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万見
- PDB-5n62: Human TTR crystals soaked in manganese chloride. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n62
タイトルHuman TTR crystals soaked in manganese chloride.
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Manganese complex / metal binding / Alzheimer beta-amyloid scavenging
機能・相同性
機能・相同性情報


Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ciccone, L. / Savko, M. / Shepard, W. / Stura, E.A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Copper mediated amyloid-beta binding to Transthyretin.
著者: Ciccone, L. / Fruchart-Gaillard, C. / Mourier, G. / Savko, M. / Nencetti, S. / Orlandini, E. / Servent, D. / Stura, E.A. / Shepard, W.
履歴
登録2017年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7754
ポリマ－25,6652
非ポリマー1102
水4,558253
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5498
ポリマ－51,3304
非ポリマー2204
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area6660 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.270, 85.830, 63.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-409-

HOH

21B-419-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 12832.397 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: protein: 10 mg/ml Dialysed in 100 milli-M NaCl, 50 milli-M sodium acetate, pH 5.5 precipitant: 26% polyethylene glycol 4,000 (PEG4K), 0.16 M imidazole malate, pH 6.0 cryosoak: 40 % CM7 (12.5 ...詳細: protein: 10 mg/ml Dialysed in 100 milli-M NaCl, 50 milli-M sodium acetate, pH 5.5 precipitant: 26% polyethylene glycol 4,000 (PEG4K), 0.16 M imidazole malate, pH 6.0 cryosoak: 40 % CM7 (12.5 % di-ethylene glycol + 12.5 % ethylene glycol + 12.5 % glycerol + 25 % 1,2-propanediol + 12.5 % DMSO), 25 % MPEG 5K, 5 mM MnCl2, 10 min soak.
PH範囲: 6 / Temp details: cooled incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1.891993 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月26日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.891993 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 42596 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.37 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rsym value: 0.163 / Net I/σ(I): 11.53
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 7.61 % / Rmerge(I) obs: 2.175 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / Num. unique obs: 3134 / CC1/2: 0.39 / Rsym value: 2.02 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5K1J

5k1j


解像度: 1.8→38.638 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 2132 5.01 %
Rwork0.1951 --
obs0.1976 42583 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.638 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1791 0 2 253 2046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0252655
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1131154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007349
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8001-1.84190.33221440.28392658X-RAY DIFFRACTION100
1.8419-1.8880.34341480.27662724X-RAY DIFFRACTION100
1.888-1.9390.31591410.26492697X-RAY DIFFRACTION100
1.939-1.99610.29771390.2672707X-RAY DIFFRACTION100
1.9961-2.06050.3321420.28112700X-RAY DIFFRACTION100
2.0605-2.13410.36621410.29232674X-RAY DIFFRACTION100
2.1341-2.21960.37361360.31592708X-RAY DIFFRACTION100
2.2196-2.32060.35591440.30912694X-RAY DIFFRACTION100
2.3206-2.44290.29441430.27132704X-RAY DIFFRACTION100
2.4429-2.59590.27591420.21172697X-RAY DIFFRACTION100
2.5959-2.79630.19831420.1662687X-RAY DIFFRACTION100
2.7963-3.07760.19151460.13972717X-RAY DIFFRACTION100
3.0776-3.52270.19281400.13022683X-RAY DIFFRACTION100
3.5227-4.43720.17611420.12932708X-RAY DIFFRACTION100
4.4372-38.64660.19431420.1572693X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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