PDB-5ndf: Small-molecule inhibition of ppGalNAc-Ts selectively reduces muci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ndf

タイトル

Small-molecule inhibition of ppGalNAc-Ts selectively reduces mucin-type O-glycosylation

要素

Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

キーワード

TRANSFERASE / GalNAc-T2 Inhibition Flavonoids Mucin-type O-glycosylation Alzheimer disease

機能・相同性

機能・相同性情報

protein O-linked glycosylation via threonine / protein O-linked glycosylation via serine / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / protein O-linked GalNAcylation / O-linked glycosylation of mucins / Golgi stack / protein O-linked glycosylation / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Golgi cisterna membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Hurtado-Guerrero, R. / De las Rivas, M.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The small molecule luteolin inhibits N-acetyl-alpha-galactosaminyltransferases and reduces mucin-type O-glycosylation of amyloid precursor protein.
著者: Liu, F. / Xu, K. / Xu, Z. / de Las Rivas, M. / Wang, C. / Li, X. / Lu, J. / Zhou, Y. / Delso, I. / Merino, P. / Hurtado-Guerrero, R. / Zhang, Y. / Wu, F.

履歴

登録	2017年3月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ndf.cif.gz	625.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ndf.ent.gz	507.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ndf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/5ndf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/5ndf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ffvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4d0t-3 1m7w-d 5fv9-4 5fv9-2 4d0t-2 6nqt-1 3odm-3 4d0t-1 3odm-6 5zru-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (5) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (4) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (5) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (2) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (5)
#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (4)
#69 - 2005年9月
コレラ毒素 (Cholera Toxin)
類似性 (5)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (2)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

B: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

C: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

D: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

E: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

F: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

ヘテロ分子

393 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

ヘテロ分子

C: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Under gel filtration, this protein runs as a monomeric form.
131 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

ヘテロ分子

D: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
131 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

B: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

C: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

ヘテロ分子

E: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

D: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

ヘテロ分子

F: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.980, 123.111, 248.152
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	75 - 569	75 - 569
2	1	LEU	LEU	B	B	75 - 569	75 - 569
1	2	LEU	LEU	A	A	75 - 569	75 - 569
2	2	LEU	LEU	C	C	75 - 569	75 - 569
1	3	LEU	LEU	A	A	75 - 569	75 - 569
2	3	LEU	LEU	D	D	75 - 569	75 - 569
1	4	PHE	PHE	A	A	75 - 565	75 - 565
2	4	PHE	PHE	E	E	75 - 565	75 - 565
1	5	LEU	LEU	A	A	75 - 569	75 - 569
2	5	LEU	LEU	F	F	75 - 569	75 - 569
1	6	LEU	LEU	B	B	75 - 569	75 - 569
2	6	LEU	LEU	C	C	75 - 569	75 - 569
1	7	LEU	LEU	B	B	75 - 569	75 - 569
2	7	LEU	LEU	D	D	75 - 569	75 - 569
1	8	PHE	PHE	B	B	75 - 565	75 - 565
2	8	PHE	PHE	E	E	75 - 565	75 - 565
1	9	LEU	LEU	B	B	75 - 569	75 - 569
2	9	LEU	LEU	F	F	75 - 569	75 - 569
1	10	LEU	LEU	C	C	75 - 569	75 - 569
2	10	LEU	LEU	D	D	75 - 569	75 - 569
1	11	PHE	PHE	C	C	75 - 565	75 - 565
2	11	PHE	PHE	E	E	75 - 565	75 - 565
1	12	LEU	LEU	C	C	75 - 569	75 - 569
2	12	LEU	LEU	F	F	75 - 569	75 - 569
1	13	PHE	PHE	D	D	75 - 565	75 - 565
2	13	PHE	PHE	E	E	75 - 565	75 - 565
1	14	LEU	LEU	D	D	75 - 569	75 - 569
2	14	LEU	LEU	F	F	75 - 569	75 - 569
1	15	PHE	PHE	E	E	75 - 565	75 - 565
2	15	PHE	PHE	F	F	75 - 565	75 - 565

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 / Polypeptide GalNAc transferase 2 / pp-GaNTase 2 / Protein-UDP acetylgalactosaminyltransferase 2 / ...Polypeptide GalNAc transferase 2 / pp-GaNTase 2 / Protein-UDP acetylgalactosaminyltransferase 2 / UDP-GalNAc:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 分子量: 64824.703 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GALNT2 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) 参照: UniProt: Q10471, polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase

#1: タンパク質

Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2 / Polypeptide GalNAc transferase 2 / pp-GaNTase 2 / Protein-UDP acetylgalactosaminyltransferase 2 / ...

分子量: 64824.703 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GALNT2 / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: Q10471, polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 873分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-LU2 / 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4H-chromen-4-one / Luteolin / ルテオリン分子量: 286.236 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₀O₆
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 848 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 8000, 6% ethylene glycol, 100 mM Hepes pH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→124.08 Å / Num. obs: 151903 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 6.7 % / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / R_pim(I) all: 0.535 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FFV

2ffv

解像度: 2.3→124.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 9.027 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.361 / ESU R Free: 0.244 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25149	4316	2.8 %	RANDOM
R_work	0.21311	-	-	-
obs	0.2142	147500	95.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.476 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→124.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23778	0	259	848	24885

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	24594
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	22423
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.729	1.955	33335
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.059	3	51888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.308	5	2987
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.818	23.295	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.612	15	4165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.268	15	234
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	3500
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	27468
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	5314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.515	5.183	11888
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.515	5.183	11887
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.558	7.768	14856
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.558	7.768	14857
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.196	5.696	12706
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.196	5.696	12707
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.953	8.323	18466
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.723	59.599	27779
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.725	59.6	27780
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	33024	0.04
1	2	B	33024	0.04
2	1	A	32924	0.05
2	2	C	32924	0.05
3	1	A	33230	0.04
3	2	D	33230	0.04
4	1	A	32904	0.04
4	2	E	32904	0.04
5	1	A	33076	0.04
5	2	F	33076	0.04
6	1	B	32928	0.05
6	2	C	32928	0.05
7	1	B	32992	0.04
7	2	D	32992	0.04
8	1	B	32648	0.04
8	2	E	32648	0.04
9	1	B	32952	0.04
9	2	F	32952	0.04
10	1	C	32930	0.05
10	2	D	32930	0.05
11	1	C	32690	0.04
11	2	E	32690	0.04
12	1	C	33038	0.04
12	2	F	33038	0.04
13	1	D	32814	0.04
13	2	E	32814	0.04
14	1	D	33048	0.04
14	2	F	33048	0.04
15	1	E	32788	0.04
15	2	F	32788	0.04

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.37	320	-
R_work	0.349	11236	-
obs	-	-	99.3 %

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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