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- PDB-3chs: Crystal structure of leukotriene A4 hydrolase in complex with (2S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3chs
タイトルCrystal structure of leukotriene A4 hydrolase in complex with (2S)-2-amino-5-[[4-[(2S)-2-hydroxy-2-phenyl-ethoxy]phenyl]amino]-5-oxo-pentanoic acid
要素Leukotriene A-4 hydrolase
キーワードHYDROLASE / EPOXIDE HYDROLASE / ALPHA-BETA PROTEIN / LEUKOTRIENE BIOSYNTHESIS / METALLOPROTEASE / Inhibitor complex / Alternative splicing / Cytoplasm / Metal-binding / Multifunctional enzyme / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


leukotriene-A4 hydrolase / leukotriene-A4 hydrolase activity / tripeptide aminopeptidase activity / tripeptide aminopeptidase / Biosynthesis of protectins / protein metabolic process / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins ...leukotriene-A4 hydrolase / leukotriene-A4 hydrolase activity / tripeptide aminopeptidase activity / tripeptide aminopeptidase / Biosynthesis of protectins / protein metabolic process / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / epoxide hydrolase activity / leukotriene biosynthetic process / response to zinc ion / peptide catabolic process / type I pneumocyte differentiation / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / response to peptide hormone / lipid metabolic process / tertiary granule lumen / peptidase activity / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / proteolysis / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidase M1, leukotriene A4 hydrolase/aminopeptidase C-terminal domain / Leukotriene A4 hydrolase/leucine aminopeptidase / Peptidase M1, leukotriene A4 hydrolase/aminopeptidase C-terminal / Peptidase M1, LTA-4 hydrolase/aminopeptidase, C-terminal domain superfamily / : / Leukotriene A4 hydrolase, C-terminal / Leukotriene A4 hydrolase, C-terminal / Aminopeptidase, leukotriene A4 hydrolase-like / Zincin-like - #30 / Zincin-like ...Peptidase M1, leukotriene A4 hydrolase/aminopeptidase C-terminal domain / Leukotriene A4 hydrolase/leucine aminopeptidase / Peptidase M1, leukotriene A4 hydrolase/aminopeptidase C-terminal / Peptidase M1, LTA-4 hydrolase/aminopeptidase, C-terminal domain superfamily / : / Leukotriene A4 hydrolase, C-terminal / Leukotriene A4 hydrolase, C-terminal / Aminopeptidase, leukotriene A4 hydrolase-like / Zincin-like - #30 / Zincin-like / tricorn interacting facor f3 domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4BU / IMIDAZOLE / YTTERBIUM (III) ION / Leukotriene A-4 hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Thunnissen, M.M.G.M. / Adler, M. / Whitlow, M.
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Synthesis of glutamic acid analogs as potent inhibitors of leukotriene A4 hydrolase.
著者: Kirkland, T.A. / Adler, M. / Bauman, J.G. / Chen, M. / Haeggstrom, J.Z. / King, B. / Kochanny, M.J. / Liang, A.M. / Mendoza, L. / Phillips, G.B. / Thunnissen, M. / Trinh, L. / Whitlow, M. / ...著者: Kirkland, T.A. / Adler, M. / Bauman, J.G. / Chen, M. / Haeggstrom, J.Z. / King, B. / Kochanny, M.J. / Liang, A.M. / Mendoza, L. / Phillips, G.B. / Thunnissen, M. / Trinh, L. / Whitlow, M. / Ye, B. / Ye, H. / Parkinson, J. / Guilford, W.J.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of Human Leukotriene A4 Hydrolase, a Bifunctional Enzyme in Inflammation
著者: Thunnissen, M.M.G.M. / Nordlund, P.N. / Haeggstrom, J.Z.
#2: ジャーナル: FASEB J. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of LEUKOTRIENE A4 HYDROLASE in complex with captopril and two competitive tight-binding inhibitors.
著者: Thunnissen, M.M.G.M. / Anderson, B. / Samuelsson, B. / Wong, C.-H. / Haeggstrom, J.Z.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Leukotriene A4 Hydrolase: Selective Abrogation of Leukotriene B4 Formation by Mutation of Aspartic Acid 375.
著者: Rudberg, P.C. / Tholander, F. / Thunnissen, M.M. / Samuelsson, B. / Haeggstrom, J.Z.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Leukotriene A4 Hydrolase: Identification of a Common Carboxylate Recognition Site for the Epoxide Hydrolase and Aminopeptidase Substrates
著者: Rudberg, P.C. / Tholander, F.O.T. / Andberg, M. / Thunnissen, M.M.G.M. / Haeggstrom, J.Z.
履歴
登録2008年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukotriene A-4 hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2457
ポリマ－69,2331
非ポリマー1,0126
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.618, 133.266, 83.644
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1010-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Leukotriene A-4 hydrolase / LTA-4 hydrolase / Leukotriene A(4) hydrolase


分子量: 69232.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LTA4H, LTA4 / プラスミド: PT3-MB4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 / 参照: UniProt: P09960, leukotriene-A4 hydrolase

-
非ポリマー , 5種, 73分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-YB / YTTERBIUM (III) ION


分子量: 173.040 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Yb
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物 ChemComp-4BU / (2S)-2-amino-5-[[4-[(2S)-2-hydroxy-2-phenyl-ethoxy]phenyl]amino]-5-oxo-pentanoic acid


分子量: 358.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22N2O5
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8
詳細: PEG 8000, SODIUM ACETATE, IMIDEAZOLE PH 6.8, YBCL2, BESTATIN, PH 8.0, LIQUID DIFFUSION, TEMPERATURE 298K, pH 8.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.55→19.96 Å / Num. all: 25287 / Num. obs: 25287 / % possible obs: 99.98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
CNX精密化
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.55→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 9.814 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.605 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24753 1291 5.1 %RANDOM
Rwork0.21119 ---
obs0.21306 23992 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.509 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.76 Å20 Å20 Å2
2--2.18 Å20 Å2
3----2.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4876 0 35 67 4978
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0215033
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0541.966838
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6195609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.22290
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2192
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0810.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2420.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.080.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3371.53054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.63124962
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.88731979
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4644.51876
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.55-2.620.331120.2561734100
2.62-2.690.31940.241646100
2.69-2.760.26810.241653100
2.76-2.850.35860.24157799.94
2.85-2.940.33730.231539100
2.94-3.040.27790.23149299.94
3.04-3.150.35870.241432100
3.15-3.270.28770.231417100
3.27-3.420.26810.231338100
3.42-3.580.3680.211291100
3.58-3.760.21620.21231100
3.76-3.980.24570.21204100
3.98-4.250.26690.21106899.91
4.25-4.570.2470.191040100
4.57-4.980.18450.18976100
4.98-5.530.19530.19878100
5.53-6.30.3420.22800100
6.3-7.540.24310.2704100
7.54-9.980.14280.1656799.83
9.98-200.12190.211734405100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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