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- PDB-5mxp: Haloalkane dehalogenase DmxA from Marinobacter sp. ELB17 possessi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mxp
タイトルHaloalkane dehalogenase DmxA from Marinobacter sp. ELB17 possessing a unique catalytic residue
要素Alpha/beta hydrolase
キーワードHYDROLASE / thermostable enzyme / disulfide bridge / unique catalytic residue
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Alpha/beta hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Marinobacter sp. ELB17 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Tratsiak, K. / Rezacova, P. / Prudnikova, T.
資金援助 チェコ, 9件
組織認可番号国
Grant AgencyP207/12/0775 チェコ
Grant AgencyGA16-24223S チェコ
Grant AgencyGA16-06096S チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLO1214 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLO1304 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLQ1605 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2015051 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2015047 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLM2015055 チェコ
引用ジャーナル: Microorganisms / 年: 2019
タイトル: Deciphering the Structural Basis of High Thermostability of Dehalogenase from Psychrophilic BacteriumMarinobactersp. ELB17.
著者: Chrast, L. / Tratsiak, K. / Planas-Iglesias, J. / Daniel, L. / Prudnikova, T. / Brezovsky, J. / Bednar, D. / Kuta Smatanova, I. / Chaloupkova, R. / Damborsky, J.
履歴
登録2017年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha/beta hydrolase
B: Alpha/beta hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,20713
ポリマ－69,8452
非ポリマー36111
水10,791599
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area21830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.371, 78.343, 150.514
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Alpha/beta hydrolase / DmxA


分子量: 34922.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: psychrophilic
由来: (組換発現) Marinobacter sp. ELB17 (バクテリア)
遺伝子: MELB17_23105 / プラスミド: pET21b / 詳細 (発現宿主): Novagen, USA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: A3JB27, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 599 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.85 % / 解説: rhombohedral
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M ammonium acetate, 30%(w/v) PEG 4000 and 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate, additionally added sarcosine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid-nitrogen stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月24日 / 詳細: silicon pixel array detector
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→100 Å / Num. obs: 86980 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.28 % / Biso Wilson estimate: 21.048 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 8.02
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 5.52 % / Rmerge(I) obs: 0.621 / Num. unique obs: 5978 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDS2013-03-30データ削減
XDS2013-03-30データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 4.0E+46 / 解像度: 1.45→75.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.379 / SU ML: 0.062 / SU R Cruickshank DPI: 0.0742 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.079
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2138 4589 5 %RANDOM
Rwork0.1732 ---
obs0.1752 86980 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.68 Å2 / Biso mean: 18.624 Å2 / Biso min: 7.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→75.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4770 0 21 603 5394
Biso mean--26.43 27.99 -
残基数----588
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0195017
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9271.956827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.098310461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8455610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.76923.566258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.15115810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9181538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0215649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021081
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 329 -
Rwork0.28 6373 -
all-6702 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.81330.01-0.20430.8861-0.10971.056-0.001-0.01150.0270.05040.0276-0.0631-0.10910.0071-0.02670.14470.00060.00260.0013-0.00110.0193-40.35618.37355.966
21.30040.2021-0.56260.9037-0.23971.4580.022-0.02060.05810.0276-0.00810.0310.01760.0211-0.01380.130.00760.00410.0009-0.00080.0293-19.31817.51419.625
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 296
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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