PDB-5ne7: Crystal structure of H60A mutant of Thermotoga maritima TmPEP1050...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ne7

タイトル

Crystal structure of H60A mutant of Thermotoga maritima TmPEP1050 aminopeptidase

要素

AMINOPEPTIDASE

キーワード

LYASE / aminopeptidase / M42 family / tetrahedral structure / metal ion binding

機能・相同性

機能・相同性情報

aminopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Dutoit, R.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: How metal cofactors drive dimer-dodecamer transition of the M42 aminopeptidase TmPep1050 ofThermotoga maritima.
著者: Dutoit, R. / Van Gompel, T. / Brandt, N. / Van Elder, D. / Van Dyck, J. / Sobott, F. / Droogmans, L.

履歴

登録	2017年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年1月29日	Group: Atomic model / Database references / カテゴリ: atom_site / citation / citation_author Item: _atom_site.occupancy / _citation.country ..._atom_site.occupancy / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ne7.cif.gz	148 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ne7.ent.gz	114.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ne7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/5ne7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/5ne7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ne6C 5ne8C 6nw5C 4p6yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ne6-d 5l6z-d 5ne9-d 3pvy-d 2oo0-d 6o25-3 2h8r-d 4p0s-3 2qez-2 2qez-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AMINOPEPTIDASE

B: AMINOPEPTIDASE

ヘテロ分子

72.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Size exclusion chromatography with a Superdex 75 column (GE healthcare). The apparent molecular weight is 68.4 kDa.

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.630, 114.220, 267.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-543- HOH
2	1	B-640- HOH

#1: タンパク質	AMINOPEPTIDASE / Endoglucanase M 分子量: 36043.227 Da / 分子数: 2 / 変異: H60A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) 遺伝子: TM_1050, Tmari_1054 / プラスミド: pBAD-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): M1061 / 参照: UniProt: Q9X0E0, leucyl aminopeptidase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.63 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: TmPep1050 H60A (230 uM in 50 mM MOPS 0.5 M ammonium sulfate 1 mM cobalt chloride pH7.2) crystallised in 0.1 M sodium citrate 5 % PEG3350 pH 4.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SOLEIL

/ ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月25日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9801 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.84→43.46 Å / Num. obs: 57222 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.015 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_rim(I) all: 0.091 / Χ²: 1.003 / Net I/σ(I): 16.52

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.84-1.89	9.848	0.606	2.63	3818	0.891	0.637	91.7
1.89-1.94	11.157	0.681	3.2	4124	0.9	0.715	99.8
1.94-1.99	11.645	0.431	4.57	3956	0.952	0.451	100
1.99-2.06	11.852	0.356	5.79	3872	0.973	0.373	100
2.06-2.12	11.542	0.328	6.94	3795	0.972	0.343	100
2.12-2.2	11.223	0.258	8.49	3643	0.985	0.271	100
2.2-2.28	11.995	0.236	10.26	3489	0.985	0.246	99.9
2.28-2.37	12.061	0.184	12.13	3425	0.99	0.193	100
2.37-2.48	13.472	0.165	14.54	3217	0.993	0.172	100
2.48-2.6	13.329	0.143	16.65	3119	0.994	0.149	100
2.6-2.74	13.173	0.115	20.18	2988	0.996	0.12	100
2.74-2.91	12.944	0.097	23.54	2827	0.997	0.101	100
2.91-3.11	12.718	0.083	26.95	2638	0.997	0.086	100
3.11-3.36	12.369	0.071	30.87	2490	0.998	0.074	100
3.36-3.68	11.643	0.065	33.57	2293	0.998	0.068	100
3.68-4.11	10.741	0.06	34.79	2093	0.998	0.063	100
4.11-4.75	11.811	0.051	39.15	1871	0.999	0.053	100
4.75-5.82	13.625	0.047	41.71	1563	0.999	0.048	100
5.82-8.22	13.622	0.042	41.99	1263	0.999	0.044	100
8.22-43.46	12.347	0.034	43.8	738	0.999	0.035	98.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.98 Å	43.46 Å
Translation	5.98 Å	43.46 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XSCALE	20160617	データスケーリング
PHASER	2.6.0	位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS	20160617	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4P6Y

4p6y

解像度: 1.84→43.46 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1952	2862	5 %
R_work	0.167	-	-
obs	0.1684	57213	99.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.23 Å² / B_iso mean: 33.2333 Å² / B_iso min: 14.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.84→43.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4730	0	13	500	5243
B_iso mean	-	-	55.6	41.23	-
残基数	-	-	-	-	633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5009
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.672	6818
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	796
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	893
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.573	3105

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8392-1.8709	0.2965	124	0.2848	2346	2470	88
1.8709-1.9049	0.2604	144	0.2383	2727	2871	100
1.9049-1.9415	0.2485	141	0.2257	2681	2822	100
1.9415-1.9812	0.2548	141	0.1948	2678	2819	100
1.9812-2.0242	0.2143	143	0.1806	2714	2857	100
2.0242-2.0713	0.2353	139	0.1862	2654	2793	100
2.0713-2.1231	0.2051	146	0.1818	2758	2904	100
2.1231-2.1805	0.2023	142	0.1814	2702	2844	100
2.1805-2.2447	0.2339	143	0.1856	2717	2860	100
2.2447-2.3171	0.241	142	0.1787	2692	2834	100
2.3171-2.3999	0.2237	142	0.1726	2700	2842	100
2.3999-2.496	0.2312	144	0.168	2751	2895	100
2.496-2.6096	0.1955	142	0.1699	2700	2842	100
2.6096-2.7472	0.1944	145	0.1668	2750	2895	100
2.7472-2.9193	0.2012	144	0.1677	2738	2882	100
2.9193-3.1446	0.2013	144	0.1694	2728	2872	100
3.1446-3.4609	0.1706	146	0.1588	2776	2922	100
3.4609-3.9614	0.1725	146	0.1462	2772	2918	100
3.9614-4.9898	0.1534	148	0.132	2816	2964	100
4.9898-43.4725	0.1841	156	0.1738	2951	3107	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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