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- PDB-5nme: 868 TCR in complex with HLA A02 presenting SLYNTVATL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nme
タイトル868 TCR in complex with HLA A02 presenting SLYNTVATL
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Gag protein
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • Human T-cell receptor beta chain
  • T-cell receptor Alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / TCR / CD8+
機能・相同性
機能・相同性情報


host cellular component / Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cell nuclear membrane / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation ...host cellular component / Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cell nuclear membrane / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / viral budding via host ESCRT complex / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Integration of provirus / endoplasmic reticulum exit site / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / Binding and entry of HIV virion / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / Membrane binding and targetting of GAG proteins / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Assembly Of The HIV Virion / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / Budding and maturation of HIV virion / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / host multivesicular body / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / antibacterial humoral response / T cell differentiation in thymus / protein refolding / viral nucleocapsid / protein homotetramerization
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / gag protein p24 N-terminal domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / gag protein p24 N-terminal domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag protein / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Gag polyprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Cole, D.K. / Fuller, A. / Sewell, A.K.
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2017
タイトル: Dual Molecular Mechanisms Govern Escape at Immunodominant HLA A2-Restricted HIV Epitope.
著者: Cole, D.K. / Fuller, A. / Dolton, G. / Zervoudi, E. / Legut, M. / Miles, K. / Blanchfield, L. / Madura, F. / Holland, C.J. / Bulek, A.M. / Bridgeman, J.S. / Miles, J.J. / Schauenburg, A.J.A. ...著者: Cole, D.K. / Fuller, A. / Dolton, G. / Zervoudi, E. / Legut, M. / Miles, K. / Blanchfield, L. / Madura, F. / Holland, C.J. / Bulek, A.M. / Bridgeman, J.S. / Miles, J.J. / Schauenburg, A.J.A. / Beck, K. / Evavold, B.D. / Rizkallah, P.J. / Sewell, A.K.
履歴
登録2017年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Gag protein
D: T-cell receptor Alpha chain
E: Human T-cell receptor beta chain
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: Gag protein
I: T-cell receptor Alpha chain
J: Human T-cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,40826
ポリマ－189,14710
非ポリマー1,26116
水75742
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Gag protein
D: T-cell receptor Alpha chain
E: Human T-cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,11012
ポリマ－94,5745
非ポリマー5367
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: Gag protein
I: T-cell receptor Alpha chain
J: Human T-cell receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,29814
ポリマ－94,5745
非ポリマー7259
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)211.140, 85.140, 113.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21F
12B
22G
13D
23I
14E
24J

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYPROPROAA1 - 2761 - 276
21GLYGLYPROPROFF1 - 2761 - 276
12METMETMETMETBB0 - 991 - 100
22METMETMETMETGG0 - 991 - 100
13LYSLYSPROPRODD2 - 2001 - 199
23LYSLYSPROPROII2 - 2001 - 199
14ASPASPARGARGEE1 - 2401 - 240
24ASPASPARGARGJJ1 - 2401 - 240

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AFBGDIEJ

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 T-cell receptor Alpha chain


分子量: 22321.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 Human T-cell receptor beta chain


分子量: 27440.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CH

#3: タンパク質・ペプチド Gag protein


分子量: 981.101 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: O11793, UniProt: P04591*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 58分子

#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium Cacodylate, pH 6.0, 15% PEG 4000, 0.2 M Ammonium Sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→64.76 Å / Num. obs: 44013 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.94→3.01 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.959 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3213 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BNU, 2V2W

2bnu

2v2w


解像度: 2.94→64.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 42.429 / SU ML: 0.353 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.448 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26326 2212 5 %RANDOM
Rwork0.1961 ---
obs0.19947 41746 98.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.995 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.75 Å20 Å2-0 Å2
2---2.92 Å20 Å2
3---1.17 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.94→64.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13316 0 73 42 13431
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.01913756
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211914
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9721.93118670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.116327719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.20351646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.57523.862712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.13152194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2331596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.21947
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02115419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022982
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5833.2966611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5823.2966610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6914.9398248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6914.948249
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.723.4717141
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6963.4547117
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8125.10410381
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.91736.24314251
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.91536.23914249
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A163220.12
12F163220.12
21B57120.12
22G57120.12
31D107440.12
32I107440.12
41E142040.11
42J142040.11
LS精密化 シェル解像度: 2.936→3.012 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 151 -
Rwork0.281 3055 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5261.13950.81793.8293-0.27695.1036-0.1084-0.0884-0.0821-0.0306-0.0091-0.12810.25160.07990.11760.3640.00110.04270.0056-0.00030.025756.588226.011929.8952
23.1561-0.9367-0.001113.10170.57672.37110.1918-0.0131-0.39890.1559-0.0978-1.3110.36580.2126-0.09410.44430.0129-0.02370.43820.04660.446762.3247-6.086845.4486
32.8610.8916-1.51952.8811-1.81298.8964-0.0681-0.093-0.12250.04120.23190.25910.2142-0.4383-0.16380.3070.0177-0.00180.20910.04610.177842.95836.363643.4427
45.63512.5904-1.3164.5408-3.36252.6032-0.30590.36480.1107-0.0629-0.0513-0.48680.04090.13210.35720.2309-0.0267-0.060.1554-0.04950.198673.59751.145519.4893
58.2526-3.0003-2.28525.931.84366.53440.0864-0.27710.83530.2467-0.1412-0.4376-0.40110.25840.05480.4168-0.1593-0.11720.38960.18890.480776.994582.64328.0365
62.2752-1.20480.63329.4220.45792.5611-0.0927-0.11380.15180.1205-0.00860.3965-0.1761-0.32870.10130.19550.0049-0.03970.21040.02170.057150.99356.280624.9187
75.0349-0.5284-3.36552.67230.38836.8978-0.0205-0.28430.27670.1663-0.1307-0.0712-0.16990.2870.15120.37140.0187-0.18460.11040.04610.226360.823978.79936.6533
85.0038-0.67290.7054.02830.3285.5351-0.27950.53650.3731-0.2094-0.00020.1937-0.2944-0.03410.27970.4824-0.1279-0.20940.69110.17060.336495.077424.4424-6.3573
92.7469-0.45130.65044.552-4.540211.07190.213-0.35190.1904-0.24360.08080.1430.1397-0.2167-0.29380.3534-0.11680.0780.588-0.01270.395196.723223.2035-42.9018
104.97510.25941.91835.3122.25466.6425-0.22340.0437-0.1295-0.3019-0.16750.33340.2478-0.40660.39090.3991-0.2333-0.06760.98130.22480.478380.872815.9259-28.164
116.10952.6073.11551.40531.04515.7395-0.08880.14410.2098-0.18410.1630.1145-0.09740.0826-0.07420.16620.0440.04970.17070.10190.2645115.395228.850618.1651
126.9326-0.575-0.77587.00810.38034.6743-0.048-0.2424-0.4224-0.1652-0.034-0.34930.60510.40.0820.2473-0.00840.0030.4364-0.02330.3044126.706125.475448.9949
132.9061-0.27641.03035.0262-2.64737.1974-0.09290.04520.09830.33040.03610.5507-0.0901-0.60020.05680.2153-0.1090.08450.3189-0.05670.241396.076215.879623.6836
144.92453.79230.67098.22390.71811.9081-0.0148-0.14440.07520.1463-0.05170.14790.4433-0.09710.06640.24770.00310.09460.26990.06040.1298109.956123.614250.7051
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 10
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D0 - 115
6X-RAY DIFFRACTION5D116 - 210
7X-RAY DIFFRACTION6E0 - 115
8X-RAY DIFFRACTION7E116 - 247
9X-RAY DIFFRACTION8F0 - 180
10X-RAY DIFFRACTION8H1 - 10
11X-RAY DIFFRACTION9F181 - 276
12X-RAY DIFFRACTION10G0 - 99
13X-RAY DIFFRACTION11I0 - 115
14X-RAY DIFFRACTION12I116 - 210
15X-RAY DIFFRACTION13J0 - 115
16X-RAY DIFFRACTION14J116 - 247

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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