ...olfactory bulb interneuron development / apoptotic process involved in luteolysis / negative regulation of negative chemotaxis / Regulation of cortical dendrite branching / negative regulation of synapse assembly / heart induction / axon guidance receptor activity / ROBO receptors bind AKAP5 / Formation of the ureteric bud / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / endocardial cushion formation / Signaling by ROBO receptors / pulmonary valve morphogenesis / metanephros development / outflow tract septum morphogenesis / retinal ganglion cell axon guidance / positive regulation of axonogenesis / axon midline choice point recognition / aortic valve morphogenesis / ureteric bud development / aorta development / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / homophilic cell-cell adhesion / axolemma / cellular response to hormone stimulus / axon guidance / central nervous system development / cell-cell adhesion / brain development / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / chemotaxis / cell surface / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Roundabout homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Opatowsky, Y. / Barak, R.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
ISF1425/15 イスラエル
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Robo Ig4 Is a Dimerization Domain.
著者: Yom-Tov, G. / Barak, R. / Matalon, O. / Barda-Saad, M. / Guez-Haddad, J. / Opatowsky, Y.
履歴
登録2017年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Roundabout homolog 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6881
ポリマ－21,6881
非ポリマー00
水25214
1
A: Roundabout homolog 2

A: Roundabout homolog 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3752
ポリマ－43,3752
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_656-x+3/2,y,-z+7/41
Buried area1530 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area22110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.749, 99.749, 123.465
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Roundabout homolog 2


分子量: 21687.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROBO2, KIAA1568 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HCK4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.26 % / 解説: pyramid
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.1M NaCl, 11-13% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1.008818 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008818 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→38.8 Å / Num. obs: 12530 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / Net I/σ(I): 21.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C4K, 2EDJ

4c4k

2edj


解像度: 2.4→38.8 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2669 2328 9.99 %
Rwork0.2371 --
obs0.2401 23308 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1476 0 0 14 1490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0231520
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9152081
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.664933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.12246
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.017273
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3985-2.44750.40251360.38661224X-RAY DIFFRACTION100
2.4475-2.50070.3531380.37611223X-RAY DIFFRACTION100
2.5007-2.55890.43031400.35791239X-RAY DIFFRACTION100
2.5589-2.62290.38961400.341224X-RAY DIFFRACTION100
2.6229-2.69380.38921370.3731250X-RAY DIFFRACTION100
2.6938-2.7730.43551360.35411226X-RAY DIFFRACTION100
2.773-2.86250.43281370.36151238X-RAY DIFFRACTION100
2.8625-2.96480.33461360.33941234X-RAY DIFFRACTION100
2.9648-3.08350.33611350.32411224X-RAY DIFFRACTION100
3.0835-3.22380.32751360.26231243X-RAY DIFFRACTION100
3.2238-3.39370.35911330.27331243X-RAY DIFFRACTION100
3.3937-3.60630.35161390.25951238X-RAY DIFFRACTION100
3.6063-3.88460.25951390.23571221X-RAY DIFFRACTION100
3.8846-4.27530.20481400.18721241X-RAY DIFFRACTION100
4.2753-4.89330.1881340.16931233X-RAY DIFFRACTION100
4.8933-6.16280.19841390.1821234X-RAY DIFFRACTION100
6.1628-46.46190.20681330.19931245X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 99.9705 Å / Origin y: 102.0444 Å / Origin z: 131.1448 Å
111213212223313233
T0.503 Å2-0.042 Å2-0.0129 Å2-0.3618 Å20.0299 Å2--0.2885 Å2
L0.2169 °20.1463 °20.2748 °2-1.3024 °2-0.073 °2--0.3624 °2
S-0.0354 Å °-0.098 Å °0.2026 Å °0.4393 Å °-0.0121 Å °0.0338 Å °-0.1565 Å °-0.1576 Å °0.0192 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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