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- PDB-2wud: Crystal structure of S114A mutant of HsaD from Mycobacterium tube... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2wud | ||||||
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Title | Crystal structure of S114A mutant of HsaD from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
![]() | 2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOATE HYDROLASE BPHD | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
Function / homology | ![]() 4,5:9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase / 4,5-9,10-diseco-3-hydroxy-5,9,17-trioxoandrosta-1(10),2-diene-4-oate hydrolase activity / : / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase activity / steroid biosynthetic process / biological process involved in interaction with host / lipid catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lack, N.A. / Yam, K.C. / Lowe, E.D. / Horsman, G.P. / Owen, R. / Sim, E. / Eltis, L.D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Characterization of a carbon-carbon hydrolase from Mycobacterium tuberculosis involved in cholesterol metabolism. Authors: Lack, N.A. / Yam, K.C. / Lowe, E.D. / Horsman, G.P. / Owen, R.L. / Sim, E. / Eltis, L.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 186.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 440.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 443.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 34.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2wueC ![]() 2wufC ![]() 2wugC ![]() 2vf2S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.034051, 0.999419, 0.001446), Vector: |
-
Components
#1: Protein | Mass: 31899.389 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P96851, UniProt: P9WNH5*PLUS, 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Compound details | ENGINEERED | Sequence details | S114A MUTANT | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.9 % / Description: NONE |
---|---|
Crystal grow | pH: 7 Details: 200MM KSCN, 24% PEG 3350, 100MM BIS-TRIS PROPANE, pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: BRUKER SMART 6000 / Detector: CCD / Date: Mar 4, 2008 / Details: MONTEL 200 OPTICS |
Radiation | Monochromator: MONTEL 200 OPTICS / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→59.8 Å / Num. obs: 35484 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 16.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.2 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.2 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2VF2 Resolution: 2.1→49.8 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 2 / Phase error: 22.41 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.943 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→49.8 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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