PDB-5ni2: Crystal structure of human LTA4H mutant E271A in complex with LTA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ni2

タイトル

Crystal structure of human LTA4H mutant E271A in complex with LTA4 (crystal form I)

要素

Leukotriene A-4 hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Metallopeptidase / epoxide hydrolase / leukotriene A4

機能・相同性

機能・相同性情報

leukotriene-A4 hydrolase / tripeptide aminopeptidase / tripeptide aminopeptidase activity / leukotriene-A4 hydrolase activity / Biosynthesis of protectins / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.501 Å

データ登録者

Stsiapanava, A.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Capturing LTA4 hydrolase in action: Insights to the chemistry and dynamics of chemotactic LTB4 synthesis.
著者: Stsiapanava, A. / Samuelsson, B. / Haeggstrom, J.Z.

履歴

登録	2017年3月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ni2.cif.gz	382.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ni2.ent.gz	317.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ni2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ni2_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ni2_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5ni2_validation.xml.gz	31.4 KB	表示
CIF形式データ	5ni2_validation.cif.gz	47.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/5ni2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/5ni2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dprC 5ni4C 5ni6C 5niaC 5nidC 5nieC 4ms6 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3chs-d 3fuj-d 3chp-d 1gw6-d 3fhe-d 3fu0-d 6o5h-1 4rvb-d 4r7l-d 4rsy-d 3fu6-d 3fue-d 5fwq-d 1sqm-d 3ftv-d 5n3w-d 7av1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Leukotriene A-4 hydrolase

ヘテロ分子

70.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.710, 84.610, 133.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1139- HOH
2	1	A-1433- HOH
3	1	A-1437- HOH

#1: タンパク質	Leukotriene A-4 hydrolase / LTA-4 hydrolase / Leukotriene A(4) hydrolase 分子量: 70134.820 Da / 分子数: 1 / 変異: E271A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LTA4H, LTA4 / プラスミド: pT3MB4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 / 参照: UniProt: P09960, leukotriene-A4 hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-YB / YTTERBIUM (III) ION 分子量: 173.040 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Yb
#4: 化合物	ChemComp-DJ3 / 5S-5,6-oxido-7,9-trans-11,14-cis-eicosatetraenoic acid / ロイコトリエンA₄ 分子量: 318.450 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.1 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.7 詳細: 22% (w/v) PEG 8000, 100 mM imidazole pH 6.7, 5 mM YbCl3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→39.37 Å / Num. obs: 122621 / % possible obs: 99.47 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.32 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.09879 / R_pim(I) all: 0.04128 / Net I/σ(I): 9.25
反射シェル	解像度: 1.5→1.56 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 2.077 / Mean I/σ(I) obs: 0.67 / Num. unique obs: 11695 / CC_1/2: 0.285 / R_pim(I) all: 0.8572 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.501→39.369 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.6 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1963	6121	5.01 %
R_work	0.1722	-	-
obs	0.1734	122196	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.501→39.369 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4848	0	26	639	5513

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5116
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.995	6951
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.332	1934
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	773
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	887

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5012-1.5183	0.37	186	0.3672	3526	X-RAY DIFFRACTION	91
1.5183-1.5361	0.3505	212	0.3568	3763	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5361-1.5549	0.3528	205	0.3394	3803	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5549-1.5745	0.3088	209	0.3158	3848	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5745-1.5953	0.324	190	0.3065	3840	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5953-1.6171	0.3056	219	0.2992	3822	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6171-1.6402	0.3102	195	0.2808	3846	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6402-1.6647	0.2934	217	0.2693	3865	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6647-1.6907	0.289	200	0.2571	3835	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6907-1.7184	0.2506	208	0.2484	3868	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7184-1.7481	0.2488	208	0.2482	3818	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7481-1.7798	0.2774	195	0.2453	3876	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7798-1.8141	0.257	189	0.2316	3840	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8141-1.8511	0.241	200	0.2032	3874	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8511-1.8914	0.2226	215	0.1932	3858	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8914-1.9353	0.2123	206	0.1968	3870	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9353-1.9837	0.2443	202	0.1831	3833	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9837-2.0374	0.1883	216	0.1722	3847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0374-2.0973	0.1952	212	0.1653	3876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0973-2.165	0.2042	211	0.1645	3883	X-RAY DIFFRACTION	100
2.165-2.2424	0.1794	207	0.1544	3868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2424-2.3322	0.1572	173	0.1524	3920	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3322-2.4383	0.1638	193	0.1537	3902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4383-2.5668	0.1938	227	0.1568	3899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5668-2.7276	0.1918	216	0.1554	3917	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7276-2.9381	0.1979	186	0.1554	3921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9381-3.2337	0.1999	213	0.1686	3921	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2337-3.7013	0.1797	212	0.1578	3927	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7013-4.6621	0.1547	187	0.1351	4031	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6621-39.3823	0.1861	212	0.1782	4178	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3265	0.0999	0.0065	0.1253	0.0797	0.303	0.1216	-0.039	-0.0836	-0.1695	0.2594	0.2373	0.4156	-0.3347	0.2381	0.4932	-0.1878	-0.1925	0.3266	0.1734	0.4224	-1.9118	52.7132	21.9584
2	0.1159	0.0598	-0.1195	0.4302	-0.2948	0.6965	0.031	-0.0971	-0.0757	-0.0179	0.057	0.0449	0.1943	0.016	0.0005	0.249	0.0231	-0.0313	0.2697	0.049	0.2843	20.6729	65.7243	31.1478
3	0.1869	0.11	-0.0309	0.399	-0.134	0.3692	-0.0009	0.0335	-0.0028	-0.1108	0.0643	0.0231	0.0472	0.043	-0	0.2492	0.0002	-0.0106	0.2937	0.0301	0.2397	23.7891	82.0586	10.8433

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resi 3:208
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resi 209:465 or (resi 900 and resname ZN)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resi 466:609

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