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- PDB-5nnu: KSHV uracil-DNA glycosylase, product complex with dsDNA exhibitin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nnu
タイトルKSHV uracil-DNA glycosylase, product complex with dsDNA exhibiting duplex nucleotide flipping
要素
  • DNA
  • DNA containing an abasic site
  • Uracil-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE / Uracil-DNA glycosylase
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily ...Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Uracil-DNA glycosylase / Core gene UL2 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Earl, C. / Bagneris, C. / Barrett, T. / Savva, R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: A structurally conserved motif in gamma-herpesvirus uracil-DNA glycosylases elicits duplex nucleotide-flipping.
著者: Earl, C. / Bagneris, C. / Zeman, K. / Cole, A. / Barrett, T. / Savva, R.
履歴
登録2017年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: DNA containing an abasic site
A: Uracil-DNA glycosylase
B: Uracil-DNA glycosylase
D: Uracil-DNA glycosylase
E: Uracil-DNA glycosylase
T: DNA
U: DNA containing an abasic site
V: DNA
W: DNA containing an abasic site
X: DNA
Y: DNA containing an abasic site
Z: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,28612
ポリマ－135,28612
非ポリマー00
水2,000111
1
S: DNA containing an abasic site
A: Uracil-DNA glycosylase
T: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8223
ポリマ－33,8223
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13190 Å2
手法PISA
2
B: Uracil-DNA glycosylase
U: DNA containing an abasic site
V: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8223
ポリマ－33,8223
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area13260 Å2
手法PISA
3
D: Uracil-DNA glycosylase
W: DNA containing an abasic site
X: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8223
ポリマ－33,8223
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12880 Å2
手法PISA
4
E: Uracil-DNA glycosylase
Y: DNA containing an abasic site
Z: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8223
ポリマ－33,8223
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.100, 70.800, 140.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖
DNA containing an abasic site


分子量: 3230.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: AAB: DNA abasic site / 由来: (合成) synthetic construct
#2: タンパク質
Uracil-DNA glycosylase / UDG / UNG


分子量: 27226.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: ORF46 / プラスミド: pRSET-C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 Express lysY/Iq
参照: UniProt: Q76RG8, UniProt: F5HFA1*PLUS, uracil-DNA glycosylase
#3: DNA鎖
DNA


分子量: 3365.249 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.1 M magnesium acetate, 8% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→73.09 Å / Num. obs: 33476 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.971 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.97→9.85 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.694 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4405 / CC1/2: 0.656 / Rpim(I) all: 0.65 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PHENIX1.10-2155精密化
XDSデータ削減
MOLREP11位相決定
Aimless0.5.23データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2J8X

2j8x


解像度: 2.97→49.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.441
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2692 1717 5.3 %RANDOM
Rwork0.2438 ---
obs0.2451 32502 96.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 154.77 Å2 / Biso mean: 73.1692 Å2 / Biso min: 27.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.56 Å20 Å2-0.19 Å2
2--1.17 Å2-0 Å2
3---1.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.97→49.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6954 1760 0 111 8825
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0179143
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.027435
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6641.77612817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4317165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.5545908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.23421.993271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.916151040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6731546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.21384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0218981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.021941
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2496.7833650
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1866.7823649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.82710.0974549
LS精密化 シェル解像度: 2.97→3.047 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 130 -
Rwork0.339 2308 -
all-2438 -
obs--99.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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