[日本語] English
万見
- PDB-5nkq: Crystal structure of a dual topology fluoride ion channel. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nkq
タイトルCrystal structure of a dual topology fluoride ion channel.
要素
  • Monobody
  • Putative fluoride ion transporter CrcB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Dual topology channel / Fluoride channel / monobody
機能・相同性fluoride channel activity / cellular detoxification of fluoride / Putative fluoride ion transporter CrcB / CrcB-like protein, Camphor Resistance (CrcB) / metal ion binding / plasma membrane / FLUORIDE ION / Fluoride-specific ion channel FluC
機能・相同性情報
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Stockbridge, R. / Miller, C. / Newstead, S.
資金援助 英国, 米国, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust102890/Z/13/Z 英国
National Institutes of HealthRO1-GM107023 米国
National Institutes of HealthU54-GM087519 米国
National Institutes of HealthK99-GM-111767 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Crystal structures of a double-barrelled fluoride ion channel.
著者: Stockbridge, R.B. / Kolmakova-Partensky, L. / Shane, T. / Koide, A. / Koide, S. / Miller, C. / Newstead, S.
履歴
登録2017年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2017年4月26日ID: 5FXB
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative fluoride ion transporter CrcB
B: Putative fluoride ion transporter CrcB
C: Putative fluoride ion transporter CrcB
D: Putative fluoride ion transporter CrcB
E: Monobody
F: Monobody
G: Monobody
H: Monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,81718
ポリマ－93,6198
非ポリマー19810
水5,008278
1
A: Putative fluoride ion transporter CrcB
B: Putative fluoride ion transporter CrcB
F: Monobody
H: Monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9089
ポリマ－46,8094
非ポリマー995
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Putative fluoride ion transporter CrcB
D: Putative fluoride ion transporter CrcB
E: Monobody
G: Monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9089
ポリマ－46,8094
非ポリマー995
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.590, 84.060, 85.960
Angle α, β, γ (deg.)109.41, 101.40, 101.37
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Putative fluoride ion transporter CrcB


分子量: 13291.635 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: crcB, BP1217 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7VYU0
#2: 抗体
Monobody


分子量: 10113.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド


分子量: 18.998 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 5.5
詳細: 2-26% (V/V) POLYETHYLENE GLYCOL 500 DME, 0.1 M NA-CITRATE PH 5.5, 10 MM NAF

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41 Å / Num. obs: 51576 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 40.28 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.5 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.43 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A40

5a40


解像度: 2.17→40.952 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2429 2562 4.97 %
Rwork0.2166 --
obs0.2179 51554 96.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→40.952 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6399 0 10 278 6687
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026581
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4219030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3763684
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371064
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031085
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.17-2.21170.3291460.28842694X-RAY DIFFRACTION96
2.2117-2.25690.33121600.30282725X-RAY DIFFRACTION96
2.2569-2.3060.35171460.28842649X-RAY DIFFRACTION97
2.306-2.35960.31621290.28952710X-RAY DIFFRACTION95
2.3596-2.41860.3461220.27342711X-RAY DIFFRACTION96
2.4186-2.4840.28761230.26582717X-RAY DIFFRACTION96
2.484-2.55710.30831050.24782763X-RAY DIFFRACTION96
2.5571-2.63960.31751610.22942713X-RAY DIFFRACTION97
2.6396-2.73390.25991560.23052699X-RAY DIFFRACTION97
2.7339-2.84330.2521750.22452688X-RAY DIFFRACTION97
2.8433-2.97270.21811610.20752730X-RAY DIFFRACTION98
2.9727-3.12940.22111450.20062759X-RAY DIFFRACTION98
3.1294-3.32540.23921470.19462734X-RAY DIFFRACTION98
3.3254-3.5820.20721540.20492778X-RAY DIFFRACTION98
3.582-3.94220.25911610.19792725X-RAY DIFFRACTION98
3.9422-4.5120.22021510.21082728X-RAY DIFFRACTION97
4.512-5.68230.20841220.2032717X-RAY DIFFRACTION97
5.6823-40.95960.2037980.19842752X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.8456 Å / Origin y: -50.4237 Å / Origin z: 18.2977 Å
111213212223313233
T0.3082 Å20.0005 Å20.011 Å2-0.3107 Å20.037 Å2--0.3822 Å2
L0.0317 °20.0134 °20.0365 °2-0.1689 °20.1021 °2--0.3656 °2
S-0.01 Å °0.0171 Å °0.0116 Å °-0.0159 Å °-0.0051 Å °-0.0404 Å °-0.0215 Å °0.0466 Å °0.0122 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る