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万見
- PDB-2h8r: Hepatocyte Nuclear Factor 1b bound to DNA: MODY5 Gene Product -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h8r
タイトルHepatocyte Nuclear Factor 1b bound to DNA: MODY5 Gene Product
要素
  • 5'-D(*CP*TP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*CP*CP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*AP*A)-3'
  • Hepatocyte nuclear factor 1-beta
キーワードTRANSCRIPTION ACTIVATOR/DNA / trasncription factor / POU / homeo / protein-DNA / human disease / TRANSCRIPTION ACTIVATOR-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of pronephros size / pronephric nephron tubule development / ureteric bud elongation / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process involved in mesonephric nephron morphogenesis / mesonephric duct formation / mesenchymal cell apoptotic process involved in metanephros development / hepatoblast differentiation / regulation of branch elongation involved in ureteric bud branching / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process involved in metanephros development / pronephros development ...regulation of pronephros size / pronephric nephron tubule development / ureteric bud elongation / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process involved in mesonephric nephron morphogenesis / mesonephric duct formation / mesenchymal cell apoptotic process involved in metanephros development / hepatoblast differentiation / regulation of branch elongation involved in ureteric bud branching / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process involved in metanephros development / pronephros development / Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / Nephron development / endodermal cell fate specification / inner cell mass cell differentiation / genitalia development / hindbrain development / embryonic digestive tract morphogenesis / endocrine pancreas development / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / pancreas development / regulation of Wnt signaling pathway / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / anterior/posterior pattern specification / insulin secretion / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / response to glucose / Notch signaling pathway / epithelial cell proliferation / transcription coregulator binding / kidney development / promoter-specific chromatin binding / gene expression / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hepatocyte nuclear factor 1, beta isoform, C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal domain superfamily / Hepatocyte nuclear factor 1 / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), beta isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal / HNF-1, dimerization domain / HNF-1, POU-specific (POUs) atypical domain / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), N terminus / POU-specific (POUs) atypical domain profile. / HNF-1 dimerization (HNF-p1) domain profile. ...Hepatocyte nuclear factor 1, beta isoform, C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal domain superfamily / Hepatocyte nuclear factor 1 / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), beta isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal / HNF-1, dimerization domain / HNF-1, POU-specific (POUs) atypical domain / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), N terminus / POU-specific (POUs) atypical domain profile. / HNF-1 dimerization (HNF-p1) domain profile. / 'Homeobox' domain signature. / lambda repressor-like DNA-binding domains / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Hepatocyte nuclear factor 1-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Lu, P. / Rha, G.B. / Chi, Y.I.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structural basis of disease-causing mutations in hepatocyte nuclear factor 1beta.
著者: Lu, P. / Rha, G.B. / Chi, Y.I.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Crystallization of hepatocyte nuclear factor 1beta in complex with DNA.
著者: Lu, P. / Li, Y. / Gorman, A. / Chi, Y.I.
履歴
登録2006年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月4日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-D(*CP*TP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*CP*CP*AP*G)-3'
F: 5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*AP*A)-3'
A: Hepatocyte nuclear factor 1-beta
B: Hepatocyte nuclear factor 1-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6894
ポリマ－63,6894
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)174.689, 174.689, 72.434
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細Dimer when binding to DNA

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*CP*CP*AP*G)-3'


分子量: 6107.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*AP*A)-3'


分子量: 6157.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Hepatocyte nuclear factor 1-beta / HNF-1beta / HNF-1B / Variant hepatic nuclear factor 1 / VHNF1 / Homeoprotein LFB3 / Transcription ...HNF-1beta / HNF-1B / Variant hepatic nuclear factor 1 / VHNF1 / Homeoprotein LFB3 / Transcription factor 2 / TCF-2


分子量: 25711.850 Da / 分子数: 2 / Fragment: DNA Binding Domain (residues 91-310) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET41a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35680
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.91 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 6%(v/v) PEG300, 5%(v/v) PEG8000, 8%(v/v) glycerol, 100mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG30011
2PEG800011
3glycerol11
4Tris11
5H2O11
6PEG30012
7PEG800012
8Tris12
9H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月18日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator high-resolution double-crystal Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→27.9 Å / Num. all: 12635 / Num. obs: 12582 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 57.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 28.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / Rsym value: 0.273 / % possible all: 63.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IC8

1ic8


解像度: 3.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / SU B: 21.564 / SU ML: 0.374 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.538 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2899 637 5 %RANDOM
Rwork0.22292 ---
obs0.22614 11992 93.26 %-
all-12582 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.209 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.43 Å22.72 Å20 Å2
2--5.43 Å20 Å2
3----8.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2916 814 0 7 3737
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0790.0213866
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg5.452.2065362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.0425348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2580.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.020.022697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3740.22269
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2940.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2360.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.470.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5421.51756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.67822814
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.74532110
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.6744.52548
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.68623866
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free20.23927
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.17423717
LS精密化 シェル解像度: 3.201→3.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 24 -
Rwork0.23 528 -
obs--53.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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