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- PDB-5n16: First Bromodomain (BD1) from Candida albicans Bdf1 bound to a dib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n16
タイトルFirst Bromodomain (BD1) from Candida albicans Bdf1 bound to a dibenzothiazepinone (compound 1)
要素Bromodomain-containing factor 1
キーワードTRANSCRIPTION / Bromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


sporulation resulting in formation of a cellular spore / : / chromatin remodeling / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain ...NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8FN / NICKEL (II) ION / Bromodomain-containing factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Mietton, F. / Ferri, E. / Champleboux, M. / Zala, N. / Maubon, D. / Zhou, Y. / Harbut, M. / Spittler, D. / Garnaud, C. / Courcon, M. ...Mietton, F. / Ferri, E. / Champleboux, M. / Zala, N. / Maubon, D. / Zhou, Y. / Harbut, M. / Spittler, D. / Garnaud, C. / Courcon, M. / Chauvel, M. / d'Enfert, C. / Kashemirov, B.A. / Hull, M. / Cornet, M. / McKenna, C.E. / Govin, J. / Petosa, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-14-CE16-0027-01 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Selective BET bromodomain inhibition as an antifungal therapeutic strategy.
著者: Mietton, F. / Ferri, E. / Champleboux, M. / Zala, N. / Maubon, D. / Zhou, Y. / Harbut, M. / Spittler, D. / Garnaud, C. / Courcon, M. / Chauvel, M. / d'Enfert, C. / Kashemirov, B.A. / Hull, M. ...著者: Mietton, F. / Ferri, E. / Champleboux, M. / Zala, N. / Maubon, D. / Zhou, Y. / Harbut, M. / Spittler, D. / Garnaud, C. / Courcon, M. / Chauvel, M. / d'Enfert, C. / Kashemirov, B.A. / Hull, M. / Cornet, M. / McKenna, C.E. / Govin, J. / Petosa, C.
履歴
登録2017年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Data collection
改定 2.02017年9月6日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing factor 1
B: Bromodomain-containing factor 1
C: Bromodomain-containing factor 1
D: Bromodomain-containing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,94714
ポリマ－61,9084
非ポリマー2,03910
水11,674648
1
A: Bromodomain-containing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4215
ポリマ－15,4771
非ポリマー9444
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain-containing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5362
ポリマ－15,4771
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bromodomain-containing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0414
ポリマ－15,4771
非ポリマー5643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bromodomain-containing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9493
ポリマ－15,4771
非ポリマー4722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.435, 77.292, 102.593
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Bromodomain-containing factor 1


分子量: 15476.932 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: BDF1, CaO19.8593, CaO19.978 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5A4W8
#2: 化合物
ChemComp-8FN / 5-cyclopropyl-2-(5-pyrazin-2-yl-1,2,4-oxadiazol-3-yl)benzo[b][1,4]benzothiazepin-6-one


分子量: 413.452 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H15N5O2S
#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Crystals were obtained by mixing a solution of 20 mg/mL protein and 0.4 mM inhibitor with 0.1 M TRIS-HCl (pH 8.5), 23% (w/v) PEG MME 2000 and 10 mM NiCl2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→54.1 Å / Num. obs: 59921 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.76→1.82 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 5873 / CC1/2: 0.759 / Rpim(I) all: 0.324 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N15

5n15


解像度: 1.76→42.74 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2148 3040 5.08 %
Rwork0.1785 --
obs0.1804 59849 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→42.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4110 0 131 648 4889
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9795920
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2132709
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045632
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006781
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.78750.36041390.29852524X-RAY DIFFRACTION99
1.7875-1.81680.2821170.25862535X-RAY DIFFRACTION99
1.8168-1.84820.30181490.21852544X-RAY DIFFRACTION100
1.8482-1.88180.24511550.20852546X-RAY DIFFRACTION100
1.8818-1.9180.26591100.18892572X-RAY DIFFRACTION100
1.918-1.95710.24171400.19562572X-RAY DIFFRACTION100
1.9571-1.99970.23941510.19452542X-RAY DIFFRACTION99
1.9997-2.04620.22491200.19162592X-RAY DIFFRACTION100
2.0462-2.09740.21771220.18632580X-RAY DIFFRACTION100
2.0974-2.15410.2221530.17472556X-RAY DIFFRACTION100
2.1541-2.21740.23921440.17512546X-RAY DIFFRACTION100
2.2174-2.2890.25341470.17962554X-RAY DIFFRACTION100
2.289-2.37080.20871340.17892563X-RAY DIFFRACTION100
2.3708-2.46570.21561320.18372593X-RAY DIFFRACTION100
2.4657-2.57790.22271120.17742609X-RAY DIFFRACTION100
2.5779-2.71380.19681410.17312575X-RAY DIFFRACTION99
2.7138-2.88380.22091610.17572559X-RAY DIFFRACTION100
2.8838-3.10640.20811390.18252619X-RAY DIFFRACTION100
3.1064-3.41890.21561370.16752600X-RAY DIFFRACTION100
3.4189-3.91330.19821530.16132608X-RAY DIFFRACTION99
3.9133-4.92920.17851370.15462670X-RAY DIFFRACTION100
4.9292-42.75290.19211470.18342750X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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