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- PDB-3zdz: Integrin alphaIIB beta3 headpiece and RGD peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zdz
タイトルIntegrin alphaIIB beta3 headpiece and RGD peptide complex
要素
  • 10E5 FAB HEAVY CHAIN
  • 10E5 FAB LIGHT CHAIN
  • INTEGRIN ALPHA-IIB
  • INTEGRIN BETA-3
  • RGD PEPTIDE
キーワードCELL ADHESION/IMMUNE SYSTEM/PEPTIDE / CELL ADHESION-IMMUNE SYSTEM-PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization ...tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / platelet alpha granule membrane / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / fibrinogen binding / blood coagulation, fibrin clot formation / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / negative regulation of lipid transport / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Elastic fibre formation / mesodermal cell differentiation / glycinergic synapse / cell-substrate junction assembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / platelet-derived growth factor receptor binding / positive regulation of bone resorption / filopodium membrane / extracellular matrix binding / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / angiogenesis involved in wound healing / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / regulation of bone resorption / positive regulation of leukocyte migration / apoptotic cell clearance / wound healing, spreading of epidermal cells / positive regulation of fibroblast migration / integrin complex / positive regulation of smooth muscle cell migration / heterotypic cell-cell adhesion / smooth muscle cell migration / Molecules associated with elastic fibres / negative chemotaxis / positive regulation of cell-matrix adhesion / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / Syndecan interactions / cell adhesion mediated by integrin / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of osteoblast proliferation / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / protein disulfide isomerase activity / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / microvillus membrane / cell-substrate adhesion / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / PECAM1 interactions / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / fibronectin binding / lamellipodium membrane / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / positive regulation of T cell migration / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / Integrin signaling / embryo implantation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / protein kinase C binding / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / cell-matrix adhesion / Signal transduction by L1 / response to activity / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / wound healing / cellular response to mechanical stimulus / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / cell-cell adhesion / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / platelet aggregation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / ruffle membrane / cellular response to xenobiotic stimulus / integrin binding / positive regulation of fibroblast proliferation
類似検索 - 分子機能
ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt ...ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / ntegrin, alpha v. Chain A, domain 3 / ligand-binding face of the semaphorins, domain 2 / Integrin alpha, N-terminal / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Integrin beta-3 / Integrin alpha-IIb
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Zhu, J.H. / Zhu, J.Q. / Springer, T.A.
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2013
タイトル: Complete Integrin Headpiece Opening in Eight Steps.
著者: Zhu, J. / Zhu, J. / Springer, T.A.
履歴
登録2012年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTEGRIN ALPHA-IIB
B: INTEGRIN BETA-3
C: INTEGRIN ALPHA-IIB
D: INTEGRIN BETA-3
E: 10E5 FAB HEAVY CHAIN
F: 10E5 FAB LIGHT CHAIN
H: 10E5 FAB HEAVY CHAIN
I: RGD PEPTIDE
J: RGD PEPTIDE
L: 10E5 FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,50834
ポリマ－298,58310
非ポリマー3,92524
水9,728540
1
A: INTEGRIN ALPHA-IIB
B: INTEGRIN BETA-3
H: 10E5 FAB HEAVY CHAIN
I: RGD PEPTIDE
L: 10E5 FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,36517
ポリマ－149,2925
非ポリマー2,07412
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11720 Å2
ΔGint-58.7 kcal/mol
Surface area68200 Å2
手法PISA
2
C: INTEGRIN ALPHA-IIB
D: INTEGRIN BETA-3
E: 10E5 FAB HEAVY CHAIN
F: 10E5 FAB LIGHT CHAIN
J: RGD PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,14317
ポリマ－149,2925
非ポリマー1,85112
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11680 Å2
ΔGint-57.7 kcal/mol
Surface area68230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)259.620, 144.470, 104.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 INTEGRIN ALPHA-IIB / GPALPHA IIB / GPIIB / PLATELET MEMBRANE GLYCOPROTEIN IIB


分子量: 49515.965 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 32-488 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO LEC 3.2.1.8
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P08514
#2: タンパク質 INTEGRIN BETA-3 / PLATELET MEMBRANE GLYCOPROTEIN IIIA / GPIIIA


分子量: 52087.902 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 27-498 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO LEC 3.2.1.8
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P05106

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 IJ

#5: タンパク質・ペプチド RGD PEPTIDE


分子量: 588.593 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)

-
抗体 , 2種, 4分子 EHFL

#3: 抗体 10E5 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 23766.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#4: 抗体 10E5 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 23332.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

-
糖 , 4種, 6分子

#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#12: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 558分子

#9: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#11: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#13: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.9
詳細: 11% PEG 8000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID / 波長: 1.0332
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: DOUBLE SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 102899 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 52.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3T3P

3t3p


解像度: 2.75→48.279 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 21.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2211 1032 1 %
Rwork0.1844 --
obs0.1848 102822 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.516 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 91.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7084 Å20 Å20 Å2
2--2.8223 Å20 Å2
3----1.1139 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→48.279 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20787 0 225 540 21552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00521662
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59129341
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2737864
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0383275
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023807
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.8950.33861430.296514401X-RAY DIFFRACTION100
2.895-3.07630.29881470.265114432X-RAY DIFFRACTION100
3.0763-3.31380.26291550.22414383X-RAY DIFFRACTION100
3.3138-3.64720.21681510.184614486X-RAY DIFFRACTION100
3.6472-4.17470.16941410.155814552X-RAY DIFFRACTION100
4.1747-5.25860.15921420.132114648X-RAY DIFFRACTION100
5.2586-48.28630.24271530.182614888X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5190.0508-0.03921.33940.20360.6940.0179-0.0542-0.07480.1568-0.09860.24510.1809-0.1315-0.03720.38130.03560.1297-0.07420.07930.220851.100489.920354.1631
21.61290.0014-0.38560.8020.06761.2436-0.21690.4418-0.2184-0.3239-0.0305-0.2560.42590.31390.01880.42720.13780.21250.45850.03510.153984.115685.9926117.5764
33.5276-3.8907-0.66764.29120.73640.1263-0.4052-0.2764-0.46960.14120.2862-1.36350.3761.0490.17280.75890.47170.06791.9328-0.12631.2191123.24186.901734.0174
44.48-1.0065-2.70983.5823.33927.2056-0.0038-0.22220.30830.00840.2218-0.24620.13641.2055-0.20450.26080.0742-0.05970.8060.06310.7803101.6129106.25352.1734
51.01140.279-0.0062.22030.1460.67960.0608-0.11020.20480.2643-0.0173-0.1591-0.22590.0567-0.00950.35730.00710.0949-0.00560.02270.228868.4779117.482363.4869
66.92590.7243-2.46662.0434-2.00652.43240.054-0.42840.1421-0.36880.0196-0.81850.50780.6929-0.07760.7460.4680.12321.80750.14750.723115.620587.873618.4247
76.251.2936-3.90521.9331-1.38944.2491-0.3333-0.1026-0.98470.0303-0.15761.16971.0241-1.04960.45550.9918-0.55210.17131.2339-0.09731.190914.92871.0125141.1803
81.6345-0.48640.9580.4046-0.10457.089-0.33931.04550.1863-0.3550.34030.23270.7123-0.7904-0.00130.7122-0.4513-0.12631.14840.12240.605231.155387.6757116.1529
91.2269-0.43410.46660.5168-0.28751.1485-0.21431.04130.4134-0.3310.18250.1282-0.0542-0.3675-0.12830.4929-0.1853-0.07121.09620.2840.342360.3925102.391699.6952
109.12.80843.02925.09333.53337.14880.0775-0.1869-1.05830.49520.02580.47291.1759-1.2771-0.07310.688-0.27640.13780.6868-0.05630.795721.673979.1476155.0072
114.9778-0.1314-1.69041.6506-0.92562.4496-0.0574-0.5515-0.1230.67830.02190.40020.0355-0.49210.07250.45-0.04440.21270.6301-0.10890.543618.198496.688283.0177
125.50650.75170.47990.21380.90116.31870.0691-0.2645-1.94280.33860.1141-0.03971.1772-0.0143-0.11580.65170.07920.17680.77010.36791.8206-14.044781.505993.1804
133.390.6408-0.57020.3709-0.5150.7614-0.02730.2453-0.09350.0315-0.16120.85090.1013-0.8260.03830.333-0.00580.12480.8283-0.19860.73726.84596.119264.6276
142.87780.2428-0.20741.21980.59322.4105-0.24350.0443-0.97730.1920.01270.22610.3111-0.25960.24650.3004-0.06460.16530.75940.16891.0012-22.35393.59386.5755
151.8783-0.417-2.41110.78850.74873.1613-0.01041.01640.1247-0.35890.0034-0.0950.305-0.10390.24960.69360.10330.21891.72830.1690.6586114.606189.637885.652
163.21150.4754-0.93323.53761.1390.74160.2421.0058-0.3493-0.91210.0156-0.8827-0.23610.1763-0.19230.8940.25780.2622.22990.08840.9844149.828181.624279.3824
174-0.2706-1.73772.55890.27520.9276-0.07630.0530.7098-0.14370.0619-0.86950.05330.71-0.06750.51540.04140.14651.520.22640.8326125.104799.5332101.9005
181.83040.3682-0.57792.67260.92810.6020.21040.74870.3757-1.1176-0.0349-0.9175-0.35070.6697-0.27240.94060.23460.42792.14440.40931.3099154.035497.569579.8483
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1:454 OR RESID 2004:2007)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN C AND (RESID 1:454 OR RESID 2004:2007)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND RESID 1:57
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 58:107 OR RESID 354:432)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 109:352 OR RESID 2001:2003)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESID 433:466
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN D AND RESID 1:57
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN D AND (RESID 58:107 OR RESID 354:432)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN D AND (RESID 109:352 OR RESID 2001:2003)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN D AND RESID 433:471
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN H AND RESID 1:119
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN H AND RESID 120:221
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN L AND RESID 1:108
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN L AND RESID 109:214
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN E AND RESID 1:119
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN E AND RESID 120:221
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN F AND RESID 1:108
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN F AND RESID 109:214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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