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- PDB-5nf0: Discovery, crystal structures and atomic force microscopy study o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nf0
タイトルDiscovery, crystal structures and atomic force microscopy study of thioether ligated D,L-cyclic antimicrobial peptides against multidrug resistant Pseudomonas aeruginosa
要素
  • CYD-TRP-TRD-LYS-LYD-LYS-LYD-LYS-TRD-TRP-CYD-GLY
  • Fragment of ligand
  • Fucose-binding lectin II (PA-IIL)
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Cyclic peptides / Antimicrobials / Pseudomonas aeruginosa
機能・相同性
機能・相同性情報


single-species biofilm formation / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Calcium-mediated lectin / Lectin, sugar-binding / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ORTHO-XYLENE / Chem-ZDC / Fucose-binding lectin / Fucose-binding lectin PA-IIL
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.271 Å
データ登録者Reymond, J.-L. / Darbre, T. / Stocker, A. / Hong, W. / van Delden, C. / Koehler, T. / Luscher, A. / Visini, R. / Fu, Y. / Di Bonaventura, I. / He, R.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2017
タイトル: Design, crystal structure and atomic force microscopy study of thioether ligated d,l-cyclic antimicrobial peptides against multidrug resistant Pseudomonas aeruginosa.
著者: He, R. / Di Bonaventura, I. / Visini, R. / Gan, B.H. / Fu, Y. / Probst, D. / Luscher, A. / Kohler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Hong, W. / Darbre, T. / Reymond, J.L.
履歴
登録2017年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_conn_angle ...chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id ..._chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-binding lectin II (PA-IIL)
B: Fucose-binding lectin II (PA-IIL)
C: Fucose-binding lectin II (PA-IIL)
D: Fucose-binding lectin II (PA-IIL)
E: CYD-TRP-TRD-LYS-LYD-LYS-LYD-LYS-TRD-TRP-CYD-GLY
F: Fragment of ligand
G: CYD-TRP-TRD-LYS-LYD-LYS-LYD-LYS-TRD-TRP-CYD-GLY
H: CYD-TRP-TRD-LYS-LYD-LYS-LYD-LYS-TRD-TRP-CYD-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,53923
ポリマ－52,0758
非ポリマー1,46415
水10,647591
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: already known by first crystallization. Well known protein in literature
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11630 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.278, 99.966, 106.611
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 EGHF

#2: タンパク質・ペプチド CYD-TRP-TRD-LYS-LYD-LYS-LYD-LYS-TRD-TRP-CYD-GLY


分子量: 1611.033 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド Fragment of ligand


分子量: 303.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / Fucose-binding lectin PA-IIL


分子量: 11734.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: lecB, PAERUG_E15_London_28_01_14_00983, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_00423, PAMH19_1713
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A069Q9V4, UniProt: Q9HYN5*PLUS
#5: 糖
ChemComp-ZDC / 3,7-anhydro-2,8-dideoxy-L-glycero-D-gluco-octonic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 206.193 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H14O6

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非ポリマー , 3種, 602分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-OXE / ORTHO-XYLENE / o-キシレン


分子量: 106.165 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.005 M Cadmium chloride hydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月29日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.27→47.03 Å / Num. obs: 120367 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.31 % / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 13.95
反射 シェル解像度: 1.27→1.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 18173 / Num. unique obs: 58803 / CC1/2: 0.851 / Rrim(I) all: 0.615 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OXC

1oxc


解像度: 1.271→47.03 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.15 / 位相誤差: 19.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1845 11349 5.01 %
Rwork0.1628 --
obs0.1639 226635 92.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.271→47.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3628 0 84 591 4303
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113774
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.265150
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3231210
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.126625
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008662
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.271-1.28550.30913390.28296373X-RAY DIFFRACTION81
1.2855-1.30060.25183550.27626665X-RAY DIFFRACTION86
1.3006-1.31640.29343640.26526801X-RAY DIFFRACTION88
1.3164-1.33310.29723680.25776923X-RAY DIFFRACTION88
1.3331-1.35070.29693510.26046775X-RAY DIFFRACTION88
1.3507-1.36920.28653490.25436655X-RAY DIFFRACTION85
1.3692-1.38870.24833600.23756800X-RAY DIFFRACTION88
1.3887-1.40940.24883620.22556865X-RAY DIFFRACTION87
1.4094-1.43150.23863650.21896962X-RAY DIFFRACTION90
1.4315-1.45490.26343730.21977074X-RAY DIFFRACTION90
1.4549-1.480.20813730.20597163X-RAY DIFFRACTION92
1.48-1.50690.20563790.20297156X-RAY DIFFRACTION92
1.5069-1.53590.20883790.18357254X-RAY DIFFRACTION93
1.5359-1.56730.20573880.17457313X-RAY DIFFRACTION93
1.5673-1.60140.19883790.1657237X-RAY DIFFRACTION94
1.6014-1.63860.16663900.16337436X-RAY DIFFRACTION94
1.6386-1.67960.1853880.15857358X-RAY DIFFRACTION94
1.6796-1.7250.19223900.16127408X-RAY DIFFRACTION95
1.725-1.77580.20363910.1557319X-RAY DIFFRACTION94
1.7758-1.83310.17183730.1517026X-RAY DIFFRACTION90
1.8331-1.89860.17953890.1477319X-RAY DIFFRACTION94
1.8986-1.97460.15923910.13357403X-RAY DIFFRACTION95
1.9746-2.06450.14553920.13167546X-RAY DIFFRACTION97
2.0645-2.17330.15234000.13377536X-RAY DIFFRACTION97
2.1733-2.30950.17073940.14527494X-RAY DIFFRACTION96
2.3095-2.48780.19714030.15067536X-RAY DIFFRACTION97
2.4878-2.73820.1533930.1547552X-RAY DIFFRACTION97
2.7382-3.13430.17463860.15467293X-RAY DIFFRACTION93
3.1343-3.94860.1713780.14277374X-RAY DIFFRACTION95
3.9486-47.06840.16014070.15267670X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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