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- PDB-5noc: Solution NMR Structure of the C-terminal domain of ParB (Spo0J) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5noc
タイトルSolution NMR Structure of the C-terminal domain of ParB (Spo0J)
要素Stage 0 sporulation protein J
キーワードDNA BINDING PROTEIN / homodimer / bacterial / chromosome / segregation / centromere
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / bacterial nucleoid / sporulation resulting in formation of a cellular spore / chromosome segregation / chromosome / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / ParB dimerisation domain / ParB/Spo0J, HTH domain / ParB HTH domain / : / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB N-terminal domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Stage 0 sporulation protein J
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Higman, V.A. / Fisher, G.L.M. / Dillingham, M.S. / Crump, M.P.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust100401/Z/12/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council1363883 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: The structural basis for dynamic DNA binding and bridging interactions which condense the bacterial centromere.
著者: Fisher, G.L. / Pastrana, C.L. / Higman, V.A. / Koh, A. / Taylor, J.A. / Butterer, A. / Craggs, T. / Sobott, F. / Murray, H. / Crump, M.P. / Moreno-Herrero, F. / Dillingham, M.S.
履歴
登録2017年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stage 0 sporulation protein J
B: Stage 0 sporulation protein J


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2222
ポリマ－16,2222
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3190 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area6150 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Stage 0 sporulation protein J


分子量: 8111.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: spo0J, BSU40960 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26497

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC
132isotropic13D HNCO
142isotropic13D HNCA
152isotropic13D HN(CO)CA
162isotropic13D HN(CA)CB
172isotropic13D CBCA(CO)NH
182isotropic13D C(CO)NH
192isotropic13D H(CCO)NH
1102isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1112isotropic13D 1H-15N NOESY
1122isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1132isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1141isotropic12D 1H-1H TOCSY
1151isotropic12D 1H-1H NOESY
1163isotropic13D 13C,15N F1-filtered, 13C,15N F3-edited 13C-NOSEY-HSQC
1173isotropic13D 13C,15N F1-filtered, 13C,15N F3-edited 15N-NOSEY-HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution13 mM ParB (Spo0J), 137 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 95% H2O/5% D2Ounlabelled95% H2O/5% D2O
solution23 mM [U-13C; U-15N] ParB (Spo0J), 137 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 95% H2O/5% D2O15N13C95% H2O/5% D2O
solution31.5 mM ParB (Spo0J), 1.5 mM [U-13C; U-15N] ParB (Spo0J), 137 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 95% H2O/5% D2Omixed_labelled95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
3 mMParB (Spo0J)natural abundance1
137 mMsodium chloridenatural abundance1
2.7 mMpotassium chloridenatural abundance1
10 mMNa2HPO4natural abundance1
1.8 mMKH2PO4natural abundance1
3 mMParB (Spo0J)[U-13C; U-15N]2
137 mMsodium chloridenatural abundance2
2.7 mMpotassium chloridenatural abundance2
10 mMNa2HPO4natural abundance2
1.8 mMKH2PO4natural abundance2
1.5 mMParB (Spo0J)natural abundance3
1.5 mMParB (Spo0J)-label[U-13C; U-15N]3
137 mMsodium chloridenatural abundance3
2.7 mMpotassium chloridenatural abundance3
10 mMNa2HPO4natural abundance3
1.8 mMKH2PO4natural abundance3
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: standard / pH: 6.1 / 圧: 1 atm / 温度: 208 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VNMRS / 製造業者: Varian / モデル: VNMRS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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