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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ze1 | |||||||||
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Title | Integrin alphaIIB beta3 headpiece and RGD peptide complex | |||||||||
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![]() | CELL ADHESION/IMMUNE SYSTEM/PEPTIDE / CELL ADHESION-IMMUNE SYSTEM-PEPTIDE COMPLEX | |||||||||
Function / homology | ![]() tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane ...tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / fibrinogen binding / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / blood coagulation, fibrin clot formation / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / negative regulation of lipid transport / glycinergic synapse / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / angiogenesis involved in wound healing / Elastic fibre formation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / mesodermal cell differentiation / cell-substrate junction assembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / platelet-derived growth factor receptor binding / filopodium membrane / extracellular matrix binding / positive regulation of fibroblast migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / regulation of bone resorption / apoptotic cell clearance / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of leukocyte migration / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of cell-matrix adhesion / smooth muscle cell migration / cell adhesion mediated by integrin / microvillus membrane / negative chemotaxis / Syndecan interactions / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / activation of protein kinase activity / cell-substrate adhesion / protein disulfide isomerase activity / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of osteoblast proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / lamellipodium membrane / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / fibronectin binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / ECM proteoglycans / positive regulation of bone resorption / positive regulation of T cell migration / Integrin cell surface interactions / coreceptor activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cell adhesion molecule binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / embryo implantation / positive regulation of endothelial cell migration / Integrin signaling / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / response to activity / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / protein kinase C binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / wound healing / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / platelet aggregation / cell-cell adhesion / ruffle membrane / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of angiogenesis / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhu, J.H. / Zhu, J.Q. / Springer, T.A. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Complete Integrin Headpiece Opening in Eight Steps. Authors: Zhu, J. / Zhu, J. / Springer, T.A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3zdxC ![]() 3zdyC ![]() 3zdzC ![]() 3ze0C ![]() 3ze2C ![]() 3t3pS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 49515.965 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RESIDUES 32-488 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 52087.902 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RESIDUES 27-498 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Protein/peptide , 1 types, 2 molecules IJ
#5: Protein/peptide | Mass: 588.593 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules EHFL
#3: Antibody | Mass: 23766.473 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: Antibody | Mass: 23332.686 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Sugars , 3 types, 6 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#6: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #11: Sugar | |
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-Non-polymers , 5 types, 321 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-CA / #10: Chemical | ChemComp-MN / #12: Chemical | ChemComp-CL / | #13: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.35 Å3/Da / Density % sol: 63 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 8.9 Details: 11% PEG 8000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD |
Radiation | Monochromator: DOUBLE SI CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. obs: 78003 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 64.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.5 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.08 Å / Rmerge(I) obs: 1.18 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 96.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3T3P Resolution: 3→48.225 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.44 / Phase error: 22.78 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 68.348 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 115.3 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→48.225 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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