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- PDB-6ba5: Potent and Selective Antitumor Activity of a T-Cell Engaging Bisp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ba5
タイトルPotent and Selective Antitumor Activity of a T-Cell Engaging Bispecific Antibody Targeting a Membrane-Proximal Epitope of ROR1
要素
  • Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1
  • Variable domain Heavy chain, antibody R11
  • Variable domain of Light Chain, antibody R11
キーワードIMMUNE SYSTEM / Single chain Fv / ScFv / Antibody / ROR1 / Kringle domain / receptor tyrosine kinase-like orphan receptor / Phage display
機能・相同性
機能・相同性情報


WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Wnt receptor activity / Wnt-protein binding / astrocyte development / inner ear development / stress fiber / coreceptor activity / axon terminus / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway ...WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Wnt receptor activity / Wnt-protein binding / astrocyte development / inner ear development / stress fiber / coreceptor activity / axon terminus / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / sensory perception of sound / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / signaling receptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell population proliferation / receptor complex / axon / cell surface / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, receptor ROR / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site ...Tyrosine-protein kinase, receptor ROR / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Kringle-like fold / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Park, H. / Rader, C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA181258 米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)TR001114 米国
引用
ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Potent and selective antitumor activity of a T cell-engaging bispecific antibody targeting a membrane-proximal epitope of ROR1.
著者: Qi, J. / Li, X. / Peng, H. / Cook, E.M. / Dadashian, E.L. / Wiestner, A. / Park, H. / Rader, C.
#1: ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2011
タイトル: Potent and Selective Antitumor Activity of a T-Cell Engaging Bispecific Antibody Targeting a Membrane-Proximal Epitope of ROR1
著者: Qi, J. / Li, X. / Peng, H. / Park, H. / Rader, C.
履歴
登録2017年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Variable domain of Light Chain, antibody R11
B: Variable domain Heavy chain, antibody R11
C: Variable domain of Light Chain, antibody R11
D: Variable domain Heavy chain, antibody R11
E: Variable domain of Light Chain, antibody R11
F: Variable domain Heavy chain, antibody R11
G: Variable domain of Light Chain, antibody R11
H: Variable domain Heavy chain, antibody R11
M: Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1
N: Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1
O: Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1
P: Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,66612
ポリマ－135,66612
非ポリマー00
水24,5721364
1
A: Variable domain of Light Chain, antibody R11
B: Variable domain Heavy chain, antibody R11
M: Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9163
ポリマ－33,9163
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Variable domain of Light Chain, antibody R11
D: Variable domain Heavy chain, antibody R11
N: Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9163
ポリマ－33,9163
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Variable domain of Light Chain, antibody R11
F: Variable domain Heavy chain, antibody R11
O: Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9163
ポリマ－33,9163
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Variable domain of Light Chain, antibody R11
H: Variable domain Heavy chain, antibody R11
P: Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9163
ポリマ－33,9163
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.020, 73.900, 84.120
Angle α, β, γ (deg.)89.86, 71.30, 84.49
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体
Variable domain of Light Chain, antibody R11


分子量: 11894.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体
Variable domain Heavy chain, antibody R11


分子量: 12665.929 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質
Inactive tyrosine-protein kinase transmembrane receptor ROR1 / Neurotrophic tyrosine kinase / receptor-related 1


分子量: 9356.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROR1, NTRKR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01973
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Li Sulfate, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月28日 / 詳細: single crystal monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→54.85 Å / Num. obs: 160894 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 15.44 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 7849 / CC1/2: 0.717 / Rpim(I) all: 0.321 / Rrim(I) all: 0.595 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Antibody R11

解像度: 1.62→39.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.1 / SU Rfree Blow DPI: 0.093 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.09
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 3234 2.01 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.194 160881 96.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.9425 Å2-0.3664 Å21.7603 Å2
2--1.717 Å20.0895 Å2
3---2.2254 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.62→39.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9266 0 0 1364 10630
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019496HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg112936HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3066SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes196HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1407HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9496HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.45
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1273SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11721SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.66 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 240 2.04 %
Rwork0.204 11498 -
all0.205 11738 -
obs--94.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.31020.3729-1.7822.9222-0.92232.93030.1215-0.56020.0970.314-0.02470.4493-0.2029-0.2182-0.0967-0.07620.00230.035-0.0234-0.0408-0.1014-2.634343.040851.9833
20.916-0.21690.76580.6484-0.26221.78980.01640.04540.064-0.0163-0.0536-0.0667-0.02320.13340.0372-0.0208-0.0101-0.0055-0.00790.0104-0.041710.55163.21025.2799
39.32350.41391.2292.24130.88452.65390.0008-0.0997-0.21090.1950.1366-0.42170.33650.5832-0.1374-0.14540.0781-0.0599-0.00590.0204-0.079136.4204-9.015538.1965
40.410.11470.19250.93110.24450.77310.03840.03120.0115-0.0019-0.0271-0.0430.0824-0.026-0.0113-0.0026-0.0007-0.0095-0.0027-0.0021-0.0554-4.0125-5.4689-6.7671
55.21380.3296-0.06332.9277-0.25351.6648-0.1007-0.3552-0.3085-0.1142-0.1509-0.51020.25170.64290.2516-0.11210.1385-0.00090.08760.1099-0.117926.527529.4885-2.5905
61.0206-0.00381.00290.73970.14592.0508-0.05220.13160.0061-0.03150.038-0.0434-0.0910.25310.0142-0.013-0.0264-0.0175-0.00950.0015-0.066327.300339.401243.6973
70.5894-0.07840.24340.79030.24980.7413-0.03260.03840.02210.02930.0101-0.0392-0.01950.02010.02250.0001-0.014-0.0096-0.00510-0.056213.188929.411432.08
80.5307-0.10090.32410.57330.23211.8493-0.0179-0.0307-0.03550.033-0.01840.0363-0.0119-0.14120.0363-0.0107-0.0154-0.0127-0.00750.0012-0.04627.74-4.510750.2155
90.3745-0.1313-0.03581.1534-0.170.6716-0.01780.03380.00560.0693-0.0191-0.0052-0.0315-0.0160.0369-0.0279-0.0082-0.02160.00790.0044-0.040912.29275.221932.5084
100.4873-0.05270.32880.6778-0.27552.13470.0144-0.0452-0.0128-0.0722-0.00670.07980.0702-0.204-0.00780.0099-0.0009-0.0354-0.03380.005-0.0561-2.444632.93338.9587
110.4181-0.0743-0.1560.7731-0.14651.0513-0.04820.01110.01550.06820.040.0280.0474-0.01560.00830.0060.0055-0.0387-0.01770.0078-0.05551.962443.8616-8.0683
124.05970.4028-2.89570.9855-1.11955.52010.0537-0.23840.12180.05280.07610.1814-0.1009-0.4734-0.1298-0.1147-0.00350.02270.0245-0.0245-0.1045-19.52028.081913.4731
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ N|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ O|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ P|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ C|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ D|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ E|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ F|* }
10X-RAY DIFFRACTION10{ G|* }
11X-RAY DIFFRACTION11{ H|* }
12X-RAY DIFFRACTION12{ M|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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