PDB-5nc6: Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nc6

タイトル

Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from Bacillus cereus in complex with (E)-N-hydroxy-3-(naphthalen-1-yl)prop-2-enamide

要素

(Peptidoglycan N-acetylglucosamine ...) x 2

キーワード

HYDROLASE / CE4 fold / polysaccharide deacetylase / Bacillus cereus / PgdA / hydroxamate ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan-N-acetylglucosamine deacetylase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Giastas, P. / Andreou, A. / Balomenou, S. / Bouriotis, V. / Eliopoulos, E.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structures of the Peptidoglycan N-Acetylglucosamine Deacetylase Bc1974 and Its Complexes with Zinc Metalloenzyme Inhibitors.
著者: Giastas, P. / Andreou, A. / Papakyriakou, A. / Koutsioulis, D. / Balomenou, S. / Tzartos, S.J. / Bouriotis, V. / Eliopoulos, E.E.

履歴

登録	2017年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nc6.cif.gz	353.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nc6.ent.gz	290.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nc6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nc6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nc6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5n1jC 5n1pC 5nc9C 5ncdC 5nekC 5nelC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nek-d 5n1j-d 2p97-3 1oqm-d 2fyd-d 4o2f-d 2o54-2 3gj2-d 1u5i-d 5nel-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase

B: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase

C: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase

D: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase

ヘテロ分子

116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.358, 118.012, 98.618
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
Peptidoglycan N-acetylglucosamine ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase / Peptidoglycan-N-acetylglucosamine deacetylase / Polysaccharide deacetylase 分子量: 23250.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residues of the N-terminus were not detected / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) 遺伝子: AT268_30040, B4155_0776, TQ94_03800, TU58_19865, WR51_09920, WR52_09510 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A3VTA3, UniProt: Q81EJ6*PLUS
#2: タンパク質	Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase / Peptidoglycan-N-acetylglucosamine deacetylase / Polysaccharide deacetylase 分子量: 30719.252 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) 遺伝子: AT268_30040, B4155_0776, TQ94_03800, TU58_19865, WR51_09920, WR52_09510 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A3VTA3, UniProt: Q81EJ6*PLUS

#1: タンパク質

Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase / Peptidoglycan-N-acetylglucosamine deacetylase / Polysaccharide deacetylase

分子量: 23250.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residues of the N-terminus were not detected / 由来: (組換発現)

Bacillus cereus (バクテリア)
遺伝子: AT268_30040, B4155_0776, TQ94_03800, TU58_19865, WR51_09920, WR52_09510
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A3VTA3, UniProt: Q81EJ6*PLUS

#2: タンパク質

Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase / Peptidoglycan-N-acetylglucosamine deacetylase / Polysaccharide deacetylase

分子量: 30719.252 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus cereus (バクテリア)
遺伝子: AT268_30040, B4155_0776, TQ94_03800, TU58_19865, WR51_09920, WR52_09510
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A3VTA3, UniProt: Q81EJ6*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 98分子

#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn / 詳細: Residues of the N-terminus were not detected / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-8SQ / 3-naphthalen-1-yl-~{N}-oxidanyl-propanamide 分子量: 215.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₃NO₂
#7: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.95 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 100 mM Na citrate, 10% ethanol, 30% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→47.35 Å / Num. obs: 52715 / % possible obs: 99.46 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 49.47 Å² / Net I/σ(I): 1.2
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.2 % / Num. unique obs: 2630 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→47.346 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.95 / 位相誤差: 33.85

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2801	2633	4.99 %
R_work	0.22	-	-
obs	0.2234	52715	98.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.346 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6585	0	54	88	6727

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	6844
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.178	9233
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.769	4440
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	956
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1204

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8003-2.8512	0.4271	127	0.3856	2302	X-RAY DIFFRACTION	86
2.8512-2.9061	0.3753	142	0.3506	2748	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9061-2.9654	0.4128	137	0.3251	2562	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9654-3.0298	0.3818	141	0.3182	2644	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0298-3.1003	0.4198	142	0.3276	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1003-3.1778	0.3289	135	0.2967	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1778-3.2637	0.4088	141	0.2652	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2637-3.3597	0.3357	140	0.2517	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3597-3.4681	0.3295	141	0.236	2664	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4681-3.592	0.2726	141	0.2253	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
3.592-3.7358	0.3132	138	0.2099	2670	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7358-3.9058	0.2655	136	0.1981	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9058-4.1116	0.2631	142	0.179	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1116-4.369	0.295	138	0.1674	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
4.369-4.7061	0.2165	138	0.1659	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7061-5.1791	0.2387	137	0.1722	2619	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1791-5.9273	0.2552	140	0.1813	2647	X-RAY DIFFRACTION	98
5.9273-7.4631	0.2184	137	0.2044	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4631-47.3528	0.2279	140	0.2009	2672	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0466	-1.1542	-0.2796	4.8619	-2.4512	1.73	0.9066	-0.2442	-0.7238	-1.537	0.232	-0.0339	1.1897	0.5612	-0.5717	0.4907	0.0562	0.0641	0.733	-0.1446	0.3834	19.4993	-1.5565	88.7134
2	4.5665	-0.4014	-0.0749	5.759	-0.3034	5.7013	-0.0954	0.9146	-0.4922	-0.8738	0.465	-0.1031	1.604	0.8216	-0.187	0.6999	0.1325	-0.0684	0.5968	-0.1528	0.4938	19.5924	-6.8771	84.2576
3	1.2173	-0.201	-1.1373	1.1757	1.4026	2.9216	0.3638	0.1209	-0.3888	-0.5788	-0.013	0.3037	0.6069	-0.0277	0.32	1.0956	-0.0072	-0.2204	0.4299	-0.0499	0.6197	9.3788	-11.0024	89.4962
4	0.9209	0.8495	1.7822	1.6566	0.2664	5.8163	0.7276	-0.3736	-0.2445	-0.0848	0.0718	0.1901	1.8852	-0.0859	-0.5409	0.6007	-0.0206	-0.0575	0.3866	-0.0557	0.5152	11.8414	-4.628	101.6452
5	1.2396	0.1877	0.0955	1.6037	-0.6182	1.864	0.1792	0.0074	-0.0687	-0.571	0.151	0.1147	0.3762	0.1435	-0.2296	0.4812	0.0632	-0.0646	0.3479	-0.0605	0.4147	18.0615	5.309	100.0138
6	1.9858	-0.4528	1.4386	4.5788	-1.3515	4.3333	0.2513	0.2303	0.032	-0.9781	-0.1952	-0.3239	-0.6754	1.2662	-0.0604	0.615	-0.0928	0.1294	0.6837	-0.1176	0.4175	24.2383	6.6674	85.7616
7	2.4281	0.332	0.0403	0.9681	-0.263	1.5417	0.201	0.676	0.0179	-0.2933	0.1511	-1.1628	0.6778	1.3084	-0.2645	0.6308	0.0661	0.0949	1.0155	-0.3242	0.6997	27.6779	-2.0626	86.1499
8	0.8989	-0.411	-1.2107	2.0376	-0.7567	2.6199	0.2162	0.0487	-0.7057	0.2656	0.131	-0.5259	0.4602	1.3746	-0.3783	0.4624	0.1201	-0.1987	0.4891	-0.1244	0.687	26.6185	1.7145	106.7702
9	2.5093	2.3883	1.9052	2.4256	1.4876	3.6279	-0.2333	0.2817	0.1786	0.5818	0.2137	-0.5182	0.9504	0.8732	-0.0175	0.5327	0.1198	-0.1687	0.5239	-0.0248	0.5564	32.4012	5.065	129.0888
10	2.751	1.4335	-0.7717	2.6991	0.1959	3.1401	0.3261	-0.1032	-0.423	0.4377	-0.0826	0.2385	0.5392	0.0902	-0.271	0.6147	0.0111	-0.0953	0.3768	0.0807	0.415	21.3782	5.4493	136.086
11	0.1265	0.154	-0.0097	2.8011	-0.7464	0.2206	0.2341	-0.1124	-0.0186	0.9097	-0.0426	0.1755	-0.1271	0.0023	-0.0993	1.1738	-0.0256	-0.0946	0.4288	0.0645	0.5404	19.8571	6.0236	143.3602
12	4.6246	0.3651	0.5139	5.478	-0.9701	2.083	0.6343	-0.3653	0.339	0.3276	0.0106	1.7237	0.2723	-0.7541	-0.5956	0.7204	-0.1487	0.1229	0.456	-0.0248	0.5608	17.2522	21.3009	144.8039
13	2.4138	0.1268	-1.0163	2.3199	0.4275	1.9618	0.113	-0.1637	0.038	0.6091	-0.1246	-0.2158	0.3748	-0.298	-0.1534	0.4425	-0.0544	-0.0974	0.3059	0.0305	0.5477	25.2746	16.3854	128.8991
14	0.0954	0.46	0.4588	2.7389	-0.4165	3.678	0.1866	0.0133	0.2287	-0.168	-0.1187	-0.6039	-0.0102	0.5106	-0.042	0.2525	0.0188	-0.0123	0.4786	-0.0804	0.5495	34.3472	13.9649	124.0072
15	3.0027	2.014	-3.6998	3.4149	-2.1596	5.1415	0.357	-0.8291	-0.983	1.8112	-0.2719	-1.2302	-0.5885	0.8741	0.0692	0.6989	0.0199	-0.3056	0.7204	-0.0546	0.678	38.886	11.3104	138.7384
16	3.0289	0.3631	-0.4545	0.4143	-0.2567	3	0.504	-0.1831	0.6394	1.0896	-0.1979	-0.2532	0.0945	0.7842	-0.3615	0.9846	-0.0318	-0.174	0.4652	-0.1003	0.5305	27.3185	22.2891	144.7053
17	1.7072	-0.8098	-0.3884	2.7759	0.6581	3.7732	-0.4091	-0.2198	0.2656	0.593	0.2488	-0.4545	-0.7614	0.1441	0.1117	0.7018	0.0141	-0.0646	0.4504	-0.0542	0.4291	28.1322	45.6723	141.3872
18	2.3892	-1.0992	0.4067	0.491	-0.0645	1.4496	-0.2833	-0.2366	0.4008	0.6851	-0.1039	-0.0291	-0.8935	-0.211	0.4518	0.7642	0.0155	0.0209	0.3591	-0.0374	0.3072	23.5486	40.2159	128.0996
19	2.6621	-0.8992	1.704	2.1468	0.3187	4.2361	0.0012	0.0787	-0.1508	0.8142	0.1829	-0.6913	0.4969	0.7504	-0.2462	0.813	0.0782	-0.2584	0.5754	-0.0997	0.7295	39.0516	34.6004	142.3632
20	2.8481	0.3519	0.7245	2.6912	0.7174	2.607	-0.1028	0.1322	0.4235	-0.2688	0.4093	-0.7113	-0.552	0.8026	-0.1086	0.6732	-0.1017	0.0311	0.5455	-0.1384	0.5582	36.951	42.3128	128.1961
21	3.1997	-1.2511	-0.5795	2.5371	1.9518	2.5294	0.1619	0.5937	-0.3109	-1.4557	0.2316	-0.1648	-0.1663	-0.281	-0.0521	0.7202	-0.2294	0.1181	0.5024	0.0235	0.4116	22.8535	27.8865	96.7664
22	1.1246	-0.3201	1.1891	1.0964	0.5411	2.2819	-0.5478	0.1385	0.4596	-0.249	0.0951	-0.2572	-1.3391	0.6966	0.1253	0.8946	-0.2618	-0.0873	0.4971	0.0394	0.3522	23.1106	37.6903	102.166
23	2.6669	0.4169	-1.5665	0.7376	0.4455	2.0484	-0.1532	0.2386	0.2339	0.3208	-0.1158	0.194	-1.3787	-0.0168	0.1341	1.1523	0.0067	-0.196	0.4175	0.0532	0.5235	13.3608	42.754	102.5906
24	1.8193	0.3469	0.7337	3.6834	0.568	4.4783	0.0445	-0.3281	-0.6832	-0.667	-0.6295	0.8126	-1.3188	0.3807	-0.0219	-0.1473	0.0732	0.1552	0.4945	0.0597	0.532	6.171	28.8692	102.7597
25	0.0884	-0.0937	-0.01	3.3211	-0.389	0.1182	-0.3782	0.2809	0.291	-1.0078	0.0759	0.4402	-0.3454	-0.3255	0.1098	0.8045	0.0113	-0.1662	0.4092	0.0116	0.5414	5.736	33.9282	96.567
26	4.2448	-0.764	-0.1158	5.3946	-1.8138	7.5491	0.0639	-0.2425	-0.953	-0.4489	0.7843	0.9416	-0.4314	-0.3569	-0.5992	0.4517	-0.0418	-0.0568	0.3044	0.0307	0.5404	2.7635	18.7386	96.9426
27	1.7225	0.279	1.6284	1.354	0.1144	2.0282	0.1429	0.1246	-0.2623	-0.1373	0.1818	-0.0717	-0.3773	0.0812	-0.3232	0.336	-0.0965	0.1271	0.3785	0.0073	0.424	22.9448	23.8199	105.4076
28	0.3854	-0.5061	0.5522	2.5385	0.7824	4.9008	0.1716	0.4311	0.1325	-0.6999	0.3238	-0.1276	-1.4442	1.1118	-0.5119	0.6388	-0.1491	-0.0077	0.5457	-0.0066	0.511	27.6953	29.3571	96.9836
29	4.8301	1.4732	-0.6812	0.8575	0.9442	3.4518	-0.5599	0.3397	-0.3261	-0.9607	0.1516	-0.0162	-0.565	0.0847	0.4399	0.5963	-0.1128	-0.0328	0.4632	-0.065	0.38	11.344	17.695	91.402

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 69 through 82 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 83 through 102 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 103 through 118 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 119 through 166 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 167 through 204 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 205 through 233 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 234 through 261 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 262 through 273 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 68 through 93 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 94 through 140 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 141 through 166 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 167 through 183 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 184 through 204 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 205 through 249 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 250 through 261 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 262 through 273 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 68 through 156 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 157 through 183 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 184 through 249 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 250 through 273 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 68 through 78 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 79 through 102 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 103 through 118 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 119 through 140 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 141 through 166 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 167 through 183 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 184 through 233 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 234 through 261 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 262 through 273 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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