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- PDB-5mzm: Structure of H-2Db in complex with TEIPP APL Trh4 p3P -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mzm
タイトルStructure of H-2Db in complex with TEIPP APL Trh4 p3P
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Ceramide synthase 5 derived peptide Trh4 p3P
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / cancer / neo-epitope / T-cell epitopes associated with impaired peptide processing / MHC-I
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / protein-containing complex binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hafstrand, I. / Achour, A. / Sandalova, T.
引用ジャーナル: J. Immunol. / 年: 2018
タイトル: The Immunogenicity of a Proline-Substituted Altered Peptide Ligand toward the Cancer-Associated TEIPP Neoepitope Trh4 Is Unrelated to Complex Stability.
著者: Hafstrand, I. / Doorduijn, E.M. / Sun, R. / Talyzina, A. / Sluijter, M. / Pellegrino, S. / Sandalova, T. / Duru, A.D. / van Hall, T. / Achour, A.
履歴
登録2017年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Ceramide synthase 5 derived peptide Trh4 p3P
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Ceramide synthase 5 derived peptide Trh4 p3P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,9499
ポリマ－89,6656
非ポリマー2843
水2,360131
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Ceramide synthase 5 derived peptide Trh4 p3P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1176
ポリマ－44,8323
非ポリマー2843
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area19840 Å2
手法PISA
2
D: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Ceramide synthase 5 derived peptide Trh4 p3P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8323
ポリマ－44,8323
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.350, 125.010, 98.053
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 32087.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Ceramide synthase 5 derived peptide Trh4 p3P


分子量: 1040.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 134分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.48 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2 M Ammonium sulphate, 0.1 M Tris-HCl, 0.5 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→58.5 Å / Num. obs: 41766 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4378 / CC1/2: 0.913 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
REFMAC精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1S7U

1s7u


解像度: 2.4→36.201 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.97
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2681 2280 5.46 %random
Rwork0.2263 ---
obs0.2286 41747 99.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→36.201 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6234 0 16 131 6381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036454
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6578758
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6533853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043876
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051140
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.45220.34981520.30452433X-RAY DIFFRACTION100
2.4522-2.50920.32461470.25712454X-RAY DIFFRACTION100
2.5092-2.5720.30441660.26752414X-RAY DIFFRACTION100
2.572-2.64150.32321170.25922488X-RAY DIFFRACTION100
2.6415-2.71920.32591230.2652474X-RAY DIFFRACTION100
2.7192-2.80690.32681360.26852483X-RAY DIFFRACTION100
2.8069-2.90720.28951370.26222467X-RAY DIFFRACTION100
2.9072-3.02350.28921610.26362448X-RAY DIFFRACTION100
3.0235-3.16110.32561410.2512493X-RAY DIFFRACTION100
3.1611-3.32760.29461320.23632442X-RAY DIFFRACTION100
3.3276-3.53590.26831580.232460X-RAY DIFFRACTION100
3.5359-3.80870.2711220.21162493X-RAY DIFFRACTION100
3.8087-4.19150.26981520.20572450X-RAY DIFFRACTION100
4.1915-4.79680.23441520.19642480X-RAY DIFFRACTION100
4.7968-6.03890.22911550.19862466X-RAY DIFFRACTION100
6.0389-36.20470.19221290.20262522X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.10370.25950.18032.0774-0.48352.69920.11490.10550.5569-0.08260.0396-0.4218-0.32760.5481-0.10650.3181-0.06510.06750.2862-0.03760.23971.57896.815886.2147
23.3676-0.2402-1.37522.65680.80321.8939-0.14110.3021-0.2891-0.10760.0273-0.04340.1305-0.02420.10470.2863-0.01430.02250.2304-0.0020.2139-7.8117-4.993486.0532
33.342-0.39790.53194.62140.36142.0360.1076-0.3605-0.77180.98130.2251-0.11560.29140.1899-0.31080.55810.0209-0.12260.3639-0.07480.60219.809-10.029119.6551
41.69461.05641.26111.53590.95123.1322-0.0629-0.17750.1976-0.05060.1581-0.1803-0.37970.301-0.07980.2759-0.0590.03090.3697-0.09370.25594.955110.8377111.6894
51.0177-0.06351.12090.0928-0.14781.46890.18890.83860.2018-0.1011-0.0982-0.27760.096-0.0839-0.06340.4717-0.00220.07540.42530.05450.3207-6.25711.183879.7138
62.10980.63140.99754.18370.24862.96140.0646-0.3073-0.57720.15980.2201-1.11030.18450.3764-0.27610.22150.0829-0.07720.3124-0.07280.4312-1.6199-45.671106.7044
72.2077-0.09350.25482.11040.87651.0427-0.1073-0.12690.41340.16380.08660.0645-0.19920.0164-0.01660.27160.0233-0.07830.197-0.01830.2394-12.0298-31.8924106.5237
82.25570.7237-0.07313.7142-0.23991.58780.12280.44760.4508-0.89650.1001-0.5697-0.17760.0457-0.07180.39330.0660.12760.397-0.0380.653211.4718-29.873879.6589
93.0358-1.4888-2.17991.85721.18393.1031-0.18110.1924-0.1245-0.05280.1827-0.11710.3310.01510.03590.2688-0.02240.02090.288-0.07550.28946.3742-50.48182.8227
104.05640.9957-2.37981.648-0.73721.3412-0.1588-0.92410.4250.51270.2742-0.292-0.36970.1413-0.22940.53750.0304-0.12930.4096-0.06790.3006-8.2119-40.216112.9341
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 84 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 85 through 174 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 175 through 276 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 99 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 9 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 1 through 103 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 104 through 162 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 163 through 276 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 1 through 99)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'F' and (resid 1 through 9 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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