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万見
- PDB-5mv9: Structure of human Myosin 7a C-terminal MyTH4-FERM domain in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mv9
タイトルStructure of human Myosin 7a C-terminal MyTH4-FERM domain in complex with harmonin-a PDZ3 domain
要素
  • Unconventional myosin-VIIa
  • cDNA FLJ51329, highly similar to Harmonin
キーワードMOTOR PROTEIN / myosin / myosin tail / harmonin / PDZ
機能・相同性
機能・相同性情報


pigment granule transport / upper tip-link density / protein localization to microvillus / brush border assembly / myosin VII complex / stereocilium base / stereocilia ankle link complex / regulation of microvillus length / parallel actin filament bundle assembly / phagolysosome assembly ...pigment granule transport / upper tip-link density / protein localization to microvillus / brush border assembly / myosin VII complex / stereocilium base / stereocilia ankle link complex / regulation of microvillus length / parallel actin filament bundle assembly / phagolysosome assembly / equilibrioception / mechanoreceptor differentiation / sensory perception of light stimulus / retinal cone cell development / stereocilium tip / auditory receptor cell morphogenesis / inner ear receptor cell stereocilium organization / photoreceptor connecting cilium / eye photoreceptor cell development / sensory organ development / inner ear auditory receptor cell differentiation / actin filament-based movement / stereocilium / photoreceptor cell maintenance / auditory receptor cell stereocilium organization / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / inner ear morphogenesis / spectrin binding / lysosome organization / microfilament motor activity / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / microvillus / brush border / actin filament bundle assembly / cochlea development / photoreceptor outer segment / cell projection / photoreceptor inner segment / visual perception / actin filament organization / sensory perception of sound / intracellular protein transport / ADP binding / G2/M transition of mitotic cell cycle / endocytosis / apical part of cell / actin filament binding / melanosome / intracellular protein localization / actin cytoskeleton / protein-containing complex assembly / cell cortex / cytoskeleton / calmodulin binding / apical plasma membrane / cilium / protein domain specific binding / lysosomal membrane / synapse / ATP binding / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
MyTH4 domain / Harmonin / Class VII myosin, motor domain / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 1 / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 2 / Harmonin, N-terminal domain / Myosin-X FERM PH domain-like / : / : / MyTH4 domain ...MyTH4 domain / Harmonin / Class VII myosin, motor domain / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 1 / Myosin VII, FERM domain C-lobe, repeat 2 / Harmonin, N-terminal domain / Myosin-X FERM PH domain-like / : / : / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. / Domain in Myosin and Kinesin Tails / RA like domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / IQ calmodulin-binding motif / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin motor domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Kinesin motor domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / PH-like domain superfamily / Roll / Ubiquitin-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / cDNA FLJ51329, highly similar to Harmonin / Unconventional myosin-VIIa / Harmonin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yu, I. / Sourigues, Y. / Titus, M.A. / Houdusse, A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Myosin 7 and its adaptors link cadherins to actin.
著者: Yu, I.M. / Planelles-Herrero, V.J. / Sourigues, Y. / Moussaoui, D. / Sirkia, H. / Kikuti, C. / Stroebel, D. / Titus, M.A. / Houdusse, A.
履歴
登録2017年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02024年1月17日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unconventional myosin-VIIa
B: cDNA FLJ51329, highly similar to Harmonin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4344
ポリマ－75,3162
非ポリマー1182
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area28490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.520, 151.710, 100.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2656-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Unconventional myosin-VIIa


分子量: 61069.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYO7A, USH1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13402
#2: タンパク質 cDNA FLJ51329, highly similar to Harmonin


分子量: 14247.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4DV53, UniProt: Q9Y6N9*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 5% (w/v) PEG 4000, 0.1 M MES pH 6.5, 50 mM MgCl2, and 10% (v/v) isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 87935 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 84.52 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 14.16
反射 シェルMean I/σ(I) obs: 1.68 / CC1/2: 0.762 / Rsym value: 0.53 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MV8

5mv8


解像度: 2.6→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.383 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.415 / SU Rfree Blow DPI: 0.266 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.265
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1400 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 28017 96.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 75.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.4738 Å20 Å20 Å2
2--14.3409 Å20 Å2
3----8.8671 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4724 0 8 328 5060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014868HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.136620HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1625SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes108HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes703HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4868HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.62
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion641SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5650SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 137 4.99 %
Rwork0.261 2606 -
all0.265 2743 -
obs--90.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0475-0.24110.22041.11040.06590.37730.0534-0.037-0.1294-0.1375-0.05730.13940.1384-0.06760.0039-0.2072-0.00620.0157-0.3319-0.0087-0.4354104.16656.484956.3682
23.232-0.21280.513710.3049-0.8943.57480.29130.0126-0.6215-0.0915-0.2774-0.98840.43830.4912-0.014-0.2682-0.0148-0.1631-0.27270.0578-0.059396.495122.506856.7145
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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