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- PDB-5n7w: Computationally designed functional antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n7w
タイトルComputationally designed functional antibody
要素
  • Antibody Fragment Heavy Chain
  • Antibody Fragment Light Chain
  • Interleukin-17A
キーワードIMMUNE SYSTEM / Computationally designed antibody IL17
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / intestinal epithelial structure maintenance / negative regulation of inflammatory response to wounding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / cell death / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production ...positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / intestinal epithelial structure maintenance / negative regulation of inflammatory response to wounding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / cell death / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway / positive regulation of bicellular tight junction assembly / fibroblast activation / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / keratinocyte proliferation / cellular response to interleukin-1 / defense response to fungus / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-1 beta production / cytokine activity / response to wounding / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell-cell signaling / gene expression / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / immune response / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / innate immune response / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-17, chordata / Interleukin-17 family / Interleukin-17 / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Hargreaves, D. / Breed, J.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Computational Design of Epitope-Specific Functional Antibodies.
著者: Nimrod, G. / Fischman, S. / Austin, M. / Herman, A. / Keyes, F. / Leiderman, O. / Hargreaves, D. / Strajbl, M. / Breed, J. / Klompus, S. / Minton, K. / Spooner, J. / Buchanan, A. / Vaughan, T.J. / Ofran, Y.
履歴
登録2017年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody Fragment Heavy Chain
B: Antibody Fragment Light Chain
H: Antibody Fragment Heavy Chain
L: Antibody Fragment Light Chain
X: Interleukin-17A
Y: Interleukin-17A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,6266
ポリマ－129,6266
非ポリマー00
水12,214678
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15480 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area48960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.240, 199.980, 76.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21H
12B
22L
13X
23Y

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1 - 220
2010H1 - 220
1020B1 - 209
2020L1 - 209
1030X10 - 125
2030Y10 - 125

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: 抗体 Antibody Fragment Heavy Chain


分子量: 23885.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Antibody Fragment Light Chain


分子量: 23399.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 Interleukin-17A / IL-17A / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 8 / CTLA-8


分子量: 17528.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17A, CTLA8, IL17
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q16552
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 18% (w/v) PEG-MME 2000, 100mM PCTP pH4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→75.87 Å / Num. obs: 86657 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.96→2.01 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4969 / CC1/2: 0.587 / % possible all: 74.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.96→75.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.898 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.166 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24974 4249 4.9 %RANDOM
Rwork0.19905 ---
obs0.20151 82363 96.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 52.525 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.13 Å20 Å2-0.15 Å2
2---2.67 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.96→75.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8244 0 0 678 8922
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.028485
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.027724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8421.94111582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.39317885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.38951061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.3724.077336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.653151310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.881534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.21280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0219542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021914
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.765.1134271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.7595.1124270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.7417.6445323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.747.6455324
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0475.4114214
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0465.4124215
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.3157.9616260
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.1440.4279478
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.1440.4319479
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A225320.08
12H225320.08
21B218400.12
22L218400.12
31X100920.12
32Y100920.12
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.011 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 254 -
Rwork0.366 4714 -
obs--74.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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