PDB-5nc9: Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nc9

タイトル

Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from Bacillus cereus in complex with (2S)-2,6-diamino-N-hydroxyhexanamide

要素

Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase

キーワード

HYDROLASE / CE4 domain / polysaccharide deacetylase / PgdA / Bacillus cereus / hydroxamate ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan-N-acetylglucosamine deacetylase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.44 Å

データ登録者

Giastas, P. / Andreou, A. / Eliopoulos, E.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structures of the Peptidoglycan N-Acetylglucosamine Deacetylase Bc1974 and Its Complexes with Zinc Metalloenzyme Inhibitors.
著者: Giastas, P. / Andreou, A. / Papakyriakou, A. / Koutsioulis, D. / Balomenou, S. / Tzartos, S.J. / Bouriotis, V. / Eliopoulos, E.E.

履歴

登録	2017年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nc9.cif.gz	351.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nc9.ent.gz	291.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nc9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5nc9_validation.pdf.gz	504.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nc9_full_validation.pdf.gz	516.6 KB	表示
XML形式データ	5nc9_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	5nc9_validation.cif.gz	45.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nc9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nc9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5n1jC 5n1pC 5nc6C 5ncdC 5nekC 5nelC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ncd-d 5n1p-d 5nel-d 5n1j-d 5ntg-d 3lx9-d 7cy4-d 5nge-d 3mq1-d 6aio-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase

B: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase

C: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase

D: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase

ヘテロ分子

113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.767, 117.835, 99.059
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.38, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase 分子量: 27884.674 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア) 遺伝子: BC_1974 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q81EJ6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 6種, 113分子

#2: 化合物	ChemComp-8SZ / (2~{S})-2,6-bis(azanyl)-~{N}-oxidanyl-hexanamide / (2S)-2,6-ジアミノヘキサンヒドロキシム酸分子量: 161.202 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 100 mM Na citrate, 10% ethanol, 30% PEG 4000

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.44→48.61 Å / Num. obs: 41046 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 45.71 Å² / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.44→2.53 Å / Num. unique obs: 3720 / % possible all: 89.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.44→48.61 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 33.96

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	3938	4.98 %
R_work	0.2198	-	-
obs	0.2226	79064	96.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.44→48.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6578	0	75	102	6755

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6866
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.18	9258
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.402	2510
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	962
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1207

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4403-2.47	0.3715	99	0.375	1733	X-RAY DIFFRACTION	62
2.47-2.5013	0.3831	141	0.3446	2725	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5013-2.5342	0.3387	144	0.3377	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5342-2.5689	0.4114	145	0.3343	2774	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5689-2.6056	0.4795	147	0.3384	2794	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6056-2.6445	0.3806	138	0.3319	2695	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6445-2.6858	0.3114	143	0.312	2713	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6858-2.7299	0.4177	147	0.2999	2803	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7299-2.7769	0.3162	143	0.2712	2735	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7769-2.8274	0.362	145	0.2942	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8274-2.8818	0.3441	141	0.2832	2771	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8818-2.9406	0.3799	145	0.2826	2754	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9406-3.0046	0.2825	140	0.2676	2693	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0046-3.0744	0.3577	143	0.255	2750	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0744-3.1513	0.2712	138	0.241	2689	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1513-3.2365	0.3482	139	0.2317	2715	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2365-3.3317	0.3461	144	0.2298	2736	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3317-3.4392	0.2633	144	0.2197	2664	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4392-3.5621	0.3029	144	0.2126	2749	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5621-3.7047	0.2979	134	0.2071	2647	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7047-3.8732	0.2298	143	0.196	2758	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8732-4.0773	0.2327	143	0.179	2685	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0773-4.3326	0.2037	143	0.1716	2666	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3326-4.6669	0.2341	136	0.1709	2676	X-RAY DIFFRACTION	96
4.6669-5.1361	0.2211	142	0.1734	2733	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1361-5.8782	0.2499	143	0.1805	2671	X-RAY DIFFRACTION	97
5.8782-7.4017	0.2387	141	0.1975	2699	X-RAY DIFFRACTION	96
7.4017-48.6196	0.2327	143	0.1852	2686	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2416	-0.4656	-0.3845	3.3366	-0.7184	2.0662	0.4866	-0.475	0.1704	-0.2973	0.3175	-0.6977	0.393	0.9133	-0.6154	0.7766	0.0842	0.0222	0.7462	-0.2558	0.5685	24.6059	-1.6088	91.4357
2	1.9986	0.7434	1.1946	2.3139	0.4758	1.9322	0.1115	0.2901	-0.1838	-0.1665	0.1177	-0.05	1.1307	0.0011	-0.1998	0.9868	0.0046	-0.174	0.4011	-0.0412	0.5259	12.8855	-6.2282	95.1176
3	1.8258	0.5866	0.3553	2.8413	0.7115	2.1451	0.0503	0.1763	0.0015	-0.5828	0.1213	-0.005	0.3087	0.077	-0.0938	0.4784	-0.0001	-0.0879	0.3107	-0.0623	0.4701	18.1036	5.2307	100.445
4	5.6665	-0.6081	-1.7296	7.5344	-0.9967	5.091	0.1414	-0.6582	0.1749	-1.2725	-0.0294	-0.4523	-1.0246	1.8808	0.1611	1.0505	-0.248	0.1318	0.8957	-0.0886	0.5565	24.0386	9.9109	81.4069
5	0.8484	0.2125	0.7323	2.248	-0.3264	3.1037	0.2727	0.4341	0.1702	-1.1325	0.192	-0.5302	-0.5045	0.9436	-0.2391	0.9107	-0.0776	0.0711	0.7398	-0.207	0.5239	24.7721	2.3856	85.5819
6	1.9984	-0.4027	-0.6056	0.295	0.8284	2.5392	0.244	0.6502	-0.4901	0.3106	0.6666	-0.4173	0.8994	1.0309	-0.2033	0.9167	0.1727	-0.1258	0.8889	-0.4005	0.9344	30.0043	-6.9746	93.6254
7	1.4434	0.1789	-0.6118	1.3231	-0.9268	3.1816	0.4698	-0.172	-0.8545	0.4388	-0.0592	-0.7339	0.7825	0.966	-0.3196	0.6765	0.1311	-0.2528	0.4768	-0.1307	0.606	26.5516	1.5562	107.2066
8	0.3493	0.903	0.4506	2.5853	0.8012	2.6944	-0.6906	-0.2955	0.5814	0.4037	0.234	-0.1447	0.1469	0.5249	0.1351	0.5473	0.0652	-0.2178	0.5371	-0.0452	0.5725	33.0605	11.9614	133.8639
9	1.6234	1.1649	0.4702	3.2874	1.1925	4.1628	0.2332	0.4639	-0.3926	0.1867	0.1767	-0.3447	1.0021	0.7959	-0.4368	0.8035	0.1772	-0.1643	0.5238	-0.1259	0.5447	31.2309	2.2284	129.6839
10	4.9979	-0.3575	-1.1233	2.5992	1.7291	3.3356	0.4265	-0.3964	-1.188	0.154	-0.3187	-0.0235	0.9031	0.5502	-0.0087	0.9537	0.1487	-0.2188	0.4561	0.0874	0.594	23.6112	-2.884	134.7745
11	1.0089	0.2973	0.9686	3.0241	-0.6726	2.0363	-0.0837	0.0523	-0.0759	1.0262	0.1759	0.365	0.1185	-0.0974	-0.1019	0.9135	-0.0202	-0.0831	0.4103	0.0549	0.4473	16.4504	8.7055	141.1143
12	3.3892	-1.0569	-1.2189	4.3914	0.353	0.4541	0.4807	-0.2957	0.2062	0.7228	-0.1687	-0.7134	0.661	-0.0901	-0.4212	0.8921	0.0335	-0.1573	0.424	0.0173	0.4778	21.0223	14.8269	141.1473
13	3.5957	-3.8334	3.4286	8.4992	-0.5998	5.4075	0.6505	-1.6642	0.0446	0.6753	0.583	0.6576	-0.1197	-0.6084	-0.9457	1.0143	0.0215	0.0709	0.6176	0.0658	0.4719	17.2092	19.9194	150.6938
14	1.6927	0.1315	-0.0939	0.8431	0.6096	0.4454	-0.0117	-0.1375	-0.0348	0.0791	-0.1608	0.016	0.2251	-0.1349	0.1797	0.7188	-0.0108	-0.162	0.3391	0.0254	0.5301	25.3551	16.3572	128.7251
15	0.8836	0.5276	0.1766	3.1701	0.3418	3.0308	0.172	-0.0617	-0.1024	0.6591	0.0629	-0.7285	0.1488	0.5689	-0.1583	0.5251	0.0029	-0.118	0.443	-0.0995	0.5906	33.698	15.1319	131.5893
16	1.9441	0.8383	0.5338	1.8742	-0.9416	1.0106	-0.3347	0.228	-0.3842	-0.3953	0.2291	-0.3852	0.0696	0.0455	0.0976	0.7331	-0.0206	-0.2749	0.6441	-0.133	0.6728	38.5809	41.5761	138.2116
17	1.4781	-0.8758	0.8999	1.9289	0.2781	4.273	-0.3585	-0.4685	0.4615	1.0098	0.2524	-0.6262	-0.2304	0.971	0.0029	0.95	-0.0306	-0.2429	0.661	-0.1125	0.6799	36.6103	46.3711	147.6034
18	4.7076	0.4183	1.2149	1.939	0.6108	2.0792	-0.3328	-0.2194	0.3282	0.5841	0.3847	-0.1765	-0.5489	0.0968	-0.1088	1.1969	-0.016	-0.1725	0.5354	-0.0744	0.6105	26.5004	51.0418	147.7968
19	2.2815	-1.2542	-0.4409	2.3264	1.1662	2.9953	-0.2702	-0.0331	0.1538	0.3653	0.1123	-0.1688	-0.8014	-0.2303	0.1955	0.8279	-0.0165	-0.0542	0.3819	-0.076	0.3733	22.0539	44.5976	136.2934
20	2.21	0.0275	0.2621	2.4334	-0.142	1.5331	-0.3499	-0.1729	0.0055	0.6889	0.2495	-0.301	-0.4882	0.204	0.0971	0.9619	-0.003	-0.042	0.3986	-0.0443	0.4057	28.2204	34.7387	134.2092
21	4.2287	0.3366	-1.1459	3.9392	-1.4196	2.0749	0.1465	0.382	-0.0561	0.9866	0.1866	-0.7294	0.2217	1.0882	-0.2081	1.0006	0.1849	-0.4289	0.7763	-0.2328	0.8942	43.6218	30.0853	146.9131
22	0.9525	0.4805	1.0167	1.1612	0.3921	3.9213	0.0386	-0.1127	-0.385	0.4691	0.2948	-0.9618	0.0754	1.0834	-0.2457	0.8015	0.0464	-0.2971	0.7132	-0.1913	0.8007	41.922	37.5212	142.8133
23	1.0151	0.6199	-0.0138	4.2409	0.5109	1.8036	-0.3134	0.0876	0.325	-0.8333	0.3177	-0.8507	-0.5737	0.8101	0.1103	0.7758	-0.1845	0.085	0.5415	-0.1007	0.5628	36.8537	42.3021	128.6252
24	5.1093	-3.0506	-2.5988	4.6866	3.858	5.2429	-0.3602	0.9454	-0.2833	-0.7927	-0.2177	0.0313	-0.3549	-0.1632	0.534	0.9816	-0.2408	0.0669	0.5062	0.0086	0.4526	22.8782	27.8982	97.1924
25	3.7562	-0.0339	0.2963	3.6288	0.8217	2.3978	-0.1532	0.1819	0.2559	-0.5525	0.0887	0.1312	-0.948	0.2026	0.0785	1.0026	-0.0797	-0.1216	0.3785	0.0289	0.3636	14.6357	35.7675	102.8116
26	0.0398	-0.2898	0.0593	2.9242	-1.4331	0.6688	-0.18	0.0063	0.2959	-0.811	-0.1248	0.5177	-0.6061	-0.1443	0.2017	1.1987	0.0428	-0.2716	0.3957	-0.0079	0.6079	5.9043	33.9634	96.9488
27	3.7249	0.2222	-1.0712	5.1648	0.1213	5.288	-0.3647	0.0735	-0.6768	-0.6654	0.2925	1.0158	0.0766	-0.8183	0.0576	0.6468	0.0469	-0.1316	0.3852	-0.0496	0.5612	2.8406	18.8712	97.4351
28	2.2019	-0.0091	0.2494	1.0726	0.1154	2.0784	-0.0378	-0.2057	0.3301	-0.5232	-0.1101	0.2274	0.1898	-0.1806	0.0098	0.4984	-0.0627	0.039	0.3127	0.0266	0.4151	18.4183	23.6193	106.1424
29	1.3484	-0.0316	0.4214	1.1989	0.1446	0.2965	0.3335	0.4445	-0.3883	-0.4964	0.0063	-0.2228	-0.2056	0.4564	0.3668	-0.406	-0.1688	0.5952	0.6149	-0.1081	0.1863	26.9283	23.9661	105.5427
30	1.417	1.1244	0.4087	2.2584	-0.8872	3.4075	-0.2095	0.7622	0.1194	-0.5175	0.246	-0.563	-0.0948	0.5486	0.0601	0.501	-0.2392	0.0968	0.6331	-0.0593	0.5864	31.7728	29.7725	104.693
31	2.0761	-0.9971	1.1536	0.9926	0.4156	2.1231	-0.1468	0.3146	-0.0265	-0.9711	-0.0382	-0.0085	-0.4196	0.3413	0.0024	1.0365	-0.1163	-0.0769	0.507	-0.0287	0.4775	17.5845	23.484	90.7494

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 68 through 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 166 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 167 through 204 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 205 through 219 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 220 through 249 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 250 through 261 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 262 through 273 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 68 through 78 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 79 through 102 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 103 through 119 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 120 through 156 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 157 through 174 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 175 through 184 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 185 through 204 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 205 through 273 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 68 through 78 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 79 through 102 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 103 through 118 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 119 through 166 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 167 through 204 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 205 through 219 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 220 through 249 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 250 through 273 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 68 through 78 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 79 through 140 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 141 through 166 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 167 through 183 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 184 through 204 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 205 through 233 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 234 through 249 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 250 through 273 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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