PDB-5n89: CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTAVIDIN WITH PEPTIDE GNSFDDWLASKG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n89

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTAVIDIN WITH PEPTIDE GNSFDDWLASKG

要素

GLY-ASN-SER-PHE-ASP-ASP-TRP-LEU-ALA-SER-LYS-GLY-NH2
Streptavidin

キーワード

biotin binding protein / STREPTAVIDIN / HPQ MOTIF / STREPTAVIDIN PEPTIDE 11101 COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.27 Å

データ登録者

Lyamichev, V. / Goodrich, L. / Sullivan, E. / Bannen, R. / Benz, J. / Albert, T. / Patel, J.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Stepwise Evolution Improves Identification of Diverse Peptides Binding to a Protein Target.
著者: Lyamichev, V.I. / Goodrich, L.E. / Sullivan, E.H. / Bannen, R.M. / Benz, J. / Albert, T.J. / Patel, J.J.

履歴

登録	2017年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5n89.ent.gz	384.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/5n89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/5n89	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5n7xC 5n8bC 5n8eC 5n8jC 5n8tC 5n8wC 5n99C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1hy2-d 6qw4-1 1hqq-d 1kl3-d 1rxk-1 1kl5-d 2c3q-1 1hnc-1 2c3t-2 1vwc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

C: GLY-ASN-SER-PHE-ASP-ASP-TRP-LEU-ALA-SER-LYS-GLY-NH2

D: Streptavidin

E: GLY-ASN-SER-PHE-ASP-ASP-TRP-LEU-ALA-SER-LYS-GLY-NH2

F: Streptavidin

G: GLY-ASN-SER-PHE-ASP-ASP-TRP-LEU-ALA-SER-LYS-GLY-NH2

H: Streptavidin

I: GLY-ASN-SER-PHE-ASP-ASP-TRP-LEU-ALA-SER-LYS-GLY-NH2

J: GLY-ASN-SER-PHE-ASP-ASP-TRP-LEU-ALA-SER-LYS-GLY-NH2

K: Streptavidin

L: GLY-ASN-SER-PHE-ASP-ASP-TRP-LEU-ALA-SER-LYS-GLY-NH2

M: Streptavidin

N: GLY-ASN-SER-PHE-ASP-ASP-TRP-LEU-ALA-SER-LYS-GLY-NH2

O: Streptavidin

P: GLY-ASN-SER-PHE-ASP-ASP-TRP-LEU-ALA-SER-LYS-GLY-NH2

ヘテロ分子

162 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Streptavidin

B: Streptavidin

C: GLY-ASN-SER-PHE-ASP-ASP-TRP-LEU-ALA-SER-LYS-GLY-NH2

D: Streptavidin

E: GLY-ASN-SER-PHE-ASP-ASP-TRP-LEU-ALA-SER-LYS-GLY-NH2

F: Streptavidin

G: GLY-ASN-SER-PHE-ASP-ASP-TRP-LEU-ALA-SER-LYS-GLY-NH2

I: GLY-ASN-SER-PHE-ASP-ASP-TRP-LEU-ALA-SER-LYS-GLY-NH2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.9 kDa, 8 ポリマー
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2

H: Streptavidin

J: GLY-ASN-SER-PHE-ASP-ASP-TRP-LEU-ALA-SER-LYS-GLY-NH2

K: Streptavidin

L: GLY-ASN-SER-PHE-ASP-ASP-TRP-LEU-ALA-SER-LYS-GLY-NH2

M: Streptavidin

N: GLY-ASN-SER-PHE-ASP-ASP-TRP-LEU-ALA-SER-LYS-GLY-NH2

O: Streptavidin

P: GLY-ASN-SER-PHE-ASP-ASP-TRP-LEU-ALA-SER-LYS-GLY-NH2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.9 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	58.310, 58.305, 88.285
Angle α, β, γ (deg.)	104.38, 91.03, 88.43
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 18849.672 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: タンパク質・ペプチド	GLY-ASN-SER-PHE-ASP-ASP-TRP-LEU-ALA-SER-LYS-GLY-NH2 分子量: 1295.360 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Potassium chloride 0.1M HEPES pH 7.5 15% PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.7 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.27→85.51 Å / Num. obs: 273857 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 1.74 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 7.71
反射シェル	冗長度: 1.7 % / CC_1/2: 0.378 / R_sym value: 0.9 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
SADABS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.27→85.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 2.36 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.049 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20373	14193	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18024	-	-	-
obs	0.18141	273857	96.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	1.24 Å²	0.71 Å²
2-	-	-0.52 Å²	-0.12 Å²
3-	-	-	0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.27→85.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7984	0	48	1108	9140

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	8418
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7199
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.415	1.894	11557
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.907	3	16693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.787	5	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.639	24.157	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.928	15	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.853	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9738
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.536	1.346	4328
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.535	1.346	4327
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.933	2.007	5403
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.936	2.007	5404
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.687	1.553	4090
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.686	1.554	4090
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.015	2.212	6113
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.941	16.798	9378
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.691	16.055	9166
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.51	3	15617
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	23.824	5	803
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	7.906	5	15705

LS精密化シェル

解像度: 1.27→1.303 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.448	1046	-
R_work	0.437	19881	-
obs	-	-	95.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2932	-0.0527	-0.0915	0.1206	0.0023	0.08	-0.0122	-0.0236	0.0028	0.0128	0.0078	-0.0094	0.0011	0.0192	0.0045	0.0341	-0.0299	-0.0192	0.0585	0.0024	0.021	22.5587	-3.3965	-178.9054
2	0.3854	-0.1347	0.0313	0.2396	-0.0564	0.0193	0.0163	0.0374	0.1008	0.0082	-0.0193	-0.0513	0.0026	-0.0003	0.003	0.0354	-0.0307	-0.0105	0.0501	0.0135	0.0472	3.3751	16.3467	-185.3185
3	2.7962	-0.0513	-0.6245	0.1119	0.274	0.8144	0.0007	0.0817	-0.063	-0.0253	-0.026	-0.0135	-0.0466	-0.044	0.0253	0.0332	-0.0106	0.0053	0.0715	0.0374	0.0448	6.0012	12.6017	-200.3623
4	0.4693	-0.1501	0.0164	0.1539	0.0112	0.0534	0.0317	0.0387	-0.1071	0.0132	-0.0159	0.039	0.0152	0.0098	-0.0159	0.038	-0.0283	-0.0214	0.0464	-0.0019	0.0373	11.2107	-14.4968	-184.9981
5	2.2185	0.016	-0.5464	0.1996	-0.2064	0.3474	0.0796	0.1888	-0.0762	0.0149	-0.0751	0.0392	-0.0508	0.017	-0.0044	0.0574	0.0063	-0.0429	0.1181	-0.0465	0.051	8.5683	-11.0515	-199.9514
6	0.3027	-0.1301	-0.0183	0.2309	-0.0014	0.0833	0.0024	-0.013	-0.0037	0.011	0.0088	0.0189	-0.0032	-0.0227	-0.0111	0.0319	-0.0315	-0.0126	0.067	0.0022	0.0192	-8.0882	5.2418	-179.1178
7	0.1316	0.0741	-0.3521	3.096	-0.3272	0.994	-0.028	-0.0283	-0.0199	-0.0513	-0.0335	-0.1377	0.072	0.0122	0.0615	0.0393	-0.0089	-0.0063	0.103	0.005	0.0128	-4.4766	2.8036	-163.8833
8	0.3464	-0.2499	-0.0906	0.2812	-0.0128	0.1831	-0.0215	0.0236	0.0064	0.025	0.0033	-0.0333	0.0071	0.0131	0.0182	0.0315	-0.0275	-0.0175	0.0751	-0.0041	0.0228	51.0633	-18.4733	-219.6496
9	1.6352	0.8933	0.7237	2.0136	0.7894	1.9779	0.005	-0.1315	0.0335	0.0922	-0.0591	0.0178	0.0549	-0.0555	0.0541	0.0435	-0.024	-0.0179	0.0733	-0.0044	0.015	18.9019	-0.4039	-163.9116
10	0.3309	-0.5703	-0.4472	3.0167	-1.2378	2.607	-0.0051	-0.0346	0.0167	-0.0287	0.1207	0.0814	0.0209	0.0148	-0.1156	0.0464	-0.0316	-0.0318	0.0671	0.002	0.0351	47.2499	-5.8494	-210.358
11	0.512	-0.2725	-0.0817	0.3231	-0.0424	0.0622	-0.0606	0.0147	-0.1533	0.0485	0.0249	0.079	0.0069	-0.0149	0.0358	0.043	-0.0285	0.0125	0.054	0.0032	0.0593	39.9141	-30.8262	-216.1582
12	8.1998	-1.5374	-1.7397	0.6714	0.9397	1.4127	-0.1213	0.3778	-0.1045	-0.0101	0.0003	0.0805	0.0235	-0.0352	0.121	0.0482	-0.0617	-0.0153	0.1093	-0.0178	0.0776	37.3834	-38.6756	-229.4972
13	0.5191	-0.1362	-0.1798	0.1043	-0.0328	0.1698	0.03	0.1175	-0.044	0.0197	-0.0358	0.0139	-0.028	-0.0673	0.0058	0.0311	-0.0219	-0.0145	0.1149	-0.0146	0.025	20.1265	-12.6887	-225.3461
14	0.1895	0.3569	-0.6779	2.1908	-1.0485	2.7067	0.0056	-0.0049	-0.0102	0.1193	-0.0776	0.0167	-0.0936	0.1008	0.0721	0.0404	-0.0285	-0.0127	0.072	-0.0041	0.0117	23.6989	-4.2532	-212.6878
15	0.5036	-0.1968	-0.2264	0.1058	0.0617	0.1471	0.1024	0.196	0.0115	-0.0213	-0.0947	-0.0174	-0.0502	-0.0782	-0.0076	0.0461	0.0071	-0.0126	0.1434	0.0098	0.0172	31.3694	-8.9559	-237.4667
16	1.6535	0.2298	-0.4706	0.1776	0.1702	0.5209	0.0346	0.1061	-0.0852	-0.0001	-0.0506	-0.0162	-0.0218	-0.109	0.016	0.0262	0.0004	-0.0219	0.1723	-0.0231	0.0246	34.5447	-21.641	-245.7024

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 134
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	14 - 135
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 13
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	14 - 135
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 13
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	14 - 135
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 13
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	14 - 135
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 13
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 13
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	16 - 134
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	2 - 13
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	14 - 135
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	1 - 13
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	15 - 134
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	1 - 13

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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