PDB-5mvh: Glycoside Hydrolase BACCELL_00856

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mvh

タイトル

Glycoside Hydrolase BACCELL_00856

要素

BACCELL_00856

キーワード

HYDROLASE / Rhamnosidase / Bacteroides / Beta-propeller

機能・相同性

BNR repeat-containing family member / Sialidase superfamily / Neuraminidase

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides cellulosilyticus DSM 14838 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Munoz-Munoz, J. / Cartmell, A. / Terrapon, N. / Henrissat, B. / Gilbert, H.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Unusual active site location and catalytic apparatus in a glycoside hydrolase family.
著者: Munoz-Munoz, J. / Cartmell, A. / Terrapon, N. / Henrissat, B. / Gilbert, H.J.

履歴

登録	2017年1月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.2	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mvh.cif.gz	104.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mvh.ent.gz	78.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mvh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mvh_validation.pdf.gz	424 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mvh_full_validation.pdf.gz	424.5 KB	表示
XML形式データ	5mvh_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	5mvh_validation.cif.gz	31.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/5mvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/5mvh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mukC 5mulC 5mumC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4irt-d 6f05-4 6f05-5 5zhb-2 4zox-d 5mum-d 4mu9-1 3vxd-3 5mul-d 3a3v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BACCELL_00856

49.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.842, 68.627, 52.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.72, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	BACCELL_00856 分子量: 49742.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides cellulosilyticus DSM 14838 (バクテリア) 遺伝子: BACCELL_00856 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2N9B1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 16% PEG4000, Sodium acetate 0.1M, pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→68.6 Å / Num. obs: 112843 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 12

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→52.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 3.139 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21352	1582	4.6 %	RANDOM
R_work	0.16687	-	-	-
obs	0.16905	32663	98.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.574 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.3 Å²	-0 Å²	0.18 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→52.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3209	0	0	449	3658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	3326
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2847
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.434	1.917	4542
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.951	3	6590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.45	5	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.962	23.693	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.098	15	507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.725	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	472
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3792
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	743
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.058	1.57	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.045	1.569	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.712	2.345	1999
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.713	2.347	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.294	1.65	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.294	1.651	1727
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.001	2.434	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.574	19.015	3909
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.962	18.252	3794
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.38	104	-
R_work	0.288	2335	-
obs	-	-	95.12 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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