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- PDB-2wud: Crystal structure of S114A mutant of HsaD from Mycobacterium tube... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wud
タイトルCrystal structure of S114A mutant of HsaD from Mycobacterium tuberculosis
要素2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase / 4,5-9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase activity / : / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase activity / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase / hydrolase activity, acting on acid carbon-carbon bonds, in ketonic substances / steroid biosynthetic process / biological process involved in interaction with host / lipid catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase / 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lack, N.A. / Yam, K.C. / Lowe, E.D. / Horsman, G.P. / Owen, R. / Sim, E. / Eltis, L.D.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2010
タイトル: Characterization of a carbon-carbon hydrolase from Mycobacterium tuberculosis involved in cholesterol metabolism.
著者: Lack, N.A. / Yam, K.C. / Lowe, E.D. / Horsman, G.P. / Owen, R.L. / Sim, E. / Eltis, L.D.
履歴
登録2009年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD
B: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9154
ポリマ－63,7992
非ポリマー1162
水4,954275
1
A: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD
ヘテロ分子

A: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD
ヘテロ分子

A: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD
ヘテロ分子

A: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,8308
ポリマ－127,5984
非ポリマー2324
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_455-x-1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation8_545x,-y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation14_445-x-1/2,-y-1/2,z1
Buried area9210 Å2
ΔGint-30.96 kcal/mol
Surface area40130 Å2
手法PISA
2
B: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD
ヘテロ分子

B: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD
ヘテロ分子

B: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD
ヘテロ分子

B: 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,8308
ポリマ－127,5984
非ポリマー2324
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area9260 Å2
ΔGint-19.48 kcal/mol
Surface area40210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.254, 118.765, 182.592
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A
211CHAIN B

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.034051, 0.999419, 0.001446), (0.999372, -0.034035, -0.009898), (-0.009844, 0.001782, -0.99995)
ベクター: 31.1624, -31.5206, 45.8312)

-
要素

#1: タンパク質 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD / HSAD / 2-HYDROXY-6-PHENYLHEXA-2\ / 4-DIENOIC ACID HYDROLASE


分子量: 31899.389 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
参照: UniProt: P96851, UniProt: P9WNH5*PLUS, 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 114 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 114 TO ALA
配列の詳細S114A MUTANT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 200MM KSCN, 24% PEG 3350, 100MM BIS-TRIS PROPANE, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月4日 / 詳細: MONTEL 200 OPTICS
放射モノクロメーター: MONTEL 200 OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→59.8 Å / Num. obs: 35484 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 16.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VF2

2vf2


解像度: 2.1→49.8 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 1779 5 %
Rwork0.192 --
obs-35439 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.943 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4370 0 6 275 4651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.746
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2185X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2185X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.311
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.15680.29361260.23582542X-RAY DIFFRACTION99
2.1568-2.22030.27191380.23462568X-RAY DIFFRACTION100
2.2203-2.29190.29091370.22962573X-RAY DIFFRACTION100
2.2919-2.37380.28461410.21842580X-RAY DIFFRACTION100
2.3738-2.46890.26581330.21272576X-RAY DIFFRACTION100
2.4689-2.58120.28411400.20652568X-RAY DIFFRACTION100
2.5812-2.71730.25291420.21182582X-RAY DIFFRACTION99
2.7173-2.88750.22881350.20642569X-RAY DIFFRACTION99
2.8875-3.11050.26581590.18082574X-RAY DIFFRACTION100
3.1105-3.42340.23491470.17582590X-RAY DIFFRACTION100
3.4234-3.91860.19291360.15722616X-RAY DIFFRACTION100
3.9186-4.93630.1441120.14082659X-RAY DIFFRACTION100
4.9363-49.79290.1931330.17762663X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.92630.2766-0.45681.60730.11031.18580.0808-0.05890.00370.15830.02240.098-8.9639-7.4317.273
21.04990.6237-0.35861.0539-0.3350.19310.093-0.03630.00550.09640.01530.1026-10.8419-14.927322.1954
30.7669-0.0857-0.15780.2461-0.25680.82840.0905-0.029-0.00960.0727-0.00610.0908-18.6005-11.529231.8675
40.374-0.4941-0.08360.78340.06270.19710.0823-0.02030.01540.16990.02520.16130.5303-23.995333.9934
53.41741.2881-6.06320.0733-1.36895.65440.1369-0.0361-0.07450.25150.08890.1554-5.1638-8.05642.2106
60.82720.19240.4337-0.09580.9321.80240.1319-0.0373-0.00640.12320.03010.07-24.4819-9.098640.8924
70.06260.19550.22960.8472-0.36350.53430.0693-0.02340.00650.0797-0.00120.0447-22.2256-25.825829.8621
82.2370.0273-0.3131.50320.88932.780.07960.0047-0.08340.217-0.12590.178622.7854-41.591728.4007
91.64-0.01930.8301-0.22050.6570.66990.1071-0.0002-0.03440.1475-0.08820.214215.3507-42.219423.1758
100.393-0.52960.39730.10560.2560.5240.0923-0.0287-0.00960.13250.00880.138818.4273-50.411913.712
110.6389-0.0967-0.1706-0.51650.6580.36170.2031-0.0333-0.01960.06080.00410.2126.5975-30.904411.7318
120.2036-0.3548-3.32-1.9329.32031.34120.63050.0809-0.12010.501-0.06770.351222.0426-37.28783.2148
130.71080.1535-0.73790.97570.08290.61730.1009-0.0218-0.01570.17990.02040.085720.5649-56.34544.6993
141.058-0.09390.28810.3670.06490.22780.058-0.0239-0.01240.097-0.00180.0524.0307-53.579315.8107
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 7:36)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 37:84)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 85:156)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 157:205)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 206:213)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 214:230)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 231:288)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 7:37)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 38:84)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 85:156)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 157:205)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 206:213)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 214:230)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 231:288)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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