[日本語] English
万見
- PDB-5mvj: Structure of DC8E8 Fab at pH 6.5 crystallized in space-group P1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mvj
タイトルStructure of DC8E8 Fab at pH 6.5 crystallized in space-group P1
要素
  • antibody Fab heavy chain
  • antibody kappa chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Skrabana, R. / Novak, M. / Cehlar, O. / Kontsekova, E.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of DC8E8 Fab at pH 6.5 crystallized in space-group P1
著者: Skrabana, R. / Novak, M. / Cehlar, O. / Kontsekova, E.
履歴
登録2017年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年3月11日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: antibody Fab heavy chain
L: antibody kappa chain
A: antibody Fab heavy chain
B: antibody kappa chain
C: antibody Fab heavy chain
D: antibody kappa chain
E: antibody Fab heavy chain
F: antibody kappa chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,3429
ポリマ－192,3068
非ポリマー351
水3,009167
1
H: antibody Fab heavy chain
L: antibody kappa chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0772
ポリマ－48,0772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
2
A: antibody Fab heavy chain
B: antibody kappa chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0772
ポリマ－48,0772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
3
C: antibody Fab heavy chain
D: antibody kappa chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0772
ポリマ－48,0772
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
4
E: antibody Fab heavy chain
F: antibody kappa chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1123
ポリマ－48,0772
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.220, 82.260, 89.310
Angle α, β, γ (deg.)92.320, 95.470, 89.820
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: 抗体
antibody Fab heavy chain


分子量: 23800.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体
antibody kappa chain


分子量: 24275.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.12 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG 8000, 0.1 M Na-cacodylate, 0.2 M Mg-acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.875
11-H, K, -L20.125
反射解像度: 2.5→34.37 Å / Num. obs: 58019 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.067 % / Biso Wilson estimate: 35.944 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.916 / Net I/σ(I): 9.31
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.5-2.562.0580.4451.9642960.6070.61496.7
2.56-2.642.0590.42.2541930.6080.55496.7
2.64-2.712.0620.3342.7640780.710.46397.1
2.71-2.82.0680.2643.4739750.790.36497.2
2.8-2.892.0750.2194.1238530.850.30297.2
2.89-2.992.0660.1784.9837210.8970.24697.6
2.99-3.12.070.1376.3535990.9380.18997.3
3.1-3.232.0680.1117.7534920.9520.15497.2
3.23-3.372.0740.099.3732680.9680.12497.4
3.37-3.542.0690.06711.8932030.9820.09397.1
3.54-3.732.070.0613.229870.9850.08396.4
3.73-3.952.0730.05514.3428100.9880.07696.5
3.95-4.232.0660.04816.0626330.9910.06695.9
4.23-4.562.0740.0418.7524830.9930.05496.3
4.56-52.0760.04118.822510.9930.05695.6
5-5.592.0720.04318.3520400.9920.05995.1
5.59-6.452.070.04915.4418060.9920.06896.1
6.45-7.912.0590.04416.215510.9950.06197.7
7.91-11.182.0530.02623.7211840.9970.03696.9
11.18-34.372.0490.02524.55960.9970.03588.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OZ4

4oz4
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→34.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.821 / SU B: 13.624 / SU ML: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.081
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2721 2491 4.8 %RANDOM
Rwork0.2193 ---
obs0.2219 49128 86.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.79 Å2 / Biso mean: 32.255 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4 Å20.94 Å2-3.4 Å2
2---13.18 Å23.81 Å2
3---11.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→34.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13298 0 1 167 13466
Biso mean--39.91 20.91 -
残基数----1741
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0213669
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0212091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6161.94618603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.31328267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.40451737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.60924.308520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.867152186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6141548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.22095
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02115078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022730
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る