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- PDB-5n78: Crystal structure of the cytosolic domain of the CorA Mg2+ channe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n78
タイトルCrystal structure of the cytosolic domain of the CorA Mg2+ channel from Escherichia coli in complex with magnesium and cobalt hexammine
要素Magnesium transport protein CorA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Homopentamer Complex Transport Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


nickel cation transmembrane transport / nickel cation transmembrane transporter activity / magnesium ion transport / cobalt ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Magnesium/cobalt transport protein CorA / CorA, cytoplasmic domain / CorA, transmembrane region / Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA-like Mg2+ transporter protein
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALT HEXAMMINE(III) / Magnesium transport protein CorA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Lerche, M. / Sandhu, H. / Flockner, L. / Hogbom, M. / Rapp, M.
資金援助 スウェーデン, 4件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
Carl Tryggers stiftelse スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
Swedish Foundation for Strategic Research スウェーデン
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structure and Cooperativity of the Cytosolic Domain of the CorA Mg(2+) Channel from Escherichia coli.
著者: Lerche, M. / Sandhu, H. / Flockner, L. / Hogbom, M. / Rapp, M.
履歴
登録2017年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnesium transport protein CorA
B: Magnesium transport protein CorA
C: Magnesium transport protein CorA
D: Magnesium transport protein CorA
E: Magnesium transport protein CorA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,11528
ポリマ－149,3535
非ポリマー2,76223
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20660 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area53420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.721, 117.316, 91.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21D
12C
22A
13C
23B
14C
24E
15D
25A
16D
26B
17D
27E
18A
28B
19A
29E
110B
210E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010C1 - 258
2010D1 - 258
1020C1 - 258
2020A1 - 258
1030C1 - 258
2030B1 - 258
1040C1 - 258
2040E1 - 258
1050D1 - 258
2050A1 - 258
1060D1 - 258
2060B1 - 258
1070D1 - 258
2070E1 - 258
1080A1 - 258
2080B1 - 258
1090A1 - 258
2090E1 - 258
10100B1 - 258
20100E1 - 258

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
要素

#1: タンパク質
Magnesium transport protein CorA


分子量: 29870.543 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: corA, b3816, JW3789 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABI4
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#4: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 34 mM CoHex, 20 mM MgCl2, 100 mM Glycine pH 8.7, 30% PEG400, 100 mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979, 1.6049
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
21.60491
反射解像度: 2.85→89.45 Å / Num. obs: 35009 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.91 / CC1/2: 0.671 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→29.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 34.296 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.36 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21772 1769 5.1 %RANDOM
Rwork0.17761 ---
obs0.17969 33216 98.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.387 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.71 Å20 Å21.69 Å2
2---3.52 Å20 Å2
3---1.82 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.85→29.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10386 0 128 97 10611
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01910682
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0210311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4311.98314500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.065323521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.77151281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.64724.343601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.834151910
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.63415107
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5894.9555142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5894.9555141
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.7527.4356417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.7527.4356418
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4225.7985540
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.4225.7975541
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.7038.5858083
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.22139.30711756
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.2239.30811757
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11C158700.06
12D158700.06
21C157140.07
22A157140.07
31C159700.06
32B159700.06
41C158700.06
42E158700.06
51D159550.05
52A159550.05
61D159790.06
62B159790.06
71D160870.05
72E160870.05
81A158570.07
82B158570.07
91A159610.06
92E159610.06
101B159990.06
102E159990.06
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 105 -
Rwork0.324 2094 -
obs--84.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.97760.57061.67882.35430.48581.9880.17720.0631-0.1522-0.2366-0.01180.29830.2482-0.0762-0.16540.0707-0.0126-0.06850.0761-0.02990.2753-49.4644-0.0148-9.3381
22.65480.95910.17452.70350.08031.90090.13-0.2691-0.35950.4955-0.04120.03360.5094-0.3386-0.08880.2384-0.06190.00240.12380.05960.1787-49.3898-4.178822.7425
33.1106-1.3691.29242.483-0.33352.21290.09730.2862-0.0045-0.4612-0.12150.0937-0.3209-0.12890.02420.15440.0531-0.02620.08430.00680.0332-49.046331.2339-14.7872
42.4853-1.178-0.59892.47920.53081.13960.1124-0.02170.2494-0.0130.076-0.017-0.2254-0.1289-0.18830.05740.03960.0120.07890.01480.18-49.39646.673113.2637
52.42920.3259-1.89021.2267-0.29212.64040.0544-0.2763-0.04260.45920.0397-0.0177-0.0363-0.0026-0.09410.18520.0494-0.02010.16150.00020.0402-49.74524.549836.4422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C1 - 257
2X-RAY DIFFRACTION2D1 - 257
3X-RAY DIFFRACTION3A1 - 257
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 257
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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