PDB-5n2x: Thermolysin in complex with inhibitor JC272

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n2x

タイトル

Thermolysin in complex with inhibitor JC272

要素

Thermolysin

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Phosphonamidate / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.209 Å

データ登録者

Cramer, J. / Krimmer, S.G. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Paying the Price of Desolvation in Solvent-Exposed Protein Pockets: Impact of Distal Solubilizing Groups on Affinity and Binding Thermodynamics in a Series of Thermolysin Inhibitors.
著者: Cramer, J. / Krimmer, S.G. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2017年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n2x.cif.gz	204.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n2x.ent.gz	163.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n2x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5n2x_validation.pdf.gz	720.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n2x_full_validation.pdf.gz	720.3 KB	表示
XML形式データ	5n2x_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	5n2x_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/5n2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/5n2x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mnrC 5n2tC 5n2zC 5n31C 5n34C 5n3vC 5n3yC 8tlnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6d5u-d 6qar-d 3p7p-d 4tln-d 1kkk-d 4tmn-d 1gxw-d 1pe5-d 5wr5-d 5tln-d 7tln-d 1os0-d 1qf0-d 4h57-d 6sc0-d 1kto-d 6d5t-d 1y3g-d 6d5q-d 1lnb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: Thermolysin

ヘテロ分子

35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.751, 92.751, 130.348
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-756- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質	Thermolysin / Thermostable neutral proteinase 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, thermolysin

-
非ポリマー , 6種, 367分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-8KN / (2~{S})-5-azanyl-2-[[(2~{S})-4-methyl-2-[[oxidanyl(phenylmethoxycarbonylaminomethyl)phosphoryl]amino]pentanoyl]amino]pentanoic acid 分子量: 472.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₃N₄O₇P
#6: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 4 mM TLN, 1.9 M CsCl, 50% DMSO, 50 mM Tris-HCl, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.209→50 Å / Num. obs: 100719 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_rim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 23.89
反射シェル	解像度: 1.209→1.28 Å / 冗長度: 12.1 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4.68 / Num. unique obs: 15957 / CC_1/2: 0.94 / R_rim(I) all: 0.51 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8TLN

8tln

解像度: 1.209→40.162 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 9.03

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1272	5036	5 %
R_work	0.1106	-	-
obs	0.1114	100710	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.209→40.162 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2416	0	57	357	2830

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2597
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.023	3552
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.059	887
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	378
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	469

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2095-1.2232	0.1695	162	0.1388	3092	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2232-1.2376	0.1356	165	0.1238	3136	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2376-1.2527	0.1434	166	0.1209	3139	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2527-1.2686	0.1307	165	0.1173	3136	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2686-1.2852	0.1548	165	0.1162	3134	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2852-1.3029	0.1471	164	0.1128	3118	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3029-1.3215	0.1323	165	0.1082	3144	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3215-1.3412	0.1284	166	0.1061	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3412-1.3622	0.1278	166	0.1003	3156	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3622-1.3845	0.1405	166	0.1003	3159	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3845-1.4084	0.1323	166	0.0993	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4084-1.434	0.117	166	0.0924	3147	X-RAY DIFFRACTION	100
1.434-1.4616	0.1271	166	0.091	3167	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4616-1.4914	0.1132	166	0.0886	3157	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4914-1.5238	0.1157	168	0.0863	3182	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5238-1.5593	0.1033	166	0.0847	3146	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5593-1.5983	0.1047	168	0.086	3198	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5983-1.6415	0.1075	166	0.0869	3156	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6415-1.6898	0.1044	168	0.0909	3197	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6898-1.7443	0.1062	167	0.0913	3175	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7443-1.8067	0.1076	168	0.0908	3186	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8067-1.879	0.1122	169	0.1004	3205	X-RAY DIFFRACTION	100
1.879-1.9645	0.1204	168	0.1051	3196	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9645-2.0681	0.1198	169	0.1073	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0681-2.1976	0.1193	170	0.1083	3232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1976-2.3673	0.1181	170	0.109	3223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3673-2.6055	0.1401	171	0.1133	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6055-2.9824	0.1455	173	0.1165	3284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9824-3.7571	0.146	175	0.1294	3324	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7571-40.1845	0.1306	186	0.1379	3512	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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